Очень тяжелым оказалось положение предприятий военно – промышленного комплекса. С конца 1980-х гг. на заводах и в отраслевых НИИ стали задерживать зарплату, покупательные возможности которой и так постоянно уменьшались из-за инфляции. Начались массовые увольнения высококвалифицированных специалистов, а «красные» директора в большинстве своем оказались полностью некомпетентными и профессионально непригодными руководителями. Только те российские предприятия, во главе которых по различному стечению обстоятельств оказались талантливые руководители, смогли выжить в новых рыночных условиях, используя высокий интеллектуальный потенциал, накопленный в прошлые годы. Таковых предприятий оказалось немного. РКК «Энергия» (пилотируемая космонавтика), ОКБ «Рубин» (атомные подводные лодки), НПО точной механики им. М. Ф. Решетнева (спутники связи), ЦНИИ «Электроприбор» (г. Санкт-Петербург – командные гироскопические приборы и навигационные системы), авиационные КБ имени Туполева, Ильюшина, Сухого и ряд других, заключив выгодные международные контракты, сумели сохранить и интеллектуальный потенциал, и промышленное производство.
Продолжалось и успешное освоение космоса. 25 февраля 1992 г. было образовано Российское космическое агентство, возглавил которое Ю. Н. Коптев. 8 июня был заключен первый контракт между НАСА и НПО «Энергия», а 17 июня в Вашингтоне было выработано соглашение по сотрудничеству в области исследования космического пространства в мирных целях, подписанное Президентами России и США.
В 1992 г. совершили полеты на станцию «Мир» международные экипажи на космических кораблях «Союз ТМ-14» и «Союз ТМ-15». В 1993 г. продолжались полеты международных экипажей, а 1 ноября РКА и НАСА подписали «Детальный план работ по созданию международной космической станции». 8 января 1994 г. состоялся полет космического корабля «Союз ТМ-18» с экипажем: В. М. Афанасьев, Ю. В. Усачев и В. В. Поляков. Космонавты В. М. Афанасьев и Ю. В. Усачев 9 июля вернулись на Землю, а врач-исследователь В. В. Поляков остался работать на станции «Мир» и вернулся на Землю через 438 суток, установив абсолютный рекорд по длительности пребывания в космосе.
29 апреля 1994 г. на базе НПО «Энергия» была образована Ракетно-космическая корпорация «Энергия», ставшая акционерным обществом, президентом которого был назначен Ю. П. Семенов. 17 июня 1994 г. был подписан контракт между НАСА и РКА «О поставках и услугах для станции «Мир» и международной космической станции» на сумму в 400 миллионов долларов США.
23 апреля 1996 г. осуществился запуск модуля «Природа», который через 3 дня состыковался со станцией «Мир». Таким образом, строительство станции было закончено через 10 лет после запуска ее базового модуля. Работы на станции «Мир» продолжались еще 5 лет. 23 марта 2001 г. станция была затоплена, однако на орбите уже велось строительство Международной космической станции (МКС).
20 ноября 1998 г. был запущен первый элемент МКС – российский модуль «Заря». Срок эксплуатации МКС должен составить не менее 15 лет. К окончанию строительства планировалось довести массу станции до 470 тонн, а ее объем до 370 м3
. Полеты на МКС международных экипажей стали нормой, а в 2000-е гг. развился и космический туризм. Задача освоения космоса окончательно стала общечеловеческой.Важное значение для развития экономики имело изменение в 1994 г. прежней схемы приватизации. Правительством было признано, что ваучерная приватизация не привела к оживлению промышленности, не создала ни стратегических инвесторов, ни среднего класса, и практически ничего не дала бюджету. Второй этап приватизации предполагал открытую продажу предприятий по их рыночной стоимости. Надежды правительства были связаны с тем, что в этом случае приватизируемые предприятия приобретут эффективных хозяев, а государственная казна получит серьезный реальный доход.
Ожидание высоких доходов не оправдалось, они оказались в несколько раз ниже запланированных и даже ниже, чем на ваучерном этапе 1992–1993 гг. К злоупотреблениям и махинациям, характерным для первого этапа, добавились новые. Вместо открытых и честных аукционов, в которых на равных могли конкурировать все желающие, распространилась практика сговоров госчиновников, ответственных за приватизацию, и ловких банкиров, финансовых дельцов, теневого бизнеса. В результате предприятия продавались по цене, гораздо ниже рыночной.