Александр III решительно возглавил «партию истинно русских людей» – отменив традиционные особые привилегии немцев в Курляндской, Лифляндской и Эстляндской губерниях. Теперь немецкий язык и лютеранство, дозволенные со времён завоевания Прибалтики Петром I, теперь оказались там под запретом. Немецкие училища Прибалтики отныне переводились на русский язык преподавания. В 1885 году приходские школы армянской григорианской церкви были преобразованы в русские – породив сильнейшее негодование в среде ранее лояльных Петербургу армян и дав толчок развитию армянского национализма. В 1903 году имперские власти конфисковали имущество армянской церкви, вызвав взлет протестов по всей Армении. В 1890 году русский язык преподавания был введён в школах и духовных семинариях Грузии.
Однако главные гонения обрушились на евреев. Царь ненавидел инородцев. Среди врагов Российского государства на первое место были официально поставлены поляки, на второе – евреи, и только на третье – либералы, студенты, революционеры и интеллигенция, объявленные всего лишь орудием в руках «польско-жидовского заговора». В 1881 году по стране прокатилась первая волна еврейских погромов. Затем они стали регулярными – при бездействии полиции. Когда герой русско-турецкой войны 1877–1878 годов, генерал И.В. Гурко пожаловался государю на то, что войска бездействуют во время еврейских погромов, император Александр III искренне ответил: «А я, знаете, и сам всегда рад в глубине души, когда евреев бьют».
Славянофил Иван Сергеевич Аксаков доказывал в своих статьях, что евреи составляют в России «государство в государстве» и направляются из зарубежного центра с целью установления всемирной власти еврейского народа, стремясь достичь «миродержавства антихристианской идеи во образе миродержавства еврейского».
3 мая 1882 года были изданы «Временные правила о евреях», существенно ограничивавшие их права. Была резко сокращена «черта оседлости» (территория, где дозволялось селиться евреям). В «черте оседлости» евреям запрещалось жить вне городов и местечек, ограничивалась их экономическая деятельность, запрещалось возглавлять банки, владеть недвижимостью в сельской местности, заниматься сельским хозяйством. Из Москвы и Московской губернии были принудительно выселены и при этом ограблены 17 тысяч евреев-ремесленников – наименее обеспеченная часть еврейского населения. Жёстко ограничивался доступ евреев к образованию: устанавливались квоты – не более 10 % в университетах в черте оседлости, не более 5 % – вне её, не более 3 % – в столицах. В 1889 году евреям было запрещено заседать в судах присяжных. Были введены запреты на доступ евреев к ряду профессий. В 1887 году Ростов-на-Дону и Таганрог были изъяты из черты оседлости. Антисемитизм был объявлен официальной политикой и повсеместно пропагандировался в печати. Евреев травили, объявляли главным внутренним врагом России, оплотом революционного движения. Не удивительно, что подобные меры властей и в самом деле толкали многих евреев в ряды революционеров.
Подобные же гонения обрушились в эти годы и на поляков: запреты на польский язык и культуру, закрытие костёлов, запрещение изучать польский язык в школах. С 1860-ых годов, после подавления героического польского восстания, бывшее Царство Польское презрительно именовалось официально Привисленским краем. В школах и в делопроизводстве допускался исключительно русский язык. Ставилась задача уничтожения польской культуры и принудительного обрусения мятежных поляков. Тысячи из них были депортированы в Сибирь. Поляки не допускались к занятию важных государственных постов. «Поляк» означал для власти и обывателя: «революционер», «крамольник», «подозрительный человек». Широко практиковалось принудительное обращение поляков в православие.
Точно также принудительно обращали в православие униатов на западе России и в Польше, «инородцев» мусульман на востоке страны, лютеран в прибалтийских губерниях, ламаистов (калмыков и бурят). Отказывающимся переходить в официальную веру запрещалось строить свои храмы и проводить богослужение. Особенно жестоким гонениям были подвергнуты староверы и сектанты (духоборы, штундисты), у которых власти нередко отнимали детей, запрещали им молитвенные собрания, ссылали в Сибирь. Велась суровая борьба с местными языками на окраинах: повсеместно насаждались русский язык и православная вера.
В эти годы фактически была уничтожена автономия Великого княжества Финляндского в составе России. Были серьезно ограничены права финляндского сейма, на все ключевые посты были поставлены русские, официальное делопроизводство было переведено на русский язык, была упразднена самостоятельная финляндская армия. Это, естественно, вызвало существенный подъем сепаратистского и революционного движения в Финляндии, бывшей до того одной из самых спокойных частей Империи, а к началу ХХ века превратившейся в клокочущий вулкан: с массовой легальной оппозицией самодержавию и влиятельным вооружённым подпольем.