По окончании реестрования, литовское войско вошло в Черниговское воеводство, а часть коронного пришла на левый берег Днепра, с тем, чтобы не пропускать переселенцев в Московское государство. Сам Хмельницкий своим универсалом запрещал народу дальнейшие выселения и строго приказывал не вошедшим в реестр повиноваться панам.
Но русский народ не думал повиноваться панам. Весной 1652 года вся Украина была уже в огне. По Бугу и Днестру жители бросали свои жилища, скрывались в ущельях и лесах, составляли шайки, нападали на поляков. На правой стороне русский шляхтич Хмелецкий собирал и возбуждал недовольных как против поляков, так и против своего гетмана. На левой – составлял ополчение бывший корсунский полковник Мозыра, смененный Хмельницким. В миргородском полку полковник Гладкий пристал к народному заговору против расставленных польских жолнеров, и в день Святого Воскресенья все они были перебиты. Такую же резню произвели над литовцами около Мглина и Стародуба. Около Лубен мятежные хлопы низлагали с гетманства Хмельницкого и выбрали какого-то Бугая своим предводителем.
Хмельницкий не был безопасен в собственном Чигирине. Пришедшая в отчаяние народная громада готова была нагрянуть на него и убить. Гетмана повсюду стали называть изменником, продавшим ляхам Украину. В таком положении Хмельницкий дозволил записываться в реестр более определенного числа. Польский военачальник Калиновский упрекал его за это. Хмельницкий объяснял, что сделал это распоряжение для пользы самих поляков, потому что иначе усмирить народ невозможно.
По требованию короля, Хмельницкий, однако, подписал смертный приговор Гладкому, Хмелецкому и Мозыре; им отрубили головы. Кроме этих жертв, было совершено еще несколько смертных казней. Но скоро после того обстоятельства повернулись так, что Хмельницкий снова стал заодно с народом.
Молдавский господарь Василий Лупула обещал в 1650 году дочь свою Домну Локсандру в жены Тимофею Хмельницкому, но, извиняясь молодостью невесты, просил отсрочки на год. Потом он не только не хотел исполнять данного обещания, а еще и тайно вредил Хмельницкому во время второй войны последнего с поляками. В 1652 году Хмельницкий напомнил господарю его обещание и выслал своею сына с казаками к границам Молдавии, давая знать этим, что если господарь не захочет исполнить данного слова добровольно, то принужден будет исполнить его поневоле.
По уверению польских историков, Лупула известил об угрожающем ему насилии предводителя польского войска Калиновского, а Калиновский, расположивший свое войско над рекой Бугом, вздумал пресечь путь сыну Хмельницкого, идущему в Молдавию.
Гетман Хмельницкий предупредил Калиновского письмом, просил не трогать Тимофея и отступить с дороги, так как Тимофей идет себе жениться и не имеет никаких враждебных намерений против поляков, иначе не ручался, чтоб казаки, которых он называл свадебными боярами, не завели ссоры и не вышло бы нарушения мира. Но Калиновский, назло Хмельницкому, нарочно поступил против его предостережения и сам напал на Тимофея Хмельницкого, который шел не только с сильным казацким отрядом, но еще и в сопровождении татарского Карача-мурзы с его ордой. Во время нападения, русские хлопы, бывшие на работе в польском обозе, умышленно зажгли сено, распространился пожар. Казаки и татары стеснили поляков и совершенно разбили. Калиновский пал в битве. Поляки бежали во все стороны, казаки и окрестные хлопы гонялись за ними, не слушали никаких молений о пощаде и без сострадания убивали, приговаривая: «Вот вам за унию! вот вам за Берестечко! вот вам за ваши поборы!» и т.п. Все польское войско в числе двадцати тысяч погибло в этой знаменитой битве, прозванной, по урочищу, где она происходила, батогскою. Удар, нанесенный Польше, был не легче корсунского. Тимофей Хмельницкий благополучно достиг пределов Молдавии, по просьбе господаря, оставил свое войско на границе, сам приехал в Яссы и сочетался браком с молдавской принцессой.
Таким образом, недавно заключенный мир, тяжелый для Хмельницкого, был нарушен самими поляками. Жолнеры, стоявшие в других местах, были немедленно изгнаны.
Хмельницкий известил короля о случившемся под Батогом, доказывал, что виной всему Калиновский, а о своих казаках выразился так: «Простите их, ваше величество, если они, как люди веселые, далеко простерли свою дерзость». В Польше это приняли за насмешку. Польша не имела войска и поневоле должна была отложить военные действия до следующего года. Весной 1653 года польский военачальник Чарнецкий, ворвавшись в Брацлавщину по берегу Буга, истреблял села и местечки: поляки резали жителей без разбора. По выражению их же соотечественника, не щадили ни красивой девушки, ни беременной женщины, ни грудного младенца. Храбрый винницкий полковник Богун остановил этот варварский набег и обратил Чарнецкого в бегство.