В этих условиях выборы стали мощным каналом выражения протестных настроений и часто принимали характер референдума – «за» или «против» руководителей региона, других «начальников», на которых возлагалась ответственность за кризисное состояние страны. Почти все первые секретари республиканских и областных комитетов КПСС, многие другие партийные, советские и крупные хозяйственные руководители были вынуждены «по должности» выставить свои кандидатуры. Партийно-советский аппарат применил весь имевшийся в его распоряжении арсенал административно-бюрократических методов, чтобы предотвратить выдвижение нежелательных кандидатов, которые могли составить конкуренцию его ставленникам. Для этого затягивали сроки регистрации политических противников, им не предоставляли залы для выдвижения по месту жительства, с помощью подставных кандидатов имитировали альтернативность выборов, искусно манипулировали окружными предвыборными собраниями, во многих случаях организовывали гонения неугодных. Однако эти меры часто давали обратные результаты. Российское общество всё более решительно настраивалось против существовавшей коммунистической власти, что в условиях общественной свободы вело к революционному кризису.
Первым главным итогом выборов стало громкое поражение 38 первых секретарей обкомов КПСС и ряда других руководителей – председателей облисполкомов, командующих военными округами и др. В то же время оглушительным успехом у избирателей пользовались представители гуманитарной интеллигенции – известные критическими выступлениями писатели, публицисты, ученые, артисты. Несмотря на бюрократические препоны, немало выдающихся фигур стало депутатами от общественных организаций – творческих союзов, Академии наук и др. Среди избранных были люди, известные своим свободомыслием – академик Андрей Сахаров, экономисты Николай Шмелев и Гавриил Попов, правовед Анатолий Собчак, историк Юрий Афанасьев, социолог Татьяна Заславская, этнолог Галина Старовойтова, избранная от Армении.
Второй очевидный итог голосования состоял в том, что оно выявило огромные контрасты в политической активности и настроениях избирателей, отразившие этнокультурные различия и разрыв в уровне социально-экономического развития между союзными республиками и регионами. Прежде всего, на выборах ярко обозначилась исключительная роль Москвы, Ленинграда и других крупных городов, население которых решительно поддержало оппозиционных кандидатов, прежде всего из числа демократической интеллигенции. Особую известность получила убедительная победа Бориса Ельцина в Московском национально-территориальном округе, охватывавшем всю столицу (он получил около 90 % голосов).
Обнаружилась четкая закономерность «центр – периферия»: чем больше город, тем в большей степени идеологически раскрепощенными были его жители, тем сильнее были их протестные настроения. В более урбанизированных и промышленных округах севера европейской территории РСФСР и Западной Сибири, на Урале и Дальнем Востоке выборы проходили под знаком «презумпции виновности» «начальников», КПСС. Напротив, в регионах с большей долей сельского населения на юге и юго-западе России избиратели послушно голосовали за кандидатов, предложенных «сверху».
Итоги выборов в союзных республиках стали провозвестниками скорого распада СССР. В Прибалтике и трёх галицийских областях Западной Украины голосование вылилось в хорошо организованное противостояние между народными фронтами и структурами КПСС. В предвыборной дискуссии абсолютно доминировала тема национального возрождения и суверенитета. В Казахстане, Средней Азии и Закавказье в целом еще господствовала традиционная для советского времени модель голосования: высокая явка избирателей сочеталась с поддержкой предложенных партийным аппаратом кандидатов. Альтернативность порой даже не обозначалась.
21 мая на стадионе в Лужниках в Москве проходит 150-тысячный митинг в поддержку дальнейшей демократизации политической жизни. 25 мая 1989 г. открылся I Съезд народных депутатов.
Работа I Съезда народных депутатов СССР произвела на российское общество ошеломляющее впечатление своей открытостью, непредсказуемостью, зрелищностью, отразила широкие надежды на быстрое обновление и улучшение жизни. Заседания съезда напоминали непрерывный многодневный митинг и транслировались на всю страну по радио и телевидению, их слушали даже в общественном транспорте. Люди не отходили от телевизоров до поздней ночи, когда повторно показывали дневные заседания. Общество, совершенно отученное от гражданской свободы в течение трёх поколений, смотрело и не верило в реальность происходящего. Люди щипали себя за руку – не сон ли всё это.