На первом этапе пришлось преодолеть немало трудностей: нехватка опытных кадров, отсутствие материальной базы, слабая вооруженность большинства партизанских подразделений и их разобщенность. Эти факторы негативно сказывались на размахе партизанского движения. До весны 1942 г. не было и единого центра по руководству партизанами в масштабах всей страны. Однако и в этих тяжелых условиях партизаны вели самостоятельную борьбу с оккупантами: совершали налеты на небольшие гарнизоны противника, устраивали диверсии на дорогах, пускали под откос вражеские эшелоны, взрывали мосты, разрушали линии связи, уничтожали предателей и фашистских пособников и занимались разведкой. Уже в августе 1941 г. появились первые Герои Советского Союза из партизан. Ими стали командир отряда «Красный октябрь» Полесской области Белоруссии Т.П. Бумажков и его заместитель Ф.И. Павловский. Совместно с одной воинской частью отряд провел в июле 1941 г. ряд успешных боевых операций, уничтожив 300 фашистов, взорвав 20 мостов, подбив 20 танков и более 30 автомашин и пустив под откос бронепоезд.
Партизанское движение росло и крепло. Некоторые отряды укрупнялись и становились партизанскими бригадами, насчитывавшими тысячи бойцов. Крупными партизанскими соединениями командовали знаменитые Ковпак, Федоров, Шмыров, Коляда, Наумов, Сабуров. Создавались областные и республиканские штабы партизанского движения, а 30 мая 1942 г. при Ставке Верховного Главнокомандующего образовался Центральный штаб партизанского движения (ЦШПД), который возглавил первый секретарь ЦК компартии Белоруссии П. К. Пономаренхо. Осенью 1942 г. вводится должность Главнокомандующего партизанским движением, на которую был назначен маршал Ворошилов.
В советском тылу действовали специальные школы, готовившие кадры для партизанской войны: разведчиков, радистов, подрывников и других специалистов. Деятельность народных мстителей с каждым месяцем все более подчинялась интересам фронта. Если летом 1942 г. радиосвязь с «Большой землей» имели только 30 % отрядов, то к ноябрю 1943 г. почти 94 % отрядов поддерживали радиосвязь с органами руководства партизанским движением. Партизаны строили посадочные площадки, на которых приземлялись самолеты с «Большой земли», доставлявшие различные грузы. В 1943 г. авиация дальнего действия и гражданский воздушный флот совершили 12 тыс. самолето-вылетов, половина из них с посадкой на партизанских аэродромах. ЦШПД направил партизанам 59 960 винтовок и карабинов, 34 320 автоматов, 4210 ручных пулеметов, 2556 противотанковых ружей, 2184 миномета, 539 570 ручных гранат.
Война в тылу врага в 1943 и 1944 гг. приобрела небывалый размах. Партизанские соединения совершали длительные рейды по занятой врагом территории, уничтожая немецкие гарнизоны, разрушая военные и хозяйственные объекты, вдохновляя местное население на борьбу с оккупантами. После таких рейдов число партизан в этих районах значительно увеличивалось. По указанию ЦШПД летом и осенью 1943 г. проводятся операции «Концерт» и «Рельсовая война», в которых приняли участие соответственно 193 и 170 партизанских отрядов и соединений. Были подорваны сотни тысяч рельсов, пропускная способность железных дорог снизилась на 35–40 %, а в ряде мест движение было полностью парализовано. Красная Армия вела успешные наступательные операции, а действия партизан не позволили немцам осуществлять переброски войск и тем самым внесли существенный вклад в разгром врага.
Партизаны проводили большую разведывательную работу, сообщали советскому командованию о расположении немецких частей и соединений, об их перемещениях, о командном составе и штатной численности. В специальном отряде Д.Н. Медведева, который базировался в районе Ровно, действовал разведчик Николай Кузнецов. В форме немецкого офицера он появлялся в городе, заводил ценные знакомств среди немецких военных и оккупационных властей и регулярно сообщал Центру важнейшие сведения. Он один из первых доложил о расположении гитлеровской Ставки в районе Винницы, о подготовке немецкого наступления под Курском и о готовившемся покушении на лидеров СССР, США и Великобритании во время Тегеранской конференции «Большой тройки». Донесения партизанских разведчиков позволили командованию своевременно осуществить необходимые мероприятия и сорвать планы гитлеровцев.
Боевая деятельность партизан наносила гитлеровцам огромный ущерб, вынуждала их усиливать охрану железнодорожных магистралей, мостов и других объектов, привлекая для этого не только полицейские формирования, но и регулярные воинские части, которые так нужны были на фронте. Желая покончить с партизанами, фашисты организовывали карательные операции, снимая с фронта целые дивизии, оснащенные танками и авиацией. Каратели несли серьезные потери, а главной цели достичь не могли. На оккупированной территории образовывались «партизанские края» — обширные районы, куда оккупанты предпочитали не приходить, здесь люди жили по советским законам, действовала гражданская администрация, партийные и советские органы.