В результате во многих регионах к руководству пришли представители КПРФ или кандидаты, поддержанные коммунистами и другими оппозиционными Кремлю партиями. В ряде региональных парламентов им принадлежало прочное большинство. Хотя, как правило, став губернаторами, деятели оппозиции приостанавливали свое членство в КПРФ и пытались «в интересах региона» доказать Администрации Президента свою лояльность, их отношения с Кремлем оставались напряженными.
Несмотря на очевидные дезинтеграционные тенденции в 1990-х гг., сохранялись мощные факторы, способствовавшие единству России. Прежде всего, это – привычка жить в крупной и высоко централизованной стране, авторитет центральной власти – органическая часть российской политической культуры, уходящая корнями в глубокое прошлое. В стране веками существовало единое культурное, политическое, научно-образовательное и информационное пространство. Русскому языку как средству межнационального общения не было альтернативы. Центральное телевидение оставалось наиболее популярным и всепроникающим СМИ.
Распад Советского Союза показал и элите, и общественному мнению в целом, насколько взаимозависимо хозяйство регионов, к каким тяжелым экономическим последствиям и межнациональным конфликтам может привести даже частичная политическая дезинтеграция России. Еще в начале 1990-х гг. наметилось стремление соседних территорий к конструктивному сотрудничеству и объединению в региональные ассоциации, границы которых, как правило, совпадали с рубежами экономических районов бывшего Госплана. Наконец, подавляющее большинство регионов России, в том числе почти все республики, не могли обойтись без трансфертов из федерального центра. Число регионов-«доноров» федерального бюджета менялось в зависимости от налоговой системы и методов расчета, но, как правило, редко выходило за пределы десятка: к ним принадлежали Москва и Петербург, Московская область, нефтегазоносные регионы Сибири и еще несколько богатых экспортными ресурсами и промышленно развитых областей, возглавляемых городами-миллионерами. При этом в бюджетах многих регионов доля трансфертов из федерального центра достигала 90 %.
Тем не менее, в 1990-е гг. в регионах принимали законы, откровенно противоречившие федеральному законодательству, и даже провозглашали их приоритет. Федеральный центр был вынужден закрывать на это глаза, поскольку был заинтересован в политической стабильности и использовании на общефедеральных выборах «административного ресурса» в интересах «партии власти». Генеральная прокуратура выявила около 3,5 тысячи несоответствий конституций и уставов регионов федеральной Конституции, что означало разрушение единого правового пространства страны и не соответствовало сути федеративных отношений.
Противоречили Основному закону страны многие конституции республик и уставы, принятые в краях и областях. Например, конституция Тувы провозглашала эту республику «суверенным демократическим государством», имеющим право на самоопределение и выход из состава Российской Федерации (ни в одной стране с федеративным государственным устройством конституции не предусматривают право выхода из Федерации). В Конституции Татарстана было записано, что эта республика – суверенное государство, субъект международного права, «ассоциированное с Россией на основе Договора о взаимном делегировании полномочий и предметов ведения».
Итоги первых выборов в законодательные собрания (думы) регионов, проведенных в основном в 1994 г., показали, что в политической жизни регионов четко обозначилось абсолютное доминирование исполнительной власти, отразившееся в конституциях республик и уставах краев и областей. Влияние депутатов на состав и действия администраций в лояльных президенту северных регионах было с самого начала крайне ограниченно. В регионах «красного пояса» законодательные собрания пытались предусмотреть возможность влиять на назначенных из Москвы губернаторов, но затем местные лидеры оппозиции, победив на губернаторских выборах, также поспешили укрепить свои позиции. К тому же решениями Конституционного суда были установлены пределы полномочий региональной законодательной власти.