Военные реформы предыдущего царствования подверглись пересмотру особой комиссии под председательством генерал-адъютанта графа Коцебу. Этой комиссии надлежало высказаться по вопросам об устройстве Военного министерства, сохранении военно-окружной системы и выработке Положения о полевом управлении войск. Комиссия графа Коцебу отвергла проект организации независимого от военного министра Генерального штаба на прусско-германский образец. Главный штаб продолжал оставаться, как и при Милютине, одним из канцелярских столов Военного министерства. Властолюбие Ванновского играло, конечно, свою роль в принятии этого решения.
Военно-окружную систему положено было сохранить, подвергнув ее лишь некоторым частичным преобразованиям. Однако милютинское Положение о полевом управлении войск 1868 года, доказавшее свою негодность в Турецкую войну, решено было заменить, и выработка нового Положения поручена комиссии генерала Лобко.
В 1881 году был упразднен Оренбургский военный округ (присоединен к Казанскому). В 1882 году Западно-Сибирский военный округ переименован в Омский. В 1884 году Восточно-Сибирский военный округ ввиду своей обширности разделен на два - Иркутский и Приамурский. В 1889 году упразднен Харьковский военный округ (присоединен частью к Киевскому, частью к Московскому). Три западных пограничных округа - Виленский, Варшавский и Киевский - получили в 1886 году систему управления, сходную с таковой же армией военного времени. Войска этих округов должны были составить главные силы трех армий на случай войны с Центральными державами.
В 1890 году утверждено выработанное комиссией генерала Лобко Положение о полевом управлении войск. В сравнении с предыдущим оно значительно увеличивало права главнокомандующего и освобождало его от опеки Военного министерства. Положение это в первый раз определяло правила формирования при мобилизации армейских управлений из военно-окружных (что упустил из виду творец военно-окружной системы граф Милютин). Вместе с тем основная язва милютинского Положения - организация отрядов сообразно обстоятельствам - была сохранена, и мы увидим, к каким печальным результатам эта отрядомания привела в Маньчжурии.
Главной заботой Военного ведомства в царствование Александра III стало увеличение обученного запаса армии путем пропуска большого количества людей через ее ряды. Ежегодный контингент новобранцев составлял при Александре II 150000 человек, в 1881 же году было уже призвано 235000 человек.
Срок службы сперва оставлен тот же: 6 лет в строю, 9 - в запасе. Одним из последних распоряжений Милютина весною 1881 года было сокращение срока службы до 4 лет в пехоте и пешей артиллерии и 5 лет в прочих родах оружия. Ванновский немедленно же отменил это распоряжение, опасаясь за качество и прочность обучения. Действительно, во всей миллионной армии имелось всего 5500 сверхсрочнослужащих унтер-офицеров из намеченного в 1874 году при введении всеобщей воинской повинности числа 32000 (то есть 17 процентов). В 1886 году срок службы вольноопределяющихся по 1-му разряду увеличен до одного года шестимесячные милютинские вольноопределяющиеся давали слишком несведущих офицеров запаса.
В 1888 году количество сверхсрочных удвоилось (все еще составляя около трети намеченного числа), и в этом году было произведено сокращение сроков службы до 4 лет в пеших и до 5 в конных и инженерных войсках. Одновременно была удвоена продолжительность пребывания в запасе - с 9 лет на 18, и запасные стали считаться военнообязанными до 43-летнего возраста включительно. Никакого деления запаса на разряды Ванновский, однако, не установил - мобилизованные войска должны были комплектоваться без разбора и 25-летними запасными, только что покинувшими службу, и 43-летними бородачами.
В 1891 году контингент обученного запаса нижних чинов был закончен - в запасе считалось 2,5 миллиона обученных людей, и в мобилизованной армии (с казачьими войсками) должно было считаться до 4 миллионов бойцов. С 1887 года всеобщая воинская повинность была распространена и на туземное население Кавказа (за исключением горцев). В конце царствования ежегодно призывалось по 270000 человек - примерно вдвое более, чем при Александре II. Ежегодно записывалось 6000 - 7000 вольноопределяющихся. Была увеличена емкость училищ: в 1881 году произведено 1750 офицеров, в 1895 году - 2370. В 1882 году открыты офицерские школы - стрелковая, артиллерийская (для практического совершенствования кандидатов в ротные и батарейные командиры) я электротехническая.