Судебная контрреформа Александра III была призвана свести на нет такие принципы нового судопроизводства, введённого в предыдущее десятилетие, как независимость и несменяемость судей, публичность, гласность и состязательность судопроизводства. Независимость судов от администрации была ликвидирована в наиболее важном – низшем звене с отменой мирового суда и созданием института земских начальников, соединивших в своих руках административную и судебную власть. Была существенно ограничена и несменяемость судей: закон от 20 мая 1885 года учредил Высшее дисциплинарное присутствие Сената, правомочное смещать и перемещать судей по усмотрению министра юстиции. Гласность судопроизводства была ограничена законом 12 февраля 1887 года, дающим право министру юстиции закрывать от публики двери любых судов по своему усмотрению («в видах ограждения государственной власти» или по другим мотивам). Ограничивалась и состязательность судопроизводства: суды всячески содействовали прокуратуре и чинили препятствия обвиняемым и их адвокатам. С введением «Положения об усиленной охране» губернаторы и полиция могли без суда арестовывать и высылать любых лиц. Мировой суд был полностью ликвидирован в 37 губерниях и уцелел лишь в нескольких городах. Суд присяжных был существенно ограничен в правах и компетенции. В 1885 году К.П. Победоносцев писал императору о суде присяжных: «От этого учреждения необходимо отделаться». Из ведения судов присяжных законом от 7 июля 1889 года были выведены все политические дела.
В 1885 году была утверждена новая редакция Уложения о наказаниях (еще николаевского – 1845 года!). По нему политические преступления квалифицировались как во много раз более тяжкие, чем уголовные, причём безо всякого различия между «умыслом» и «поступком». Так, простое укрывательство лица, виновного в злоумышлении против государя, считалось в России более страшным преступлением, чем предумышленное убийство собственной матери! При этом запрещалась публикация отчётов и вообще всякой информации о политических процессах (чтобы лишить революционеров трибуны для пропаганды своих убеждений). Для присяжных резко повышался имущественный ценз, что отсекало всех небогатых людей и увеличивало число дворян и буржуа среди присяжных.
Победоносцев и другие вожди реакции требовали полной отмены суда присяжных, прекращения всякой гласности судопроизводства, ликвидации адвокатуры и восстановления назначаемости судей сверху вышестоящими чиновниками с отменой их несменяемости. Однако император не решился пойти на столь крайние меры: судебная контрреформа (как и большинство других) носила незавершённый, частичный характер. Полностью ликвидировать новую судебную систему и земства, также как и вернуть рекрутчину и крепостное право, всё же было бы уже невозможно.
Д. Военная контрреформа
После ухода с поста военного министра видного либерала Д.А. Милютина начинается серия контрреформ и в военной сфере. Император стремился вернуть доминирование дворянства в офицерской среде (что вело к дальнейшему отчуждению офицеров от рядовых). Происходила стремительная деградация военного руководства: среди генералов преобладали глубокие старцы, карьеристы, посредственности и бездарности, в военной науке воцарился застой (что способствовало столь же катастрофическому, сколь и неожиданному поражению Российской Империи в войне с Японией). Усиливалась и всячески поощрялась кастовость офицерства, стремление государства стеной отделить офицеров от общества (например, только офицерам отныне были дозволены дуэли, которые в их среде поощрялись, а среди гражданских лиц считались преступлениями). Усиливалась муштра, показуха, регламентация и палочная дисциплина, как во времена Николая I. Была восстановлена закрытость военно-учебных заведений. Военная реформа, проводившаяся Д.А. Милютиным, была остановлена.
Е. Контрреформы в сфере образования
В своей политике в сфере просвещения самодержавие стремилось восстановить сословные принципы системы образования (сделав среднее и высшее образование недоступным для низших сословий), поставить под жёсткий контроль университеты и вообще искоренить всяческое вольнодумство. На докладе о том, что в Тобольской губернии очень низка грамотность населения Александр III написал характерную резолюцию: «И слава Богу!» Он всячески одобрял и поддерживал сохранение невысокого уровня образованности в стране. А министр просвещения, ярый реакционер И.Д. Делянов на вопрос о том, почему он уволил заслуженного профессора, ответил до гениальности просто: «У него в голове мысли».