Вернувшись из Святой Земли, рабби Нахман поселился поначалу в Златополе, а затем переехал в Брацлав. Этот город стал центром хасидов брацлавского ребе, которые съезжались к нему шесть раз в году и слушали его поучения. Один из его учеников, рабби Натан, записывал многое из того, что слышал от своего учителя, даже простые его разговоры, а потом приносил ему для просмотра. Благодаря рабби Натану сохранились до наших дней поучения, беседы, аллегорические повествования и даже сны цадика из Брацлава. Рабби Нахман говорил: "Порой цадик вынужден придавать Торе форму общедоступных рассказов", - и потому в его историях фигурируют цари, мудрецы, принцессы и разбойники. "Поведаю я вам о своем путешествии, только не ожидайте, что я расскажу вам всё и вы всё поймете…" Удивительная и самобытная форма его повествования нелегка к восприятию и требует для своего понимания глубокое знание Торы и кабалы. Рабби Нахман сказал про одну из своих сказок: "В ней нет ни одного слова, которое было бы лишено смысла. Лишь тот, кто постиг мудрость святых книг, способен понять содержащиеся в ней намеки". А его ученик рабби Натан добавил: "Избави тебя Бог отнестись к этим историям, как к обычным сказкам… Истории эти обладают чудесным свойством: они способны пробудить каждого от духовной спячки, чтобы человек - не дай Бог - не проспал попусту всю свою жизнь".
Рабби Нахман не считал себя чудотворцем и не любил поэтому, когда его просили помолиться за успех какой-нибудь торговой сделки. Выше всего он ставил простоту жизни, не гонялся за богатством и предписывал хасидам только то, что и сам исполнял. "Об одном лишь прошу я вас, - говорил он своим последователям, - будьте честными, открытыми людьми. Этого я только добиваюсь и для этой цели я жертвую всем, ей я отдаю все свои силы". Чем проще и непосредственнее человек, тем ближе он к Богу, но наиболее близок к Нему только бедный человек. "Тот, кто зарабатывает хлеб свой трудами рук своих, - говорил он, - знает о величии Всевышнего больше, чем знают ангелы".
Основа иудаизма, учил рабби Нахман, это чистосердечие и простота, вера и молитва, проникнутые искренним чувством, и потому он советовал евреям молиться также на идиш, который им более понятен и доступен. Рабби Нахман относился к науке без особого почтения и считал, что лучше быть "всему верующим глупцом", чем всеотрицающим "мудрецом". "Удивительные мудрецы! -говорил он. - Весь свой ум они отдают на то, чтобы придумать орудие, которым можно убить побольше людей. Не величайшая ли это глупость?" Но в то же время он был против духовной неподвижности и требовал постоянно обновлять свои мысли, так как обновление мысли - это и обновление души. "Не хорошо быть стариком, - говорил он. - Не хорошо быть старым хасидом или старым цадиком; нужно ежедневно обновляться".
Рабби Нахман критически относился к некоторым цадикам того времени и открыто высказывал о них свое мнение. "Искусителю, - говорил он, - очень трудно справиться одному со своей работой; поэтому он назначил такого-то цадика в одном месте, а такого-то - в другом". Трудно отличить действительного цадика от мнимого, "так как и лжецадики… сидят целый день в молитвенном облачении, а на деле они лицемеры". Но особенно раздражали других цадиков его заявления о том, что только он "постигает Божье величие". Начались гонения на рабби Нахмана и на его хасидов, но это его не смущало. "Как могут они не враждовать со мной? - говорил он. - Ведь я иду новым путем, по которому не ходил еще ни один человек с тех пор, как существует мир. И хотя путь этот стар, очень стар, а все же это путь новый, совершенно новый". "Я не от мира сего, - еще говорил он, - и потому мир не может меня терпеть".
В 1802 году рабби Нахман побывал проездом в Умани и посетил еврейское кладбище, где похоронены тысячи жертв массовой резни гайдамацких погромов 1768 года. Там он пожелал, чтобы его похоронили среди этих мучеников, - и это случилось довольно скоро. Рабби Нахман прожил короткую жизнь, и последние ее годы были печальными. В 1806 году умер от чахотки его двухлетний сын. В том же году умер и второй его сын. Через год от чахотки скончалась его жена. Сам рабби тоже заразился этой болезнью и предсказал, что от нее он и умрет. Он уже никуда не выезжал из Брацлава, но продолжал обучать своих последователей. В 1810 году дотла сгорел его дом, и ночь больной рабби провел на улице. После этого он переехал в Умань, потому что, как говорил рабби Нахман, "души умерших там за веру ждут его". Перед праздником Рош га-шана его состояние стало ухудшаться и началось горловое кровотечение. Но в ночь Рош га-шана он, как обычно, произнес поучение, говорил долго, и это было его последнее обращение к своим хасидам.