Выговский назначил генеральную раду под местечком Германовкою; туда же его противники привели Юрия Хмельницкого. Выговский приказал было на этой раде читать гадяцкий договор, но казаки подняли шум, крик; старшины увидели, что им несдобровать, и пристали к большинству; чтецов договора изрубили в куски; Выговский бежал, а потом, по требованию казаков, прислал свою булаву. Казаки выбрали гетманом Юрия Хмельницкого. В октябре собрана была новая рада в Переяславле, и прибывший туда с царским наказом князь Трубецкой утвердил Юрия в сане гетмана, но с некоторыми важными ограничениями против прежнего договора с Богданом Хмельницким: гетман не имел права принимать иноземных послов, вступать с кем-либо в войну без воли государя, не мог назначать в полковники иначе, как с совета всей казацкой черни. Казацкие старшины всеми силами старались избегнуть этих прибавок, но не могли преодолеть настойчивости московского военачальника и его товарищей. Казацкие старшины сильно домогались, чтобы никому из малороссиян не позволять сноситься с Москвою помимо гетмана; и на это не согласились; право же сноситься прямо с Москвою давало возможность недругам гетмана и старшин прямо посылать доносы в московские приказы, а московское правительство чрез то могло иметь тайный надзор за делами Малороссии. Московские воеводы были посажены в нескольких малорусских городах: Киеве, Переяславле, Нежине, Чернигове, Брацлавле и Умани. Для посполитого народа, который так усердно противодействовал козням Выговского в пользу Москвы, не сделали ничего; напротив, освободивши казаков от постоя и подвод, наложили эти повинности на посполитых и лишали их права производства напитков, которое предоставлялось казакам.
Этот новый договор с Москвою естественно не был по сердцу старшине и значным казакам, которые видели, что Москва прибирает их к рукам, не мог он довольствовать и массу народа, который опять увидел свои надежды на уравнение прав разрушенными. Договор этот был приятен только для отдельных лиц, которые могли обращаться прямо в Москву и выпрашивать себе разные льготы и пожалования: кто на грунт, кто на дом или мельницу. Ездили в Москву полковники со своей полковою старшиною, ездили духовные, ездили войты с мещанами; все получали разные милости и подачки: соболи, кубки и пр. Приезжих малороссиян в Москве обыкновенно расспрашивали и записывали их расспросные речи. Смекнувши, что таким путем можно получать выгоды, малоруссы повадились писать в Москву друг на друга доносы: себя выхваляли, других чернили.
Польша оправилась. Война с Московским государством опять возобновилась. Московское войско уже потерпело поражение в Литве. Поляки шли отбирать от Москвы Украину. Главный предводитель московских войск в Украине Шереметев, по совету переяславского полковника Цыцуры, задумал предупредить поляков и решился идти на Волынь в польские владения, с ним же должен был идти Юрий Хмельницкий с казаками. Шереметев, человек высокомерный и суровый, успел раздражить против себя и казаков, и духовных, и наконец самого Хмельницкого своими резкими выходками и спесивостью: «Этому гетманишке, – сказал о Хмельницком Шереметев, – идет лучше гусей пасти, чем гетмановать».
Во второй половине сентября 1660 г. двинулось по направлению к Волыни московское войско. Хмельницкий с казаками шел по другой дороге. Поляки, под начальством Любомирского и Чарнецкого, напали на московское войско, нанесли ему поражение и осадили под местечком Чудновом; потом поляки вместе с татарами, 7 октября, напали на казацкий обоз под местечком Слободищем за несколько верст от Чуднова. Юрий Хмельницкий пришел в такой страх, что тогда же дал обещание пойти в чернецы. В казацком обозе произошла безладица. Многие старшины сердились за стеснение их прав по договору, заключенному в Переяславле: не хотели служить Москве, злились на Шереметева и говорили, что лучше помириться с поляками. В польский лагерь отправился послом от войска Петр Дорошенко, который замечательно умел сохранить тогда свое достоинство пред поляками. Предлагая Любомирскому мир, он не позволил польскому пану кричать на себя и сказал: «Мы добровольно предлагаем вам мир, забудьте старую ненависть, а не то – у нас есть самопалы и сабли». 18 октября казаки с поляками постановили договор на условиях гадяцкого тракта, но только за исключением одного пункта, касающегося великого княжества русского, самого главного в этом договоре.