Ближайшим помощником генерал-прокурора и его заместителем, обер-прокурором, Петр I назначил гвардейского офицера Григория Григорьевича Скорнякова-Писарева, который хорошо проявил себя по некоторым делам в Тайной канцелярии. Однако отношения Ягужинского и Скорнякова-Писарева вскоре стали натянутыми. Генерал-прокурор признавался, что его «помощник криво толкует государевы указы». Не прошло и года, как после острого конфликта в Сенате Скорняков-Писарев был вынужден уступить место лейб-гвардии капитану И. И. Бибикову, который до этого был прокурором Ревизион-коллегии. На этой должности он оставался до 1727 года, а затем возглавлял Ревизион-коллегию и Камер-коллегию, был губернатором в Иркутске и «главным командиром» в Малороссии.
Положение первого генерал-прокурора было сложным и довольно неопределенным. Император, человек исключительно деятельный и активный, зачастую сам выполнял обязанности своего генерал-прокурора, ездил в Правительствующий сенат и строго следил за решениями последнего, поэтому Ягужинский вначале играл роль как бы посредника между Петром I и Сенатом, постоянно получая от государя конкретные поручения.
Подпись царя Петра
Постепенно П. И. Ягужинский и его помощник, обер-прокурор, расширяли сферу своей деятельности. Главное внимание они сосредоточили на контроле за повседневной деятельностью Правительствующего сената. Генерал-прокурор прилагал немало усилий, чтобы навести там элементарный порядок. Очень скоро Ягужинский сумел занять ключевое место в государственном управлении. Русский историк В. О. Ключевский писал: «Генерал-прокурор, а не Сенат становился маховым колесом всего управления; не входя в его состав, не имея сенаторского голоса, был, однако, настоящим его президентом, смотрел за порядком его заседаний, возбуждал в нем законодательные вопросы, судил, когда Сенат поступал право или неправо, посредством своих песочных часов руководил его рассуждениями и превращал его в политическое сооружение на песке».
Даже иностранцы отмечали, что генерал-прокурор по своей силе и влиянию стал вторым лицом в государстве.
Предложения, которые давались Ягужинским Правительствующему сенату по тем или иным вопросам, как правило, почти дословно воспроизводились последним. Вот одно из таких предложений, данное им совместно с обер-прокурором И. И. Бибиковым: