Хасиды ликовали по поводу "чудесного избавления" своего учителя, рассказывали всем, что он творил в Петербурге удивительные чудеса перед царем и его сановниками, и потому они, хасиды, будто бы, находятся теперь под особым покровительством властей. Виленским хасидам даже удалось сместить прежних руководителей кагала за растрату общественных денег, которые пошли, скорее всего, на борьбу с хасидами. На новых выборах - впервые в истории Вильно! - хасиды даже попали в правление кагала; община раскололась, и враждующие партии посылали властям жалобу за жалобой. В начале 1800 года включился в борьбу бывший раввин Пинского округа Авигдор Хаймович, который из-за хасидов потерял свою должность. Говорили, что в один прекрасный день пинские хасиды вынесли из синагоги его кресло, а взамен него положили на пол комок грязи, таким способом намекнув раввину на его нежелательность. Авигдор Хаймович сговорился с виленскими противниками хасидов, поехал в Петербург и подал на имя императора жалобу на "вредную и опасную" секту, которая может "подать повод к величайшим дерзостям и злодеяниям". Извращенными толкованиями хасидских цитат Авигдор пытался доказать, что цадики внушают своим последователям послушание одному только Богу, а не людям, и потому у сектантов не будет страха и перед самим царем.
В ноябре того же года рабби Шнеура Залмана снова привезли в Петербург, и следователи Тайной канцелярии устроили ему в тюрьме очную ставку с Авигдором. Тот обвинил его в отправке денег в Палестину, хотя прекрасно знал, что это была всего лишь помощь хасидам, поселившимся на Святой Земле. Авигдор утверждал, что хасиды не почитают родителей, особенно отцов; воруют деньги у жен и отдают их цадикам; "присяга для них ничего не стоит" и им разрешается делать все, что заблагорассудится, по собственной прихоти. На все эти обвинения рабби Шнеур Залман снова ответил письменно: "Не могу сносить его (Авигдора) ругани и лжи, - писал он. - Он наводит на нас такие обвинения, каких никогда не слыхали, разве во времена Польши и ее ксендзов, которые возводили лживые обвинения в употреблении человеческой крови… Он сам наверное ничего не слышал и не видел, но что ему мешает болтать языком?… Помощь может прийти только от государя… Он поймет, что я невиновен, и освободит меня из темницы".
Ответ рабби понравился Павлу I. Да и губернские власти докладывали с мест, что "секта хасидов… ведет себя покойно, все государственные подати платит равно с другими" и проявляет "истинное и безропотное повиновение власти". И снова рабби Шнеура Залмана освободили из-под ареста, без права выезда из Петербурга - до тех пор, пока его дело не рассмотрит Сенат. Однако в марте 1801 года произошел дворцовый переворот, Александр I стал императором и тут же упразднил Тайную канцелярию, повелев "не упоминать даже ее названия". Секретные дела стали пересматривать, и одним из первых поступило на пересмотр дело рабби Шнеура Залмана. Его отпустили домой, с тех пор больше уже не беспокоили, и рабби Шнеур Залман оставался главой белорусских хасидов до самой смерти. А Авигдора Хаймовича хасиды-хабадники долго еще упоминали с непременным традиционным проклятием: "Да сотрется имя его и память о нем!" и детям своим перестали давать это имя - Авигдор.
Правительство официально признало существование в российском еврействе двух направлений, и "Положение" 1804 года это узаконило: "Ежели в каком-нибудь месте возникнет разделение сект, и раскол прострется до того, что один толк с другим не захочет быть в одной синагоге, в таком случае позволяется одному из них построить свою синагогу и выбрать своих раввинов".
Хасидизм распространился на огромных пространствах и среди многих еврейских общин Восточной Европы. Он укрепил веру и возвысил дух народа, приучил со строгостью выполнять религиозные предписания, даже те, которые были позабыты, и заново наполнил смыслом многие старые обычаи. В конечном итоге борьба принесла пользу обеим сторонам. Хасиды стали основывать иешивы и более углубленно заниматься изучением Закона, а их противники - теперь в ббльшей степени - привносили в свое служение Всевышнему теплоту чувств. Борьба между хасидами и их противниками постепенно затихала, но и сегодня еще слышны порой отголоски того спора, который раздирал некогда еврейские общины Восточной Европы.
Однажды некий раввин Арье Лейб приехал в Литву, чтобы проверить ученость виленских знаменитостей. Он пришел к Виленскому гаону и задал ему очень сложный талмудический вопрос, на который тот немедленно дал простой и точный ответ. Арье Лейб восторженно воскликнул: "Вы воистину гаон - гений, рав Элиягу!" - и тут же пошел к виленскому раввину Шмуэлю. Он задал ему тот же самый вопрос, и раввин тоже ответил на него, но не мгновенно и в более запутанной форме. Арье Лейб сказал раввину: "Вы воистину великий!" - и отправился дальше. Но не успел он отойти от Вильно на три версты, как его нагнал специальный посланник виленского раввина и попросил немедленно вернуться.