Продолжавшиеся мелкие националистические эксцессы при попустительстве властей привели к трехдневному столкновению в августе 1958 г. в Грозном. Поводом послужило убийство ингушом русского. Волнения подавили, однако противостояния коренного и «пришлого» населения в республике преодолеть не удалось. Тем не менее в последующие годы возвращение чеченцев и ингушей на Северный Кавказ происходило более организованно и сопровождалось меньшими эксцессами. К 1963 г. оно в основном завершилось. Из 418 тыс. чеченцев, проживавших в Казахской и Киргизской ССР, в Чечено-Ингушетию прибыли 384 тыс. (91,7 %), из 106 тыс. ингушей — 84 тыс. (79,2 %). Еще 8 тыс. ингушей (7,5 %) направились в Дагестан и Северную Осетию.
Камнем преткновения в отношениях между ингушами и осетинами стала правобережная часть Пригородного района, до 1944 г. принадлежавшая ингушам и оставшаяся в составе Северо-Осетинской ССР после воссоздания Чечено-Ингушской АССР. Ингуши не переставая посылали заявления и делегации в ЦК КПСС и правительство с требованием о передаче района Чечено-Ингушетии.
Национальное движение советских немцев долгое время ограничивалось борьбой за восстановление их автономии в Поволжье. Оно включало только легальные методы борьбы: письма, обращения, петиции, делегации, демонстрации. Декабрьский (1955) указ Президиума Верховного Совета снял с немцев ограничения в правовом положении. Реабилитационное движение имело своим результатом другой указ Президиума (август 1964 г.) о внесении изменений в принятый в 1941 г. указ о переселении немцев, снимавший клеймо предателей и изменников со всего народа. До этого времени советские немцы испытывали скрытую дискриминацию. Ущемление касалось развития культуры, языка, поступления в высшие учебные заведения; проявлялось при приеме в партию и назначении на руководящие партийные и хозяйственные посты. При призывах на службу в Советскую Армию немецкую молодежь не брали в элитные подразделения (воздушно-десантные, пограничные и др.). Нежелание властей восстанавливать автономию немцев в Поволжье вызвало эмигрантские настроения.
В сложных условиях проходила борьба крымских татар за восстановление автономии и право жить на своей земле. Подозрительное отношение властей к лицам крымско-татарской национальности подогревалось воспоминаниями бывших командиров партизанских отрядов в Крыму. Клеймо предателей и изменников, лежавшее на всем народе со времен войны, было снято постановлением Президиума Верховного Совета (сентябрь 1967 г.). Беспрестанные обращения в высшие партийные и государственные инстанции с просьбами о восстановлении автономии крымских татар не имели положительных последствий. Нелегально переехавших в Крым татар, как правило, сразу же выдворяли.
Запрет властей Украины на переезд татар в Крым стал причиной национального движения, возглавляемого «инициативными группами» из представителей крымско-татарской интеллигенции, бывших руководящих партийных и советских работников Крыма. Помимо петиций, устраивались митинги и демонстрации, приуроченные к знаменательным датам — годовщине образования Крымской АССР, ко дню рождения В. И. Ленина, считавшегося основателем республики. Эти акции нередко заканчивались разгоном участников.
Чтобы как-то приглушить проблему, власти предпринимали попытки представить крымских татар частью татарской нации. Тем из них, кто хотел уехать из Средней Азии, разрешалось поселиться на территории Татарстана. Но это не устраивало крымских татар. В начале 60-х гг. их движение приняло более организованные формы. Это проявилось в попытке создания массовой организации — Союза крымских татар.
За возвращение выступали и представители других выселенных из Крыма национальных групп — греки, болгары, армяне. Неудовлетворенность половинчатой реабилитацией усилила среди них эмиграционные настроения, но власти препятствовали выезду. За создание своих автономий в 50—60-х гг. выступали месхетинские турки (огрузиненные турки, или отуреченные грузины), курды и хемшины (исламизированные армяне), депортированные в свое время из республик Закавказья. Однако власти в Москве и Закавказских союзных республиках игнорировали требования малых народов, считая национальный вопрос в стране успешно и окончательно решенным.
Национально-государственное устройство СССР за послевоенные годы принципиально не изменилось. В начале 60-х гг. в стране было 15 союзных и 19 автономных республик (из них 15 в РСФСР, 2 в Грузии, по одной в Азербайджане и Узбекистане). Число последних, по сравнению с довоенными годами, менялось с преобразованием в июле 1956 г. Карело-Финской союзной республики в Карельскую автономную республику, включенную в РСФСР, а в октябре 1961 г. Тувинской автономной области РСФСР в автономную республику. В стране насчитывалось также 8 автономных областей: 5 из них входили в состав российских краев, 3 были составными частями других союзных республик. Неизменным с довоенных времен оставался перечень национальных округов. Все они входили в состав областей и краев РСФСР.