Однако навязать такую «эффективную» систему сбора дани населению хотя и обескровленной и лежащей в руинах, но помнящей о былых вольностях страны, было делом нелёгким. Потребовалось полвека жесточайших репрессий, набегов, погромов, разрушение городов, совместные титанические усилия ордынцев и русских князей, чтобы утвердить эту систему на Руси. Да и то оставался полунезависимый Новгород, который не подвергался нашествию Батыя и активно общался с Западом. Он почти не знал баскаков, не поставлял своих воинов в Орду и платил дань великим князьям, игравшим роль посредников в отношениях между Ордой и этой богатейшей частью Руси и мечтавшим прибрать его к рукам.
В 1257–1259 годах во всей Монгольской Империи проводилась перепись населения в целях упорядочения сбора даней. Это вызвало восстания на Руси против «численников» и «баскаков». Особенно мощное восстание произошло в Новгороде, но было (с трудом и с использованием татарского отряда) всё же подавлено князем Александром Невским.
Следующая волна восстаний прокатилась по городам Руси в 1262 году. Недовольство было вызвано как «налогом кровью» – привлечением русских воинов к войне Золотой Орды с Ираном, так и политикой сбора дани татарскими баскаками и откупщиками-«бесерменами». Бесермены были среднеазиатскими купцами, которые, уплатив хану требуемую с данной территории сумму, потом с лихвой взыскивали ее с населения. Это вызвало восстания в Ростове, Владимире, Устюге, Суздале и Ярославле: чиновники хана были изгнаны. И эти восстания были беспощадно подавлены дружиной Александра Невского при помощи татарских войск. Однако они всё же не были совсем напрасными: в результате баскаки и бесермены были отозваны в Орду, система откупов была отменена, а сбор дани передавался из татарских рук в руки русских князей, ставших агентами ордынского влияния, быстро учившимися у монголов беспощадному и эффективному выжиманию податей из населения. Сбор этих податей – поистине «золотая жила», вызывавшая острую конкурентную борьбу между князьями, – позволял князю, получившему от хана ярлык на великое княжение Владимирское, на законных основаниях нещадно грабить население других княжеств. Это ограбление позволяло обеспечить выплату даней в Орду, давало средства на подкуп ханского двора и чиновников, а часть средств, естественно, шла в казну самого великого князя. По словам современного британского историка Гельмута Кенигсбергера: «Чему монголы могли научить и научили русских князей, так это тем практическим навыкам, в которых они показали себя на голову выше европейцев: методам и приёмам выжимания огромных податей со всех классов населения, способам организации и защиты путей сообщения, пересекающих обширные пространства, и умению применять военную технику противников для своих собственных нужд».
В сфере политических и социально-экономических отношений на территории Северо-Восточной Руси, подвластной монголам, произошла радикальная трансформация в сторону азиатского деспотизма. Полностью изменилась и структура русского общества, и отношения между князем и населением, и роль городов, и отношения собственности.
В ходе монгольского нашествия правящая «элита» Древней Руси – князья, бояре, дружинники – была почти полностью истреблена, а «элита», пришедшая на её место, была новой как по составу, так и по внутренним отношениям. Дружинники, бояре и князья, как и города, пытавшиеся дать отпор захватчикам, были поголовно беспощадно уничтожены. С.Т. Жуковский и И.Г. Жуковская отмечают по этому поводу: «Погибли все те, кто ограничивал власть князя – дружинники, бояре, самоуправляющиеся города. Выжившие князья набирали, вооружали и обучали новые дружины, но это были уже не прежние соратники, «русские рыцари» домонгольских времен, а военные служебники, подданные князя, всецело от него зависимые, с мнением которых князь мог уже не считаться. Место погибших бояр заняли новые землевладельцы, но это были уже не прежние самостоятельные и гордые аристократы, полноправные наследственные хозяева своих вотчин, а приближённые князя, получившие земли по милости князя и лишавшиеся владений по его произволу. Обескровленные города были уже не в силах перечить княжеской воле, и вечевые привычки, традиции самоуправления постепенно сходили на нет… Батыево нашествие сломило гордые души большинства русских князей, и они, всё больше закабаляя своих подданных, сами проникались покорностью перед всевластным ханом». А современный историк А.Л. Юрганов подчёркивает: «В выборе политического пути развития Руси колоссальную роль сыграла гибель именно господствующего масса… После ордынского нашествия на северо-востоке было расчищено место для расцвета новой знати, формировавшейся уже на почве побеждавших отношений подданства». В.О. Ключевский же так писал о монгольской Руси: «В опустошённом общественном сознании оставалось место только инстинктам самосохранения и захвата».