Революция явно не укладывалась в разработанные на III съезде схемы. В городах и фабричных поселках стали возникать новые организации, не предусмотренные партийными резолюциями, — Советы рабочих депутатов. Они стали брать на себя руководство действиями пролетариата, которое, согласно марксистской науке, могло принадлежать только пролетарской партии. Среди местных большевистских деятелей росло раздражение против Советов и против меньшевиков, которые в них активно участвовали. Видные петербургские большевики Б.М. Кнунянц (Б. Радин), А.А. Богданов и другие требовали, чтобы Советы приняли программу РСДРП. Заговорили даже о возможности роспуска Советов.
Осенью 1905 г ., после манифеста 17 октября, В.И. Ленин выехал в Россию. Остановившись по дороге в Стокгольме, он написал статью «Наши задачи и Совет рабочих депутатов (Письмо в редакцию)». В этой статье он писал о Советах как о «политически-руководящем революционном центре». Статья не была своевременно опубликована, и Ленин долгое время воздерживался от повторения высказанных в ней идей. По-видимому, это был тот редкий случай, когда он поддался давлению своих соратников. Лишь в 1906 г . Ленин вернулся к идее Совета как зародыша революционного правительства, но Советов к этому времени уже нигде не было.
На практике, однако, большевики вскоре смирились с Советами и даже стали активно в них работать. В числе депутатов Петербургского совета было 40 большевиков. В ноябре 1905 г . на его заседании выступил Ленин. Но первоначально враждебное отношение к Совету ослабило влияние на него большевиков. Более половины депутатов были меньшевиками. К ним примкнул и первый председатель Совета адвокат Г.С. Хрусталев-Носарь. Особую роль в Совете играл Л.Д. Троцкий, считавшийся внефракционным социал-демократом, но тяготевший в ту пору к меньшевикам. Им принадлежала руководящая роль еще в 10 Советах (в Баку, Екатеринославе, Николаеве, Ростове-на-Дону и других городах). Однако Московский совет был преимущественно большевистским. И в провинциальных Советах влияние большевиков было значительней — 47 Советов возглавлялись большевиками или находились под их влиянием.
После ареста Петербургского совета 3 декабря 1905 г . главные события переместились в Москву. Московский совет был настроен крайне воинственно. В общем-то это отражало настроения рабочих. Московские большевики и эсеры агитировали за всеобщую забастовку, чтобы перевести ее в восстание. Правда, центральное большевистское руководство, по-видимому, не придавало особого значения назревавшим в Москве событиям. Готовился партийный съезд в Таммерфорсе (Финляндия). Многие делегаты не смогли приехать, и вместо съезда была проведена конференция. В разгар московских событий, 12—17 декабря 1905 г ., в далеком Таммерфорсе большевики обсуждали вопросы о взаимоотношениях с меньшевиками, об изменении аграрной программы и об отношении к Думе.
7 декабря в Москве началась забастовка. По городу шли демонстрации с красными флагами. Затем появились баррикады. Всего в московском восстании участвовало 1,5—2 тыс. вооруженных дружинников (600 большевиков, 300 эсеров и 250 меньшевиков).
Войска рассекли восстание на несколько очагов. Дольше всех держалась Пресня, где обороной руководили большевик З.Я. Литвин-Седой и эсер М.И. Соколов. 19 декабря Литвин-Седой отдал приказ об отходе. Горящую Пресню, оставленную дружинниками, до поздней ночи продолжала обстреливать артиллерия. Дружинники, попадавшиеся в руки военных, расстреливались на месте. Такая участь постигла паровозного машиниста эсера А.В. Ухтомского, который вывез из города одну из дружин. Общие потери среди гражданского населения (мирного и немирного) составили около тысячи человек. Войска потеряли 66 человек (в том числе было 40 легко раненных).
Плохо подготовленное, не имевшее единого руководства, восстание заведомо было обречено на неудачу. «Не нужно было и браться за оружие», — резонно заметил Плеханов. Наоборот, Ленин задним числом высоко оценил выступление московских рабочих, назвав его «маяком для работы нескольких поколений».
Декабрьские восстания 1905 г . (в Москве и других городах), несмотря на героизм повстанцев, принесли мало пользы. Легкая победа, одержанная старым режимом, помогла ему собраться с духом и воспрянуть. Декабрьские поражения вызвали перелом в настроении народа. Сначала это было не очень заметно, но затем стало явственно ощущаться. Революция миновала высшую свою точку.
Ни одна из революционных партий не заметила перемены в настроении народа. Все они считали, что «настоящее» восстание еще впереди. Развертывалась его военно-техническая подготовка, создавались мастерские по производству бомб, формировались боевые дружины, за границей закупалось оружие. В ноябре 1906 г ., спасаясь от русских миноносцев, у берегов Румынии затонула яхта «Зора» с винтовками и пулеметами, приобретенными большевиками.