Получился громоздкий неуправляемый орган из 20 человек, половина которых были профессиональными военными, а остальные — политиками. В полном составе Ставка ни разу не собиралась. Уже на следующий день Мерецков был объявлен шпионом и оказался в камере Лубянки, а Жуков, Шапошников, Кулик, Ворошилов, Буденный и Мехлис отбыли на фронты. Воронов, Кузнецов и Жигарев приглашались на заседания лишь при обсуждении вопросов, входивших в их компетенцию. Поэтому маршал Тимошенко, не входивший в высшее политическое руководство страны, часто оказывался в нелепом положении. По свидетельству адмирала Н.Г. Кузнецова, члены Ставки, входившие в Политбюро, совсем не собирались подчиняться Тимошенко, а требовали от своего номинального руководителя докладов, информации и даже отчета о действиях. Такое ненормальное положение не могло продолжаться долго, и 10 июля создается Ставка Верховного Командования под председательством Сталина. Вместе с ним членами высшего органа стратегического руководства стали Молотов, Жуков, Буденный, Ворошилов, Тимошенко и Шапошников. Институт постоянных советников упразднялся. С 8 августа Сталин стал именоваться Верховным Главнокомандующим.
Боевые действия на фронтах разворачивались совсем не так, как представлялось до войны. Попытки советского командования остановить продвижение немецких войск и отбросить их за линию государственной границы потерпели неудачу. Спешно организованные контрудары механизированных корпусов лишь ненадолго задержали противника, привели к большим потерям, но не спасли положения. Против 5 советских дивизий первого эшелона приграничных округов, растянутых на огромном фронте, противник бросил 149 дивизий. Если же учесть, что ударные немецкие группировки были сконцентрированы против слабо защищенных участков нашей обороны, то их преимущество становилось подавляющим.
Несмотря на героическое сопротивление советских войск, немецкие танковые клинья прорывали нашу оборону и устремлялись в глубь страны, захватывая огромные трофеи и уничтожая сначала дивизии первого эшелона, затем — второго и, наконец, обрушиваясь на резервы округов.
В первые дни войны командующие фронтами из-за разрушения линий связи и частичной потери управления войсками сами не имели достоверных сведений об истинном положении дел и нередко сообщали в Ставку явно завышенные данные о потерях противника. Эти доклады поддерживали уверенность Сталина в скорейшем поражении немцев. Он не верно представлял себе масштабы постигшей страну катастрофы и те силы, которые действительно могли бы разгромить врага, поэтому он ставил перед войсками нереальные задачи, требуя их выполнения в невероятно короткие сроки. Эти некомпетентные указания привели к напрасной растрате сил и средств.
По мнению маршала Жукова, в этот период Сталин слабо разбирался в вопросах военной стратегии и еще хуже в оперативном искусстве, имел весьма поверхностное представление о взаимодействии различных родов войск, требовал вводить в сражение все новые и новые части, многие из которых еще не закончили обучения и формирования. На доводы военных, что это повлечет за собой излишние потери, Сталин отвечал: «Нечего хныкать, на то и война». Пренебрежение опытом профессионалов и попытки проявить свое личное оперативно-стратегическое творчество вели к неоправданным людским и территориальным потерям.
К исходу первой недели войны стало ясно, что остановить врага в ближайшее время не удастся, поэтому нужны серьезные меры по перестройке всей жизни страны на военный лад. Члены Политбюро Молотов и Микоян и секретарь ЦК Щербаков подготовили проект директивы СНК СССР и ЦК ВКП(б) партийным и советским организациям прифронтовых областей, которая требовала подчинить интересам фронта всю деятельность тыла, организовать всестороннюю помощь действующей армии, снабдить ее всем необходимым, оперативно провести мобилизацию людей и эвакуацию материальных ценностей, а в занятых врагом районах создавать партизанские отряды и диверсионные группы. Сталин и Маленков тщательно отредактировали представленный документ, и 29 июня директива была разослана на места.
В тот же день Сталин дважды приезжал в Наркомат обороны и в Ставку. Накануне войска немецкой группы армий «Центр» захватили столицу Белоруссии Минск и окружили значительную часть войск нашего Западного фронта. В результате падения Минска произошло серьезное ухудшение военно-стратегической обстановки. Когда вечером 29 июня в здании Наркомата обороны внезапно появились члены Политбюро во главе со Сталиным, это вызвало некоторое замешательство среди военных. Подробности данного визита сообщили впоследствии Молотов и Микоян. Когда Жуков доложил об очередном отходе войск и о потере связи с Минском, Сталин вскипел: «Что за Генеральный штаб, что за начальник штаба, который так растерялся, что не имеет связи с войсками, никого не представляет и никем не командует».