Обобщающим показателем снижения популярности большевиков после нескольких месяцев пребывания у власти были итоги перевыборов Советов в апреле — мае 1918 г. Во многих местных Советах в крупных городах меньшевики и эсеры одержали победу. Они превзошли большевиков в Костроме, Рязани, Твери, Ярославле, Туле, Орле, Воронеже, Тамбове, Вологде и других городах. Однако ленинцы не признали своего поражения, и в большинстве случаев новоизбранные Советы были разогнаны.
Учитывая нарастание осложнений в отношениях со своими социалистическими противниками, большевики перешли в наступление. 14 июня 1918 г. голосами большевистской фракции (левые эсеры воздержались) из ВЦИК были исключены меньшевики и эсеры, что было фактическим переворотом, ибо сделать это имел право только съезд. Вслед за ними была решена участь и партии левых эсеров, которая к лету 1918 г. оставалась самой массовой (в ее состав входило не менее 300 тыс. человек). Руководство левых эсеров попыталось добиться перемен большевистской политики на V Всероссийском съезде Советов (работал 4—10 июля 1918 г. в Москве). Однако левым эсерам, располагавшими на съезде 30 % голосов делегатов, сделать этого не удалось. Тогда они прибегли к популярной в их партии форме давления — политическому террору. Эту позицию поддержал ЦК партии.
6 июля левый эсер Я. Г. Блюмкин застрелил германского посла Мирбаха. Эта акция не была антисоветским мятежом. «Единственная цель июльского восстания, — вспоминал впоследствии один из его участников, — сорвать контрреволюционный Брестский мир и выхватить из рук большевиков партийную диктатуру, заменив ее подлинной советской властью». Однако выступление было плохо подготовлено организационно и не имело четкого плана. Лишь вечером 6 июля, задним числом, левоэсеровский ЦК одобрил шаг Блюмкина. Сам он после теракта укрылся в отряде ВЧК, которым командовал левый эсер Д. И. Попов. Явившийся туда с требованием выдать виновников Дзержинский был задержан, а вслед за ним изолированы еще около 30 коммунистов. Во многие города были разосланы телеграммы с призывом к восстанию против германского империализма.
Произошедшее большевики использовали как повод для разгрома оппозиции. Изолирована была фракция левых эсеров на V Всероссийском съезде Советов, а ее лидер М. А. Спиридонова стала заложницей. В ночь на 7 июля 4 тыс. верных большевикам латышских стрелков привели к повиновению отряд Попова, который насчитывал 600 человек. 12 участников выступления во главе с заместителем Дзержинского В. А. Александровичем были расстреляны. Эхом московских событий стало выступление в Симбирске командующего Восточным фронтом левого эсера М. А. Муравьева, которое также было подавлено.
После 6 июля большевики не позволили фракции левых эсеров участвовать в работе V съезда Советов. В партии начался раскол, охвативший как руководящие органы, так и низовые организации. Одни партийцы поддержали свой ЦК, другие перешли на сторону большевиков, третьи объявили о своей независимости. В считанные дни одна из самых массовых российских партий превратилась в конгломерат разрозненных групп и де-факто прекратила существование как единая организация. Развернулась чистка местных Советов от нелояльных левых эсеров, что свело их влияние практически к нулю. Таким образом завершилось существование советской власти на двухпартийной основе, а Советы фактически превращались в органы однопартийной большевистской диктатуры.
Одновременно с решением сложных экономических и политических задач шла работа по конституционному закреплению произошедших после Октября 1917 г. перемен. 1 апреля 1918 г. ВЦИК создал комиссию по составлению проекта Конституции. Возглавил ее Я. М. Свердлов, а в состав вошли представители фракций большевиков, левых эсеров и группы максималистов. К концу июня проект был готов и поступил в специальную комиссию ЦК РКП(б), которая работала под руководством В. И. Ленина. После доработки и утверждения Комиссией текст Конституции был единогласно принят 10 июля 1918 г. V Всероссийским съездом Советов.