При Елисавете поощрительные к крещению инородцев меры были усилены денежными и вещевыми подарками, раскладкой следующих с них за льготный срок податей и рекрутства на их не крещенных единоплеменников и прощением совершенных до крещения преступлений. Правительство распорядилось остановить постройку новых мечетей, некоторые существовавшие сломать, крещенных отделить от не крещенных через поселение на другие места. В царствование Елисаветы в Казанской, Нижегородской и Воронежской губерниях крестилось 430.550 лиц.
Менее всего крестились татары, которые вели упорную борьбу за свои мечети. Из язычников мордва крестилась вся, черемис, чуваш и вотяков осталось не крещенными мало. Магометан крестилось только 8.000 человек, но и они были неустойчивы в вере.
При таком массовом крещении трудно было, конечно, охватить новокрещенных должным просвещением. Духовенства, знающего инородческие языки, было мало. Инородческие школы были редки. Решительные действия миссионеров возбудили сильное волнение среди татар и мордвы. В 1745 году за разорение языческого кладбища в с. Сарлеи татары едва не убили нижегородского епископа Димитрия и были усмирены только вооруженной силой.
Екатерина II провозгласила в империи принцип веротерпимости, доведенный до крайности, до безразличного покровительства всем, даже языческим культам. Небезынтересно обоснование такого ее подхода: “Как Всевышний Бог терпит на земле все веры, то и Ее Величество из тех же правил, сходствуя Его святой воле, в сем поступать изволит, желая только, чтобы между ее подданными всегда любовь и согласие царствовали.”
На основании такого взгляда деятельность православных миссий была ослаблена до предела. Поощрительные меры к крещению иноверцев были отменены, кроме трехлетней льготы новокрещенным.
В 1764 году казанская Новокрещенская Контора была закрыта. Забота о быте новокрещенных была передана гражданской власти. Попечение о просвещении легло на местных архипастырей. В епархиях завели должность особых проповедников (в Казанской — 3, в Тобольской — 2, по одному в Нижегородской, Рязанской и Тамбовской). Детей новокрещенных предписано учить в школах. Но подарки новокрещенным были отменены.
В 1775 году правительство еще более смягчило свои указы по отношению к татарам. Иноверным служителям — муллам, ламам — назначалось даже казенное содержание, чего не имело и православное духовенство. Магометане получили полную свободу строить мечети и школы (иногда правительство строило их даже на свои средства), они получили правильную и крепкую организацию. В Уфу (в 1788) и в Крым (в 1794) были назначены муфтии со многими штатными муллами.
В Сибири такая же организация была устроена для ламаистов через подчинение всех лам верховному ламе. В 1775 году для лам были введены особые штаты.
Пользуясь своей неприкосновенностью и усиленное учреждением иерархии, магометанство еще более развило свою пропаганду среди язычников, особенно между киргизами. Правительство само содействовало им, строя у них мечети и школы, а в конце XVIII века даже на свой счет отпечатав множество экземпляров Корана.
После Пугачевского бунта, в котором инородцы принимали активное участие, правительство стало смотреть на их обращение в христианство еще более неблагосклонно. В 1789 году, в связи с новыми волнениями среди башкир, было запрещено посылать к инородцам проповедников без особого сношения о том архиереев с губернаторами.
В 1799 году, в царствование Павла I, была упразднена и должность проповедников.
Несмотря на затруднения, порождаемые духом времени, все-таки православные миссионеры действовали. Архиепископы Казанские старались продолжать миссионерское дело. Владыка Амвросий (Подобедов) (1785-1799) на свои средства выстроил в Казани школы для новокрещенных.
В польских областях.
В XVIII веке православные польского государства испытывали настоящие гонения. Законы были суровые.
В 1717 году запрещено было строить православные храмы и починять ветхие. Затем было отнято у православных право участвовать в местных сеймах для избрания депутатов на общий сейм. В 1733 году сейм устранил диссидентов (православных) от всех общественных должностей. Поощрялись фанатические выступления против православных.
“Трудно изобразить все жестокости, какие позволяли себе делать против православия, — пишет архиеп. Филарет. — Не оставалось позорного имени, которым не клеймили бы публично православных. Теперь веру их называли уже не только холопской верой, но верой арианской, собачьей. Украина и Белоруссия назывались “странами неверных”... Православных священников привязывали к столбам, били плетьми, сажали в тюрьмы, морили голодом, травили собаками, рубили им саблями пальцы, ломали руки и ноги....”
В 1736 году папские епископы испросили у короля универсал, по которому не иначе поставлять православных священников, как с соизволения самого короля, а помещики давали одобрение только тем кандидатам, кто соглашался на принятие унии.