Житие в Анзерском ските было трудное. Братия, которой было не более двенадцати человек, жила в отдельных избах, раскинутых по острову, и только в субботу вечером сходилась в церковь. Богослужение продолжалось целую ночь; сидя в церкви, братия выслушивала весь псалтырь; с наступлением дня совершалась литургия; потом все расходились по своим избам. Царь ежегодно давал в Анзерский скит «руги» (царское жалованье хлебом и деньгами) по три четверти хлеба на брата, а рыбаки снабжали братию рыбою, в виде подаяния. Над всеми был начальный старец по имени Елеазар.
Спустя несколько времени, Елеазар отправился в Москву за сбором милостыни на построение церкви и взял с собою Никона. В Москве анзерских монахов наделили щедро; они собрали до пятисот рублей и возвратились в свой скит. Но деньги нарушили доброе согласие, которое до того времени существовало между начальным старцем и Никоном. Первый держал деньги в ризнице; последний боялся, чтоб их не отняли лихие люди. Ссора дошла до того, что Елеазар не мог равнодушно смотреть на Никона, а Никон, сойдясь с каким-то богомольцем, посещавшим Анзерский скит, отправился вместе с ним на судне. Чуть было не погибнувши на пути от бури, Никон прибыл в Кожеозерскую пустынь, находившуюся на островах Кожеозера, и по своей бедности отдал в монастырь, – куда не принимали без вклада, – свои последние богослужебные две книги. Никон по своему характеру не любил жить с братиею и предпочитал свободное уединение; он поселился на особом острове и занимался там рыбною ловлею. Спустя немного времени, по кончине тамошнего игумена, братия пригласила Никона быть игуменом. На третий год после своего поставления, именно в 1646 году, он отравился в Москву и здесь явился с поклоном молодому царю Алексею Михайловичу, как вообще в то время являлись с поклоном к царям настоятели монастырей. Царю до такой степени понравился кожеозерский игумен, что он тотчас же велел ему остаться в Москве, и, по царскому желанию, патриарх Иосиф посвятил его в сан архимандрита Новоспасского монастыря. Место это было особенно важно, и архимандрит этого монастыря скорее, чем многие другие, мог приблизиться к государю: в Новоспасском монастыре была родовая усыпальница Романовых; набожный царь часто езжал туда молишься за упокой своих предков и давал на монастырь щедрое жалованье. Чем более беседовал царь с Никоном, тем более чувствовал к нему расположение. Алексей Михайлович был из таких сердечных людей, которые не могут жить без дружбы, легко привязываются к людям, которые им нравятся по своему складу, и всею душою к ним пристращаются. Алексей Михайлович приказал Никону ездить к нему во дворец каждую пятницу. Беседы с Никоном западали ему в душу. Никон, пользуясь расположением государя, стал просить его за утесненных и обиженных; это было по нраву царя. Алексей Михайлович еще более пристрастился к Никону и сам дал ему поручение принимать просьбы от всех тех, которые искали царского милосердия и управы на неправду судей; и Никона беспрестанно осаждали такие просители не только в его монастыре, но даже на дороге, когда он езжал из монастыря к царю. Всякая правая просьба скоро исполнялась.
Никон приобрел славу доброго защитника, ходатая и всеобщую любовь в Москве. Никон, как близкий человек к царю, стал уже большим человеком.
Вскоре в судьбе его произошла новая перемена. В 1648 г. скончался новгородский митрополит Афанасий. Царь всем предпочел своего любимца, и бывший тогда в Москве иерусалимский патриарх Паисий, по царскому желанию, рукоположил новоспасского архимандрита в сан новгородского митрополита. Этот сан был вторым по значению в русской иерархии.
Алексей Михайлович был доверчив к тем, которых особенно любил. Помимо всех официальных властей, он возложил на Никона наблюдать не только над церковными делами, но и над мирским управлением, доносить ему обо всем и давать советы. Это приучило Никона и на будущее время заниматься мирскими делами. Подвиги нищелюбия, совершаемые митрополитом в Новгороде, увеличивали любовь и уважение к нему государя. Когда в новгородской земле начался голод, бедствие, как известно, очень часто поражавшее этот край, Никон отвел у себя на владычном дворе особую палату, так называемую «погребную», и приказал ежедневно кормить в ней нищих. Дело это возложено было на одного блаженного, ходившего босиком летом и зимою; кроме того, этот блаженный каждое утро раздавал нищим по куску хлеба и каждое воскресенье от имени митрополита раздавал старым по 2 деньги, взрослым по деньге, а малым по полденьге. Митрополит устраивал также богадельни для постоянного призрения убогих и испросил у царя средства на их содержание.