Однако планировавшуюся коммунистическим режимом внешнеполитическую религиозно-пропагандистскую акцию не удалось осуществить в полной мере. В июле 1948 г. в Москве был созван не Вселенский и даже не Всеправославный Собор, а всего лишь совещание, посвящённое 500-летию автокефалии Русской Православной Церкви. Причиной этого стал отказ принимать в нем участие делегаций Иерусалимского Патриархата и Кипрской Церкви. Делегации, представлявшие Константинопольский Патриархат и Элладскую Церковь, участвовали лишь в богослужениях и праздничных мероприятиях и отказались рассматривать политизированные постановления «Ватикан и Православная Церковь», «Экуменическое движение и Православная Церковь», «Обращение к христианам всего мира», которые обсуждались и принимались преимущественно членами делегаций Православных Поместных Церквей, находившихся на территории стран с коммунистическими режимами. Несмотря на отказ Русской Православной Церкви участвовать в работе Первой ассамблеи Всемирного Совета Церквей в августе-сентябре 1948 г. и вопреки противодействию Московской Патриархии три Поместные Православные Церкви вступили в эту экуменическую организацию.
Сталинскому государству удалось успешно использовать руководство Московской Патриархии для политической нейтрализации церковной иерархии ряда Поместных Православных Церквей, находившихся в тех странах Восточной Европы, в которых в это время утверждались у власти коммунистические режимы. К концу 1940-х гг. эти режимы были уже достаточно стабильны и могли не опасаться политической оппозиции со стороны национальных церковных иерархий. В то же время Московское совещание 1948 г. показало невозможность создания под руководством Русской Православной Церкви единого всеправославного церковного блока, который бы стал религиозно-пропагандистским проводником агрессивной внешней политики коммунистического режима и мог содействовать коммунистическому режиму СССР в борьбе с Ватиканом, в стремлении усилить советское влияние в экуменическом движении и на Ближнем Востоке. Не исключая возможности дальнейшего использования Русской Православной Церкви в своей внешней политике, коммунистический режим в своей внутренней политике со второй половины 1948 г. стал последовательно проводить гораздо более естественный и привычный для него курс, направленный на подавление церковной жизни в стране. Одновременно в коммунистическом руководстве обсуждались варианты раскола католической церкви. Серьезно рассматривался вопрос о создании «антипапы» для католиков СССР и Восточной Европы с резиденцией то ли в Киеве, то ли в Будапеште. Но тут, дальше разговоров пойти не решились.
Свидетельство очевидца
Бывший заключенный Спасского лагеря близ Караганды, православный протоиерей из Латвии Георгий Тайлов вспоминал: «Католические священники были собраны не только из Прибалтики, Польши и Украины. Здесь (в Спасском лагере. –
Очередная волна арестов духовенства захлестнула Церковь ещё весной 1948 г. и продолжалась до 1953 г включительно. Так в июле 1948 г. был арестован и приговорен к десятилетнему сроку заключения перешедший в юрисдикцию Московской Патриархии из Русской Зарубежной Церкви митрополит Нестор (Анисимов), в сентябре 1948 г. были арестованы и в дальнейшем получили такие же сроки архиепископ Мануил (Лемешевский) и архимандрит Вениамин (Милов), инспектор Московской Духовной академии. Всего же только с января по июнь 1948 г. было арестовано 679 православных священнослужителей.