Военные действия на территории Советского Союза не прекратились в День Победы 9 мая 1945 г. «Третья гражданская» война продолжалась. Повстанческие отряды боролись против советской власти на Украине – созданная весной 1943 г. Украинская повстанческая армия (УПА); в Литве – Армия освобождения, ведшая свою преемственность от довоенного литовского государства, а также на Брянщине и Орловщие, где продолжали действовать созданные в Локотском округе отряды РОНА. Последняя их группа была подавлена войсками МГБ в деревне Лагеревка Брянской области в феврале 1951 г. Репрессии против военных и гражданских деятелей Локотского округа продолжались и после подавления повстанцев до 1970-х гг. В 1944 г. через фронт в Белоруссии для партизанской борьбы против советской власти перешла и группа НТС Георгия Хомутова, но была, по-видимому, к 1946 г. подавлена.
Следуя программе Организации украинских националистов (ОУН), украинские повстанцы выступали за «незалежну» (независимую) Украину, но в остальном их цели были сродни целям русских антикоммунистов: упразднение колхозов, передача земли в собственность крестьянам на основе семейного землевладения, но без возвращения собственности «помещикам и капиталистам» (которые в этом регионе были польского происхождения), свобода торговли и общественных организаций.
Размах послевоенного повстанческого движения выяснился главным образом по архивным материалам МВД на Украине и в Прибалтике. Было убито около 200 000 повстанцев, большинство из них на Западной Украине; 340 000 было взято в плен и осуждено на 20–25 лет исправительно-трудовых лагерей. Они сыграли ключевую роль в лагерных восстаниях после смерти Сталина. Повстанцы, со своей стороны, убили около 15 000 советских чиновников, главным образом в сельской местности, и 13 000 военнослужащих карательных отрядов (соотношение смертей карателей к смертям покоренных 1:15, как и в Гражданскую войну). На одной только Западной Украине для «искоренения бандитизма» были задействованы войска численностью в 131 тыс. человек. Командующий УПА