С приходом Президента Владимира Путина встречи главы государства с руководством РПЦ стали регулярными. В 2000–2008 гг. самым авторитетным политиком, судя по опросам, неизменно являлся Президент Путин, самым авторитетным общественным деятелем – Патриарх Алексий II. Если в 1998 г. Церковь казалась самым достойным доверия институтом в России, то в 2008-м она, увеличив свою популярность, все же отошла на четвертое место после Президента, правительства и армии.
Важнейшим моментом в сфере церковно-государственных отношений стало признание главой Российского государства принципа восстановления собственнических прав Церкви на отобранное у нее большевиками имущество. На встрече с архиереями Русской Церкви в Большом Кремлевском дворце 6 октября 2004 г. Президент Путин сказал: «Я глубоко убежден, то, что произошло после 1917 г., – это не просто аморальные, это и незаконные действия – лишение Церкви имущества. И, конечно, историческая справедливость должна быть восстановлена, здесь не может быть никаких сомнений. Моя позиция заключается именно в этом. И решение по земле как раз, по-моему, подтверждает такие намерения. Вопрос в том, как это сделать, как это сделать аккуратно, чтобы не навредить ткани отношений, которые сложились на сегодняшний день в обществе, не навредить самим объектам и так далее». Но после 1917 г. имущества была лишена не одна Церковь, но практически всё общество. Так Церковь стала первой ласточкой будущего процесса восстановления попранной справедливости и нарушенного в отношении десятков миллионов российских граждан закона в области собственнических и наследственных прав.
13–16 августа 2000 г. состоялся Архиерейский Юбилейный собор, имевший важнейшее общественное и церковное значение. На нём был прославлен Собор новомучеников и исповедников Российских XX века, число которых – с включением ранее канонизированных новомучеников и исповедников – превысило 1200 человек. Собором были прославлены Император Николай II и Царская Семья, убиенные в Екатеринбурге 17 июля 1918 г. В результате соборной канонизации сонм русских святых, по меньшей мере, троекратно превзошел число русских святых, канонизированных за всю прежнюю историю Русской Церкви. Актом канонизации новомучеников и исповедников собор 2000 г. вынес духовный вердикт власти коммунистов над Россией – ведь убийцей и истязателем новых святых был именно коммунистический режим. Самое первое мученичество претерпел священник Иоанн Кочуров, убитый в Царском Селе 31 октября 1917 г., последние акты исповедничества приходятся уже на 1960-е гг.
Важнейшим деянием собора стало принятие «Основ социальной концепции РПЦ», документа, ставшего уникальным явлением в истории православия, поскольку ни одна другая Поместная Церковь не имела учения, столь полно и систематично излагавшего позицию Церкви по общественным проблемам, в т. ч. таким как собственность, светская культура и наука, мир, война, преступность, СМИ, труд, вопросы семьи и брака, биоэтики и экологии.
Очень существенно, что в «Основах социальной концепции» Русская Церковь принципиально отвергла практику, именуемую «сергианством» (по имени митрополита Сергия Страгородского, подчинившего в 1927 г. Церковь советской власти, которая ставила задачей борьбу с Богом и Церковью).