П.А. Столыпина особенно возмутило, что правительству «вставляют палки в колеса» те, кто громогласно объявлял себя радетелем имперских интересов России и чьи позиции в конечном счете проект защищал. В этой обстановке самообладание Петру Аркадьевичу, очевидно, изменило. Тяжелая повседневная работа на двух ответственнейших государственных постах, упорное противодействие, которое он постоянно ощущал, не могли не сказаться даже на такой сильной натуре. На следующий день после голосования премьер посетил императора и сообщил ему о своем решении подать в отставку. Царь был невероятно удивлен этой просьбой и заявил: «Я не могу согласиться на Ваше увольнение, и я надеюсь, что Вы не станете на этом настаивать, отдавая себе отчет, каким образом могу я не только лишиться Вас, но допустить исход под влиянием частичного несогласия Совета» и попросил П.А. Столыпина предложить «какой-либо иной исход».
И премьер предложил путь, неоднократно уже испытанный и позволявший оперативно решать сложные задачи, не откладывая их в долгий ящик всевозможных обсуждений и согласований. Речь шла о том, чтобы распустить на несколько дней обе палаты и провести законопроект по 87 статье «Основных законов...». Предложение вызвало сомнения у императора именно в силу того, что амбиции депутатов не позволят им молча проглотить такую «горькую пилюлю» и страсти разгорятся с невероятной силой. Но эти опасения представлялись главе правительства несущественными, он был уверен, что большинство Думы поймет и поддержит подобный шаг. В конечном итоге он не только убедил монарха в уместности этого шага, но и попросил его примерно наказать лидеров правых в Государственном совете П.Н. Дурново и В.Ф. Трепова — прервать их работу в Совете и рекомендовать им выехать из Петербурга. Царь был озадачен и попросил время на обдумывание подобных мер.
Размышление продолжалось пять дней, и весь этот период правительство находилось в подвешенном состоянии. Столыпин не питал особых надежд на благоприятный исход, понимая, что его предложения не могли не уязвить самолюбие монарха, получившего по сути дела ультиматум. Потом говорили, что в защиту позиции главы правительства выступили некоторые влиятельные члены императорской фамилии, в том числе и вдовствующая императрица Мария Федоровна. Так или иначе, но случилось почти невероятное: 10 марта 1911 г . Петр Аркадьевич был вызван в Царское Село, где император подписал указы о перерыве сессий Государственного совета и Государственной думы и поручил объявить П.Н. Дурново и В.Ф. Трепову повеление выехать из Петербурга. Это был, по словам одного из современников, действительно «неслыханный триумф Столыпина».
Но дальше произошли события, показавшие верность царских опасений. Как только был опубликован указ о перерыве работы законодательных палат, немедленно последовала бурная реакция тех, на кого Столыпин опирался в предыдущие годы. Взбунтовались октябристы. Они сочли, что этот шаг ведет к недопустимому умалению авторитета представительных учреждений и означает поворот к прошлому. Когда же 14 марта был издан по 87 статье закон о западном земстве, то возмущение охватило даже самых преданных столыпинских сторонников. Председатель Думы А.И. Гучков в знак протеста демонстративно сложил с себя звание председателя, а несколько думских фракций внесли запросы о нарушении «Основных законов...». Негодовали и правые, возмущенные репрессиями против своих лидеров. Вся печать ополчилась против премьера. Глава кабинета выступил с разъяснениями и в верхней палате, и в нижней, но лавров не снискал.
П.А. Столыпин занимал свои посты еще несколько месяцев, однако его государственная карьера была насильственно прервана: 1 сентября 1911 г . он стал жертвой террористического покушения.
В конце августа 1911 г . в Киеве проходили пышные торжества, посвященные открытию памятника Александру II в связи с 50-летием крестьянской реформы 1861 г . На эти празднества прибыли царская семья и высшие должностные лица империи. Премьер приехал заранее для того, чтобы организовать 29 августа встречу монарха. Последующие три дня прошли в круговерти приемов, торжественных молебнов, смотров и парадов. Вечером 1 сентября, в последний день торжеств, в Киевском городском театре шла опера Н.А. Римского-Корсакова «Сказка о царе Салтане», на которой присутствовали царь со старшими дочерьми, министры, генералитет, «сливки» киевского общества. Во время второго антракта, примерно в 23 часа 30 минут, к премьеру, стоявшему перед первым рядом кресел, подошел молодой человек во фраке и произвел в упор два выстрела. Петр Аркадьевич Столыпин был помещен в одну из киевских клиник, где 5 сентября в 10 часов 12 минут вечера скончался и 9 сентября был торжественно похоронен в Киево-Печерской лавре.