В марте 2003 г. в Чечне был проведен референдум, около 80 % участников которого проголосовало за принятие новой конституции. За рубежом итоги референдума и последующих голосований в Чечне не признают, считая, что продолжающаяся партизанская война и массовые нарушения прав человека не давали возможности организовать справедливые выборы и не допустить фальсификации волеизъявления избирателей.
В новой Конституции было установлено, что Чечня является частью Российской Федерации. В соответствии с ней в октябре 2003 г. А. Кадыров был избран на пост президента, получив 82 % голосов. Правительством Чечни при А. Кадырове руководили российские чиновники, назначавшиеся Москвой. Однако 9 мая 2004 г. во время празднования Дня Победы Кадыров был убит взрывом фугаса, заложенного под трибуну, на которой находилось руководство республики. Через несколько месяцев на его место был избран Алу Алханов, занимавший ранее пост министра внутренних дел. В ноябре 2005 г. состоялись первые после провозглашенного окончания боевых действий парламентские выборы, завершившиеся победой «Единой России».
Но рычаги реальной власти все больше забирал в свои руки младший сын А. Кадырова Рамзан, ставший после гибели отца первым вице-премьером, а потом и премьером. Он еще со времен независимой Ичкерии был помощником и главой охраны отца, а после его избрания президентом стал всемогущим начальником Службы безопасности, состоявшей преимущественно из лично преданных ему бывших боевиков и наводившей страх на всю республику. Фигура Р. Кадырова воплощала проводившуюся федеральными властями политику «чеченизации» конфликта – курс на формирование силовых структур и органов управления, состоящих из самих чеченцев, и постепенный вывод из республики частей армии и внутренних войск, за исключением дислоцированных на постоянной основе.
Отряды Р. Кадырова, постепенно интегрированные в систему Министерства внутренних дел, каленым железом наводили в республике «конституционный порядок». Кадырова-младшего неоднократно обвиняли в причастности к захвату заложников, похищениям людей и пыткам, в расправах без суда и следствия, организации покушений на личных врагов в российских городах. По словам А. Алханова, с 2000 г. в Чечне пропали без вести 1898 человек.
Противостояние лояльного Москве А. Алханова до поры создавало формальный противовес безграничной власти импульсивного Кадырова. Однако Кадыров ждал своего 30-летия, исполнившегося в октябре 2006 г., после чего он мог, согласно конституции, занять пост президента. В начале 2007 г. президент Путин принял добровольную отставку А. Алханова и назначил Р. Кадырова президентом Чеченской республики.
Новый руководитель Чечни, декларируя личную лояльность президенту Путину, снял свое требование подписать договор о разделении полномочий с федеральным центром, предполагающий экономические и политические преференции. Он взял себе роль объединителя республики, пекущегося о ее скорейшем восстановлении. Действительно, на средства федерального центра в Чечне, и особенно в Грозном, было начато большое строительство. В 2006 г. Чечня получила от федерального центра по всем программам 28 млрд руб. Были восстановлены энергосистема, ряд предприятий, железная дорога, Грозненский аэропорт, заново отстроены центральные улицы, школы, детские сады, больницы. Восстановленными объявлены города Аргун и Гудермес.
Тем не менее к началу 2007 г. положение в Чечне оставалось сложным. Около 60 % трудоспособного населения республики не имело работы. Особенно остро стояла проблема трудоустройства тысяч бывших боевиков. Федеральные власти объявили в 2006 г. амнистию тем из них, кто не был замешан в террористических акциях и других преступлениях и добровольно сдаст оружие. Однако большого успеха эта акция не имела: по официальным данным, ей воспользовалось около 600 человек. В республике по-прежнему действовали группы боевиков, причем в оценке их численности между разными официальными источниками имеются большие разногласия. Хотя число террористических акций и похищений людей в Чечне и на Северном Кавказе в целом к 2007–2008 гг. существенно уменьшилось, они далеко не прекратились.