Появление в обороте массы обесцененных денег дезорганизовало внутренний рынок. Курс медных денег резко упал, а цены многократно поднялись. Товары стали исчезать с рынка один за другим. Власти собирали налоги серебром, а выплачивали жалованье медью. Приказные люди использовали неразбериху, чтобы набить себе карманы. В обороте появилось много фальшивых денег. С помощью взяток мошенникам–финансистам удавалось избежать какого бы то ни было наказания. В аферах и взятках заподозрена была родня царя — бояре Милославские. В 1662 г. в Москве произошли беспорядки. Толпа москвичей явилась в село Коломенское, где находился царь, и потребовала выдачи бояр Милославских и других изменников. Народ был разогнан вызванными из Москвы стрельцами. Бунт вынудил правительство вернуться к серебряному денежному обращению.
Время правления Алексея Михайловича вошло в историю как «бунташное время». Из всех народных выступлений той эпохи самым разрушительным и кровавым был бунт Разина. Донской атаман Степан Разин совершил разбойный поход на Каспийское море. Казачье войско разграбило несколько провинций на южном берегу Каспия и нанесло поражение персидскому флоту. На Дон разинцы вернулись с богатой добычей. Их столицей стал земляной Кагальницкий городок. К началу 1670 г. под знаменами Степана Разина собралось несколько тысяч казаков, беглых холопов и «гулящих людей» (вольницы). Когда в Черкасск прибыл царский посол Евдокимов, общевойсковой атаман К. Яковлев собрал казачий круг и заявил о своей верности государю. Однако на другой день в столицу Войска Донского явился Разин, добившийся от круга решения о казни Евдокимова, объявленного боярским лазутчиком. По возвращении в Кагальницкий городок разинцы выступили на Москву для искоренения «злых» бояр. Донские казаки попытались воскресить идею «доброго» царя, чтобы взбунтовать народ. «Добрым» царем должен был стать наследник престола царевич Алексей, которого в действительности уже не было в живых. Мятежники утверждали, будто «добрый» наследник спасся от бояр и отца и находится в казацком войске. Роль царевича исполняли поочередно пленный черкесский князь и один из казачьих атаманов. Разин объявил также, будто с ним идет на Москву патриарх Никон, гонимый царем Алексеем. Казаки перешли с Дона на Волгу и захватили Астрахань. Разин обещал народу волю и призывал к поголовному истреблению бояр и чиновников. Мятежных казаков поддержали нерусские народности Среднего и Нижнего Поволжья. Восстание охватило огромную территорию. Но Разину не удалось пробиться к Москве. После поражения под Симбирском Разин был схвачен и казнен в 1671 г. Мятеж Разина сопровождался истреблением дворян и приказных людей. В ответ власти казнили много тысяч повстанцев. Самозванческая интрига не получила развития в движении Разина и не привела к расколу российского дворянства, из–за чего бунт казаков так и не превратился в гражданскую войну.
Невзирая на мятежи и бунты итогом тридцатилетнего царствования Алексея Михайловича было упрочение самодержавных порядков в России. Организация Приказа тайных дел и выделение личных земельных владений монарха укрепили его власть и ограничили влияние Боярской думы. Алексей Михайлович достиг цели, избежав открытого конфликта с аристократией. В последние годы жизни царя Алексея исключительным влиянием при дворе пользовался А. С. Матвеев. Сын незнатного приказного чиновника Матвеев сделал карьеру благодаря службе в стрелецком войске. Получив чин стрелецкого полковника, А. С. Матвеев был назначен начальником Посольского приказа и произведен в бояре. После того как государь овдовел, Матвеев сосватал ему свою воспитанницу Наталью Нарышкину. Родоначальником фамилии Нарышкиных был крымский татарин, выехавший на службу в Москву. Отец Натальи был мелкопоместным дворянином и жил в провинции. Недруги Нарышкиных злорадствовали по поводу того, что в детстве будущая царица ходила по ягоды в лаптях. Дом Матвеева, приютившего провинциальную барышню, был обставлен по–европейски. Матвеев был женат на шотландке. Будучи поборником западноевропейской культуры, он держал в своем доме труппу актеров. Нарушая дворцовый ритуал, Алексей Михайлович бывал в гостях у своего любимца. В двух браках у царя Алексея было 11 детей. Государь позаботился о том, чтобы закрепить трон за старшими сыновьями от царицы Милославской. Но все они обладали плохим здоровьем и рано умерли. 30 мая 1672 г. царица Наталья Нарышкина родила сына Петра Алексеевича, будущего императора.