В том же году по возмущению некоему учинился бунт во всей черни и многих служивых людей, в котором предводительствовали рязанцы Липуновы и Кикины, сказывая, якобы боярин Богдан Бельский, ближний свойственник Годунова, извел царя Иоанна Васильевича и хочет умертвить царя Федора, от которых едва Кремль успели запереть. Они же привезли пушки к Фроловским воротам, хотели силою город взять, что видя, царь Феодор послал уговаривать их бояр князя Ивана Федоровича Мстиславского да Никиту Романовича Юрьева. Бунтовщики же, не слушая извинения, неотступно с великим криком Бельского просили. Но Годунов, видя, что оное более его самого касается, велел тайно Бельского из Москвы выпроводить. И объявили бунтовщикам, что Бельский послан в Нижний в ссылку, что бунтовщики уведав, а более послушав оных бояр, от города отошли и успокоились. После утишения же оных Годунов с товарищами Липуновых и Кикиных, переловив, тайно разослал в ссылки. Через малое время умер дядя государев и управитель всего государства боярин Никита Романович (Романов), брат родной матери государевой. После него же принял правление шурин государев Борис Федорович Годунов. И сей частью дарами, частью страхом многих людей привлек к своей воле и преодолел всех верных государю бояр, что никто никакой правды государю доносить не смел. Казанцы, слыша вступление на престол царя Федора, прислали с повинною просить. Потому государь послал в Казань воевод и велел в черемисах нагорных и луговых поставить города. И в том же году воеводы поставили Кокшайск, Цивильск, Уржум и другие города, и тем оное царство укрепили.
7093 (1585). Бояре, видя Годунова лукавые и злые поступки, что у определенных от царя Иоанна бояр власть всю отнял и сам все без совета делает, князь Иван Федорович Мстиславский, с ним Шуйские, Воротынские, Головины, Колычевы, к ним же пристали гости, многое шляхетство и купечество, стали государю явно доносить, что Годунова поступки во вред и к разорению государства. Годунов же, совокупясь с другими боярами, дьяков и стрельцов деньгами к себе обратив, Мстиславского взяв, тайно сослав в Кириллов монастырь и там его постриг, а потом и других многих порознь разослал по разным городам в темницы. В чем ему тогда многие, льстя, не только молчанием помогали, но и погибели оных, забыв вред отечеству и свои по должности обязанности, радовались. Другие же, видя такие насилия и неправды, хотя сердечно соболезновали, но видя, что оных льстящих Годунову множество и силу оного, а свое бессилие, не смели о том и говорить. И тем как те, так и другие все самих себя и все государство в крайнее разорение привели. Михаил Головин человек был острого ума и воин, и видя такое на верных слуг гонение, живучи в Медынской своей вотчине, уехал в Польшу и там скончался.
Годунов, видя противниками себе Шуйских, за которых гости и вся чернь стояла и они ему много противились, которых силою сломать видел невозможность, того ради употребил лукавство, просил митрополита со слезами, чтоб их примирил. Потому митрополит, призвав Шуйских, не зная Годунова коварства, со слезами Шуйских просил. И они, митрополита послушав, с ним помирились. О чем князь Иван Петрович Шуйский в тот же день, придя пред Грановитую, бывшим там гостям о примирении объявил. Что слыша, выступили 2 человека из купечества и сказали ему: «Изволь ведать, что ныне вас и нас Годунову легко погубить, и ты сему миру лукавому не радуйся». Годунов, уведав сие, той же ночью оных купцов обоих, взяв, сослал или казнил внезапно.
7095 (1587). Годунов научил на Шуйских холопов их доводить в измене, потому многих людей безвинно перепытал. И хотя никто ни в чем не винился, однако ж Шуйских и их свойственников и приятелей Колычевых, Татевых, Баскакова Андрея с братьями, а также Урусовых и многих гостей, пытая, разослал: князя Ивана Петровича Шуйского сначала в его вотчину село Лопатницы, а оттуда на Белоозеро, и велел его Туренину задавить; сына же его князя Андрея в Каргополь, и там также задавили; гостей же Федора Ногая с товарищами, 6 человек, казнил на Пожаре, отсек головы. За сие вступились митрополит Дионисий и архиепископ Крутицкий, стали царю Федору Иоанновичу явно говорить и обличать неправду Годунова. Но Годунов растолковал государю оное в бунт, и оных обоих сослали в монастыри в Новгород, а из Ростова архиепископа Иова, взяв, сделали митрополитом; и поставлен в Москве от архиепископов, не отписываясь в Цареград. Прежде же митрополиты поставлялись в Цареграде.
Пришел из Крыма служить государю царевич Малат-Гирей со многими татарами. И послал его в Астрахань, а с ним воевод князя Федора Михайловича Троекурова да Ивана Михайловича Пушкина. И оный царевич там многую службу показал и многих татар под власть государству привел.
В том же году заложен и отделан около Москвы Белый каменной город. В том же году пришли польские послы с объявлением, что короля Стефана (Абатуры) Батория не стало и просили, чтобы государь принял корону польскую. Государь послал своих послов Стефана Васильевича Годунова с товарищами.