7 июля 1799 Беклешов был поставлен генерал-прокурором Правительствующего сената. Возвышение Беклешова воспринималось современниками положительно. Он был человеком светлого ума, весьма сведущим и в государственных делах, и в юридических вопросах, отличался исключительной честностью и правдивостью, но очень «несдержан в словах и отзывах своих». Несмотря на солидный «вексель», выданный монархом (фактическое признание генерал-прокурора вторым лицом в государстве), Беклешов занимал высший прокурорский пост чуть более полугода. 2 февраля 1800 Павел I неожиданно уволил Беклешова не только с должности генерал-прокурора, но и вообще со службы. По мнению М. М. Сперанского, причина увольнения заключалась в том, что Беклешов «мало уважал требования случайных людей при дворе и потому часто бывал с ними в размолвке».
Занявший Российский престол император Александр I 16 марта 1801 вновь призвал А. А. Беклешова на службу и вернул ему должность генерал-прокурора. Когда были учреждены министерства, Беклешову предложили пост министра юстиции и одновременно генерал-прокурора, но он отказался, считая, что его полномочия значительно урезаны. До 1804 оставался не у дел, но потом был назначен генерал-губернатором Москвы. Спустя два года вышел в отставку.
А. А. Беклешов скончался в 1808 в г. Риге.
При Павле I несколько сократилась численность органов прокуратуры. Вначале в связи с закрытием верхних земских судов и верхних расправ, а с 1800 года — губернских магистратов. А. А. Беклешов выполнял все те же самые разно образные функции, что и его предшественники. Дела административные, судебные, военные, финансовые, хозяйственные и прочие — находились в его поле зрения.
Одно из первых распоряжений Беклешова на столь высоком посту было секретное предписание губернским властям о более внимательном отношении к выступлениям крестьян. Генерал-прокурор вел даже обширную переписку по вопросами вероисповедания. Он получал доклады об этом из Юстиц-коллегии лифляндских, эстляндских и финляндских дел, от римско-католического департамента и других мест.
А. А. Беклешов не терпел пустословия и всегда строго отчитывал своих подчиненных за это. Вот только один пример:
Указание генерал-прокурора А. А. Беклешова Владимирскому губернскому прокурору А. Р. Зузину
(Извлечение)
Декабря 7 дня 1799.
Предписываю вам впредь пустых донесений мне не присылать, а заниматься больше существенным делом в исполнение своей должности.
(Владимирские прокуроры. От Петровских времен до наших дней. Владимир, 1999. С. 43.)Александр Андреевич Беклешов был одним из немногих генерал-прокуроров, кто удостаивался чести дважды занимать столь ответственный пост. Вторично он занял эту должность при восхождении на престол Александра I, именно ему пришлось тогда проводить работу, связанную с ликвидацией Тайной экспедиции и преобразованием Правительствующего сената.
Несмотря на обилие заданий, которые получал почти каждый день от государя Беклешов, он все же находил время достаточно активно заниматься и вопросами организации деятельности прокуратуры, кадровой работы. Интересен текст присяги, которую при Беклешове приносили прокуроры, вступая в свою должность.