Первоначально, как и все русские архиереи, новгородский епископ назначался киевским митрополитом, и преимущественно из греков. В случае какого обвинения он ездил в Киев на судебное разбирательство митрополита, и как последний строго обходился с епископами, видно из примера новгородского владыки Луки Жидяты, который по доносу его собственного холопа Дудика был подвергнут заточению в первой половине XI века. Но стремление новгородцев к политической самостоятельности не замедлило повести за собой и желание самостоятельности церковной: как народное вече выбирало своих князей и посадников, так желало оно выбирать и своих епископов. С другой стороны, политический упадок Киева естественно повлек за собой и ослабление его церковного авторитета. Мы видели, как новгородский епископ Нифонт, происхождением грек, не хотел признавать митрополитом Клима Смолятича, поставленного собором епископов, за что подвергся преследованию и был заключен в Печерский монастырь. Но и тут вражда князей из-за Киевского стола помогла ему: Юрий Долгорукий, завладев Киевом, освободил Нифонта. Это был один из самых энергичных и деятельных владык новгородских; между прочим, он много трудился над украшением св. Софии и построил каменные храмы св. Спаса в Пскове и св. 'Климента в Ладоге. В начале 1156 г. он прибыл в Киев навстречу новому митрополиту, греку Константину, назначенному от Византии вместо изгнанного из Киева Климента Смолятича; но не дождался его, скончался и был погребен в Киево-Печерской обители.
Новгородцы воспользовались этими замешательствами митрополичьей кафедры и сами выбрали себе епископа из среды собственных игуменов, по имени Аркадия. Народ с князем Мстиславом Юрьевичем, весь Софийский клир, игумены и священники отправились в монастырь Богородицы, взяли оттуда Аркадия и торжественно ввели его во «двор св. Софии», т. е. в епископские палаты. Он вступил в управление Новгородской церковью, а в Киев на посвящение митрополиту Константину ездил уже через два года. Это был первый выборный владыка Новгородский. Преемником Аркадия является знаменитый Илья, более известный под своим монашеским именем Иоанна. Он с лишком двадцать лет управлял Новгородской церковью (1165–1186) и приобрел такую народную любовь, что в потомстве личность его окружилась легендарными рассказами. Так, предание связало отражение войск Андрея Боголюбского от Новгорода с молитвами Иоанна и с чудесным знамением от иконы Богородицы, которую владыка по гласу свыше взял из церкви Спаса и вынес на городскую стену. Далее известна легенда о том, как Иоанн, заключив беса в умывальный сосуд, съездил на нем в Иерусалим в одну ночь и как потом бес пытался отомстить святителю, являясь людям в виде девицы, выходящей из келий владыки. Народ осудил святого мужа на изгнание и с «великого» Волховского моста спустил его на плот, отдавая на волю течения; но плот чудесным образом поплыл вверх, против быстрины, и остановился у Юрьева монастыря; при виде чуда люди раскаялись и умоляли святителя о прощении. Иоанн-Илия был первый новгородский владыка, получивший от киевского митрополита титул архиепископа. Глубокое уважение к нему народа основывалось не только на его личных достоинствах, но главным образом на том, что, будучи сам новгородцем, Иоанн явился патриархом и усердным поборником новгородской самобытности против притязаний сильных суздальских князей. Народное уважение выразилось и в том, что преемником ему назначили его родного брата по матери Гавриила, в иночестве Григория. Последний правил церковью до 1193 года, в котором скончался; он был погребен в Софийском соборе рядом с братом.
По смерти Григория новгородцы приступили к выбору владыки. В этом выборе вместе с народом и князем (Ярославом Владимировичем) принимали участие духовенство, т. е. игумены и священники и, кроме того, «Софьяне»; так, вероятно, назывались причетники Софийского храма и мирские чиновники, состоящие при особе владыки (стольники, чашники и пр.). Самое вече происходило подле св. Софии. Здесь голоса разделились; одни хотели поставить игумена Мартирия из Русы, другие — Митрофана, а третьи по прежнему обычаю — какого-то «гречина» или монаха из греков. По случаю такого разногласия впервые встречаем в Новгороде употребление жребия, по образцу Византии. На соборной трапезе положили три свитка с именами, и с веча послали слепца, который вынул жребий Мартирия. Тогда привезли его из Русы и водворили во владычних покоях; а потом, снесясь с митрополитом, отправили вновь выбранного владыку на поставление в Киев, в сопровождении «передних мужей». Щедрые дары от богатого Новгорода, конечно, имели немалое участие в том, что киевские митрополиты из греков так легко отступились в пользу народного избрания от своего права назначать владыку.