Однако появление мануфактур сталкивалось с такими фатальными и труднопреодолимыми проблемами, как отсутствие в Московской Руси свободных рабочих рук, свободных частных капиталов и, как следствие, отсутствие инициативы у немногочисленных купцов и ремесленников. Поэтому почин по организации мануфактур взяло на себя государство. По словам Б. Кагарлицкого: «Если в сфере внешней торговли правительством была организована система казённых монополий, успешно пополнявших царскую казну, то в промышленности правительство выступало в качестве главного заказчика… Промышленное производство в России XVII века создавалось либо руками иностранцев, либо по инициативе правительства, причём, как правило, государство и иностранный капитал действовали совместно».
Ярким примером этих тенденций может служить первая в России мануфактура, созданная в 1632 году под Тулой. Это был оружейный завод, созданный голландцем Виниусом на свои деньги, но при поддержке царских властей, а трудились на нём дворцовые (государственные) крестьяне ближайших сёл, принудительно приписанные к предприятию.
Впрочем, в строительном производстве, в рыбной и солеваренной промышленности наряду с крепостным, применялся и вольнонаёмный труд. Однако в стране с тотально закрепощённым населением, прослойка свободного пролетариата, способного наниматься на мануфактуры, была крайне немногочисленна. Таковой имелся, в основном, на Дону и Волге, где «гулящие люди» (бурлаки, беглые) составляли несколько десятков тысяч человек. Число же кадровых профессиональных мастеровых людей в Московии к концу XVII века составляло не более тысячи человек. Таким образом, большинство работников мануфактур были крепостными, неквалифицированными, работающими из-под палки и незаинтересованными в результатах своего труда.
Крайне малочисленная и бедная зарождающаяся русская буржуазия всецело ориентировалась на государство, ожидая от него заказов, крепостных работников, монополий и протекционистских мер. Так крепостные отношения с самого начала возобладали не только в сельском хозяйстве, но и в промышленности России XVII века (что во многом обусловило противоречия её развития в последующие столетия). Острейшая нехватка капиталов восполнялась привлечением иностранных средств или казённых денег, а острейшая нехватка свободных рабочих рук восполнялась приписыванием к мануфактурам дворцовых и крепостных крестьян. По словам Б. Кагарлицкого: «Уже в XVII веке сложился расклад, типичный для последующего развития: технологическая модернизация не только сочеталась с крепостничеством, но опиралась на него, а укрепление военной мощи уживалось с зависимостью от иностранного капитала, который получал непосредственные выгоды от усиления государства».
Всю металлургию и стекольную промышленность в России XVII века контролировали голландцы. Иноземные мастера на мануфактурах получали в два-три раза больше, чем русские мастера. Почти полное отсутствие в России XVII века пролетариата и буржуазии вкупе с нарастающими военными потребностями власти закладывали основы для создания в России промышленности, направленной преимущественно на военные цели и опирающейся на принудительный крепостной труд. При этом «роль» буржуазии играли правительственные агенты или иноземные купцы, а «роль» пролетариата поручалась подневольным крестьянам.
Если неэффективность, тупиковость и взрывоопасность этой системы в полной мере обнаружилась несколько позднее, то противоречивость отношений русских купцов и промышленников с их европейскими коллегами во всей остроте обнаружилась уже в середине XVII века. С одной стороны, русские купцы, не в силах выдержать конкуренции, завидовали иноземным и постоянно просили правительство их ограничить, дав «своим» привилегии. А с другой стороны, без участия иностранного капитала и технологий русское предпринимательство не могло развиваться и сильно от него зависело. Как справедливо констатирует Б. Кагарлицкий: «Подобные противоречия вообще характерны для периферийного капитализма. С одной стороны, он просто не может существовать без центра, внешнее влияние является для него основным стимулом развития. Но, с другой стороны, чем больше он развивается, тем больше потребность огородить собственные интересы или хотя бы добиться для себя более выгодных условий». Западная торговля стала главным источником серебра для внутреннего рынка России, для чеканки русской монеты, а западные капиталы – важным подспорьем для создания мануфактур. А потому правительство, уступая просьбам русских купцов и стремясь пополнить казну, Новоторговым Уставом 1667 года запрещало иноземцам вести дела на внутреннем российском рынке и вводило огромные пошлины на ввоз товаров. И оно же одновременно ввозило в Московию сотни западных специалистов и поощряло создание иноземцами мануфактур на Руси.