Пугачев осадил Оренбург. Осада эта длилась всю зиму с 1773 на 1774 год и оказалась мятежникам не по плечу. В январе 1774 года Пугачев поручил ведение ее одному из своих «енералов» Хлопуше, а сам пошел на Яицкий городок, оказавший геройское сопротивление. Осада Яицкого городка (ныне Уральск) началась 30 декабря 1773 года и длилась 107 дней. Гарнизон мужественно отбил все штурмы. Когда все запасы продовольствия и все лошади были съедены, осажденные питались варевом из мягкой глины. Комендантом был полковник Симонов.
Усилия мятежников разбились о стойкость Оренбурга и Яицкого городка. Они потеряли всю зиму и выпустили из своих рук инициативу, а тем временем правительство приняло строгие меры по ликвидации восстания.
На Яик прибыл Бибиков — блестящий организатор и способный военачальник. Прибыли из внутренних губерний и войска, главным образом гарнизонные (почти вся наша вооруженная сила занята была борьбой с Турцией). Конец марта месяца ознаменовался крупными неудачами для мятежников: живая их сила была сокрушена Голицыным при Татищевой (где убито две с половиной тысячи их и взята вся артиллерия — 32 пушки) и у Берлинской слободы. 31 марта освобожден Оренбург, а 15 апреля Яицкий городок. Пугачев пытался «контратаковать», но у Сейтовой лишился последних 7 пушек и бежал в единственное остававшееся у него убежище — Секмарский городок — всего со 150 «мошенниками». Яицкая область была совершенно очищена от его банд, и самозванцу, казалось, наступил конец.
Но счастье улыбнулось ему еще раз. 9 апреля скончался Бибиков. Смерть его повлекла за собой заминку в преследовании Пугачева, воспрявшего духом. Недорубленный лес вырос. Из Секмарского городка Пугачев бросился в Уральский горно-заводской район, где нашел исключительно благоприятную почву в среде «пролетариата», фабричных и приисковых рабочих и разного сброда. В мае и июне он овладел средним и нижним течением Камы, занял Магнитную, Осу, Ижевский и Боткинский заводы.
Собрав опять значительное полчище, самозванец устремился на Казань, которую и разгромил 12 и 13 июля. Однако здесь пугачевцы были атакованы и совершенно уничтожены полковником Михельсоном в боях 13-го и 15-го числа. Казань за отсутствием войск защищали гимназисты. В городе из 2867 домов сожжено 2057, без малого три четверти всех зданий (в том числе 3 монастыря и 25 церквей). В бою 13 декабря с Михельсоном мятежников побито без счета. 15 декабря убито еще 2000 да 5000 взято в плен. Урон Михельсона всего 100 человек. Вся голытьба легла на месте или взята в плен. С кучкой приверженцев Пугачев бежал на Волгу и 17 июля переправился через нее.
И тут наступил последний и самый страшный период мятежа: поголовное восстание всего крепостного населения Поволжья — «бессмысленный и беспощадный» бунт рабов.
Михельсону едва удалось в бою при Арзамасе прикрыть московское направление и центральные области. Казанская, Симбирская, Пензенская, Саратовская и часть Нижегородской губернии вспыхнули, как порох. Два-три пугачевца подымали волость, маленькая шайка подымала весь уезд… Опустошительным смерчем прошел «Пугач» от Цивильска на Симбирск, из Симбирска на Пензу, а оттуда на Саратов. В охваченных восстанием областях истреблялось дворянство, помещики, офицеры, служилые люди; причем восставшие рабы не щадили ни пола, ни возраста.
Июль и август 1774 года, два последних месяца пугачевщины, были в то же время самыми критическими. Спешно укреплялась Москва. Императрица Екатерина намеревалась лично стать во главе войск.
Овладев Саратовом, Пугачев двинулся на Царицын, но здесь 24 августа настигнут Михельсоном и все скопище его уничтожено (взято 6000 пленных и все 24 пушки). Самозванец бежал за Волгу в яицкие степи, но за ним погнался и его взял только что прибывший на Волгу с Дуная Суворов. Смуте наступил конец.
«Господу угодно было наказать Россию через мое окаянство», — сказал Пугачев Суворову. Слова эти указывают на присутствие где-то в тайниках его темной, мятежной души маленькой человеческой искорки, которая отличает его от другого изверга — Махно. Пугачевское движение описало огромный, почти замкнутый круг по всей восточной части России — зловещий путь «против часовой стрелки» — с Яика на Урал, с Урала на Каму, с Камы на Поволжье… Путь, вехами которого служили пожарища городов, укреплений, усадеб.
В движении этом мы можем отчетливо проследить три периода:
Первый — или «яицкий», с сентября 1773 по апрель 1774 года. Пугачев опирается на яицких казаков, староверов и инородцев-башкир. Лозунгами движения служат по преимуществу обещания старых вольностей и избавление края от пришлой, не казацкой, администрации. В этот период «войска» Пугачева состоят главным образом из казаков и перебежавших гарнизонных солдат, т. е. имеют приблизительное понятие о военной службе. Отсутствие офицеров (изменников среди офицеров не оказалось) сводит на нет и эти слабые качества. Назначаемые Пугачевым атаманы и «енералы» в счет не могут идти, и главную силу мятежников составляет внезапность всего движения.