Вслед за не прекращавшимися и в 1928 г. арестами священнослужителей, впрочем, преимущественно из среды противосергианской, в 1929 г. на Русскую Православную Церковь обрушились новые свирепые гонения, которые сопровождали развернувшуюся тогда в стране коллективизацию. Постановление ВЦИК и СНК СССР от 8 апреля 1929 г. и позднейшая инструкция НКВД отрицали какие-либо права Церкви как юридического лица, требовали регистрации местных «двадцаток» верующих, которым государство могло предоставлять в пользование храм, запрещая любую деятельность вне его стен.
Принятое ВЦИК 8 апреля 1929 г. постановление «О религиозных объединениях», которое вплоть до конца 1980-х гг. будет формально определять систему церковно-государственных отношений, стало вторым после декрета «О свободе совести» от 20 января 1918 г. законодательным прикрытием большевицкой политики перманентных церковных гонений. В период с 1929 по 1934 г. было репрессировано почти 40 тыс. представителей духовенства и монашества, из которых около 5 тыс. – убито, закрыты все монастыри, число действующих храмов сократилось с 28 500 до 10 000 (в 1914 г. действующих церквей и часовен насчитывалось 67 100). В том же году последовала антиколокольная кампания: колокола снимали и сдавали на лом. Погибло множество бесценных колоколов, отлитых русскими мастерами за полтысячелетия. Большевицкое руководство развернуло вербовку граждан в «Союз воинствующих безбожников», просуществовавший с 1925 по 1943 г. В ответ на гонения и разделения внутри Церкви стали возникать различные секты, видевшие в коммунистах власть антихриста. В 1926–1927 гг. их подвергли яростному преследованию.
Во всем мире поднялась волна возмущения творимыми большевиками в России гонениями на Православную Церковь. Тогда в начале 1930 г. ОГПУ заставило митрополита Сергия сделать заявление, что никаких гонений на Церковь в СССР нет. Эта кощунственная ложь потрясла верующих и в России и в эмиграции, а также друзей Русской Церкви во всем мире.
Если митрополит Сергий надеялся на то, что полученная ценой столь значительных с его стороны уступок легализация Московской Патриархии приведёт к ослаблению церковных гонений, то надежды эти оказались тщетными.
Разделявший характерное для многих «непоминающих» епископов представление о том, что отличительной чертой обновленчества являлось не столько самочинное проведение литургических и канонических реформ, сколько крайнее раболепие, побуждавшее обновленцев идти на любые формы сотрудничества с богоборческим большевицким режимом, митрополит Кирилл писал за несколько месяцев до своего расстрела 20 ноября 1937 г.: «Ожидания, что м[итрополит] Сергий исправит свои ошибки, не оправдались… и оч[ень] многие разобрались и поняли, что м[итрополит] С[ерг]-ий отходит от той Православной Церкви, какую завещал нам хранить св. Патриарх Тихон, и следовательно для православных нет с ним части и жребия. Происшествия же последнего времени окончательно выявили обновленческую природу сергианства». При этом св. митрополит Кирилл подчеркивал, что первым иерархом, указавшим на пагубность для Церкви сервилистской политики Заместителя Патриаршего Местоблюстителя оказался другой Заместитель Патриаршего Местоблюстителя митрополит Иосиф, с чьего «именно благословения был высказан от Петроградской епархии первый протест против затеи м[итрополита] Сергия и дано было всем предостережение в грядущей опасности».
В качестве единственной альтернативы той системе высшего церковного управления, которую предлагал Русской Православной Церкви митрополит Сергий, отождествлявший свои полномочия Заместителя Патриаршего Местоблюстителя с полномочиями предстоятеля Церкви, непоминающие его за богослужением новомученики-архиереи видели организацию церковного управления на основании указа Св. Патриарха Тихона Священного Синода и Высшего Церковного Совета от 7(20) ноября 1920 г., предполагавшего самостоятельное управление епархией правящим архиереем в условиях отсутствия канонического центра высшего церковного управления или отсутствия с ним связей.