С начала 60-х гг. для ликвидации перебоев со снабжением населения продуктами питания стали прибегать к импорту зерна и нормированному распределению дефицитных продуктов в виде «заказов» по предприятиям и организациям. Ситуация усугубилась в 1963 г., оказавшемся самым засушливым после 1946 г. Урожайность и валовые сборы зерна снизились почти на 30 % по сравнению с 1962 г. Импорт зерна в 1963 г. составлял 3 млн т при экспорте 6,2 млн, в 1964 г. — 7,2 млн т при экспорте 3,3 млн. К закупкам приходилось обращаться и позже, несмотря на рост валовых сборов и государственных заготовок зерна в стране. В 1983 г. СССР импортировал 45,6 млн т зерна.
Продовольственные трудности и значительное повышение закупочных и розничных цен на мясо, мясные продукты и масло вызвали волнения в ряде городов, в частности Муроме, Александрове, Бийске, Кривом Роге, Сумгаите. Наиболее масштабными оказались беспорядки в Новочеркасске 1–2 июня 1962 г., которые пришлось подавлять силой. В результате погибли 23 демонстранта, 70 были ранены. 105 участников протестных акций позднее были осуждены, семеро из них — к высшей мере наказания.
Возникшие экономические и социальные проблемы заставили Хрущева начать поиски новых возможностей совершенствования хозяйственного руководства, в частности повести борьбу с «теневиками», занимавшимися подпольной экономической деятельностью. О масштабах перехода представителей партийной и государственной элиты в «тень», начавшего набирать силу в условиях хрущевской «оттепели» и ставшего в конце концов одной из главных причин краха советской системы, позволяют судить цифры, обнародованные на ноябрьском (1962) пленуме ЦК: в начале 60-х годов к суду по обвинению в коррупции и злоупотреблениях властью было привлечено около 12 тыс. руководящих работников, в том числе 4 тыс. партийных функционеров.
Этот же пленум по настоянию Хрущева взял курс на перестройку по производственному принципу всех руководящих органов сверху донизу. Решения пленума положили начало уникальному в истории эксперименту — отказу от территориальной организации управления, приведшему к невообразимому хаосу. Партийные организации — от областных и ниже — делились на промышленные и сельские. По такому же принципу пришлось создавать вместо единых Советов и их исполкомов сельские и промышленные Советы и исполкомы. Соответствующим образом разделялись организации профсоюзов, комсомола. Лихорадочные меры привели лишь к росту управленческого аппарата, значительному увеличению расходов на его содержание (например, в Самаркандской области они выросли в 1,7 раза), но были неэффективны. Областные организации и управления связи, торговли, народного образования, здравоохранения, административные органы, подчинявшиеся и промышленным и сельским партийным и советским органам, стали ежедневно получать дублирующие постановления и распоряжения по одним и тем же вопросам. Вместо своей непосредственной работы их руководители и специалисты были вынуждены многие часы проводить на совещаниях и собраниях, число которых увеличилось по меньшей мере вдвое.
Не оправдались расчеты на ускорение экономического развития за счет создания новых звеньев в управлении хозяйством. Для этого были образованы отраслевые комитеты, укрупнялись совнархозы (в ноябре 1962 г. их стало 43), созданы советы по координации и планированию работы совнархозов. В марте 1963 г. образован Высший совет народного хозяйства СССР.
В конце 50-х гг. власти приняли еще одно ошибочное решение, приведшее к углублению отчуждения значительной части народа от государственного руководства. В связи с курсом на «строительство коммунизма» власть вновь принялась ужесточать государственно-церковные отношения, по сути дела, возобновила гонения на РПЦ. Секретарь ЦК Л. Ф. Ильичев в своем выступлении на совещании по идеологии (декабрь 1961 г.) заявил, что религия «сейчас становится нетерпимой помехой на нашем пути к коммунизму». Атеистическая работа признавалась главным рычагом формирования научно-материалистического мировоззрения. Создание «общества без религии», причем в самое ближайшее время, объявлялось программной целью.
Новое наступление на Церковь выражалось не только в усилении атеистической пропаганды, но и в сносе церковных сооружений (в 1934–1964 гг. ежегодно сносилось более тысячи храмов, примерно столько же закрывалось), в административном сокращении числа действующих религиозных объединений. В 1958 г. их насчитывалось 18,6 тыс., в том числе православных — 13,4 тыс., в 1961 г. — соответственно 16 и 11 тыс., в 1971 г. — 11,7 и 7,2 тыс. Противоречие между провозглашенной в Конституции СССР свободой совести и практикой ее реализации не было снято и впоследствии. (Лишь с середины 70-х гг. отношение к религии со стороны государства становится более терпимым. Существование и деятельность религиозных объединений стало рассматриваться как необходимое условие обеспечения свободы совести и прав человека.)