8 сентября на Альме VI корпус был атакован и опрокинут союзной армией. Меншиков не придавал никакого значения укреплению левого фланга альминской позиции, несмотря на все представления войсковых начальников. Он полагал его «неуязвимым от природы» и не занял его войсками. Против 62 000 союзников со 134 орудиями у нас действовало 33 000 при 96 орудиях. Удар французов генерала Боске пришелся как раз в обход нашего левого фланга. Превосходство неприятеля, лучше к тому же вооруженного, было слишком значительно. Мы лишились 4 генералов, 193 офицеров (47 выбыло в одном геройском Владимирском полку) и 5511 нижних чинов. Урон союзников составил: 171 офицер, 3163 нижних чина. Никаких трофеев врагу не оставлено. Впервые за сорок лет русским войскам пришлось иметь дело с равноценным противником и осознать весь упадок нашей военной силы за этот промежуток времени. «Их тактика отстала на полстолетия», — выразился о наших войсках вечером этого дня «крестин Второй империи» маршал Сент-Арно.
Войска отступили с поля сражения в полном порядке, но неумелое, хаотическое и суетливое управление растерявшегося Меншикова в последующие дни совершенно их дезорганизовало. Отступление было проведено ниже всякой критики, и только вялость союзников и полное отсутствие у них конницы помешало ряду незначительных арьергардных столкновений превратиться в катастрофу. Вместо того чтобы отступать к Севастополю — главной военной базе полуострова, Меншиков отвел войска на Бахчисарай.
Севастополь, совершенно незащищенный с суши, этим оставлялся врагу. В нем оставалось около 4000 гарнизона, не считая судовых команд. Начальник гарнизона генерал Моллер и командовавший Черноморским флотом адмирал Нахимов решили защищаться до последнего. Оба они имели достаточно благородства, чтобы уступить главное начальствование младшему в чине вице-адмиралу Корнилову, угадав в нем душу всей обороны (Моллер сохранил начальство над войсками внутри города, а Нахимов — над флотом).
Корнилов отдал короткий, но огненный приказ, дошедший до сердца каждого солдата, моряка и обывателя, с этой минуты ставшего «севастопольцем». «Братцы, царь рассчитывает на нас. Мы защищаем Севастополь. О сдаче не может быть и речи. Отступления не будет. Кто прикажет отступать, того колите. Я прикажу отступать — заколите и меня!» Немедленно же по получении известия об Альминском сражении, с утра 10 сентября, закипела работа по приведению Севастополя в состояние обороны, вдохновляемая Корниловым и инженер-подполковником Тотлебеном. На работы стало все население, включая женщин и детей, и в несколько дней буквально из-под земли вырос весь южный фронт крепости — те легендарные бастионы, о которые одиннадцать месяцев разбивались все усилия врага.
10 сентября по приказанию Меншикова началось затопление кораблей для преграждения неприятелю доступа на рейд. Флот жертвовал собой для крепости. Один за другим опускались на дно синопские победители, их экипажи и орудия образовали гарнизон и артиллерию воздвигаемых укреплений и батарей.
Уже к 14 сентября наши силы учетверились, составив 16 000 штыков. В этот день англичане заняли Балаклаву, а французы пошли на Федюхины высоты — всего в трех верстах от Севастополя. Союзники не отважились на штурм Севастополя, как на том ни настаивал Раглан, им пришлось начать осадные работы — и 28 сентября они заложили первую параллель. Сент-Арно скончался от холеры, в командование французской армией вступил генерал Канробер.
Сообщения Севастополя с остальной Россией отнюдь не были прерваны. Русские силы в Крыму под общим начальством князя Меншикова составили гарнизон Севастополя — из войск, находившихся в черте крепости, и наблюдательный корпус — собственно действующую армию. К 5 октября все предположенные оборонительные работы были закончены. Вооружение сухопутного фронта крепости составило 341 орудие, в гарнизоне находилось 32 000 человек (наполовину моряков) — в каких-нибудь три, четыре недели из ничего была создана грозная твердыня. Укрепления сухопутного (южного) фронта составили слева направо (с востока на запад): I, II бастионы, Малахов курган (Корниловский бастион), III, IV, V, VI, VII бастионы. Это была главная оборонительная линия. За время осады сооружен ряд укреплений (передовых и промежуточных), усиливших эту главную линию и носивших имена кораблей эскадры, флотских командиров либо полков. Важнейшие из них: впереди II бастиона — Селенгинский и Волынский редуты, впереди Малахова кургана — Камчатский люнет, между Малаховым курганом и III бастионом — батарея Жерве, а между III и IV бастионами — редут Шварца. Против V бастиона впоследствии были укреплены Кладбищенские высоты. Наблюдательный корпус насчитывал к этому времени 26 000 бойцов.