Железнодорожный бум, в основе которого лежали неслыханные льготы, предоставляемые частным концессионерам, привел к тому, что к 1880 г. была построена железнодорожная сеть протяженностью 23 тыс. км, которая охватила около половины территории Европейской России. Уже к 1871 г. почти все железные дороги перешли в частные руки. Эксплуатировались они небрежно, и к 1880 г. их долг казне составил один миллиард рублей. Железнодорожные «короли», тесно связанные с правительственным аппаратом и придворными кругами, строили быстро и много дешевле, чем казна, постоянно и грубо нарушали правила производства работ, не соблюдали технические условия, возводили дешевые деревянные мосты и укладывали рельсы, которые могли выдержать только легкие составы. Большинство железных дорог России не были оснащены необходимым для безопасного движения оборудованием, следствием чего были частые катастрофы. Скорость движения составов, как товарных, так и пассажирских, была много ниже расчетной. В 1873 г. министр путей сообщения А. П. Бобринский так определил состояние железнодорожного дела в стране: «Существование многих наших железнодорожных обществ — мнимо; фирмы их — фальшивы; правления их — неправильны; акционеры их — подставные; акции их — не реализованы, а Министерство путей сообщения вынуждено оставаться безвластным свидетелем действий, прикрытых законными формами, но противных целям правительства, предприятия и казны».
Вопиющие злоупотребления в строительстве и эксплуатации железных дорог вызывали постоянную критику общественности, но лишь в годы Восточного кризиса власти вынуждены были признать нетерпимость создавшегося положения. В канун русско-турецкой войны военный министр Д. А. Милютин констатировал, что железные дороги страны находятся в кризисном состоянии и «при введении армии на военное положение они окажутся решительно несостоятельными и поставят государство и армию в весьма большие затруднения». Министр усматривал в этом «большую национальную опасность». Среди железных дорог, состояние которых вызывало наибольшее беспокойство, были такие важнейшие в стратегическом и экономическом отношении магистрали, как Петербургско-Варшавская, Московско-Брестская, Одесская, Лозово-Севастопольская и некоторые другие, чья совокупная протяженность составляла около 12 тыс. км. Во время военных действий 1877–1878 гг. заторы на юго-западных дорогах делали невозможной быструю переброску войск, вынуждали военные ведомства отправлять не только кавалерийские, но и пехотные части походным порядком.
Недовольство военных кругов и экономический кризис начала 1880-х гг. вынудили правительство изменить железнодорожную политику и начать выкуп железных дорог в казну, оптимизируя и функции железных дорог и экономику в целом. Одновременно предполагалось вернуться к опыту постройки новых дорог за счет казны. На этом настаивал министр финансов А. А. Абаза, с которым был согласен Александр II. В 1880 г. императором был утвержден Общий Устав российских железных дорог, что должно было упорядочить технико-эксплуатационные условия железнодорожного дела и поставить его под жесткий правительственный контроль. По сути, это означало начало серьезных преобразований. При Александре III в 1889 г. в Министерстве финансов был создан Департамент железнодорожных дел, среди функций которого был финансовый надзор за деятельностью всех частных железных дорог. Важную роль в упорядочении положения сыграла тарифная реформа 1889 г., которая превратила железнодорожные тарифы в инструмент государственной экономической и социальной политики. Гибкие тарифы давали возможность ускоренного развития отдельных регионов и отдельных отраслей народного хозяйства. Все более возрастало понимание военно-стратегического значения железнодорожного транспорта. Военный министр П. С. Ванновский докладывал Александру III: «Железные дороги составляют ныне наиболее могущественный и решающий элемент войны. Поэтому, несмотря даже на финансовые затруднения, желательно подравнять нашу рельсовую сеть с силой противника».