Из завоеванных же земель была образована одна из богатейших областей России — Семиреченская, с главным городом Верным, где на страже русской границы с Китаем стояли казаки вновь учрежденного Семиреченского казачьего войска. С назначением в 1864 г. начальником Западносибирской линии полковника М. Г. Черняева и с усилением войск Заилийского края началось более быстрое движение вперед благодаря особой энергии и предприимчивости нового начальника, признавшего необходимым возможно скорее сомкнуть Заилийскую и Сырдарьинскую линии. Между крайними пунктами их оставалось уже незначительное пространство, куда проникли шайки кокандцев, производя неожиданные нападения и волнуя киргизское кочевое население, покорно подчинявшееся русским до первого появления кокандцев. Дикие наездники пустыни находили это положение особенно удобным, как дававшее им возможность производить безнаказанно набеги и грабежи враждебных им родов.
Признав необходимым, продвинувшись еще вперед, оттеснить кокандцев, полковник Черняев с отрядом из пяти рот 8-го Западносибирского батальона, 4-й роты 3-го Западносибирского батальона, стрелковыми ротами 3-го Западносибирского батальона, полубатареей казачьей артиллерии и 1-м Сибирским казачьим полком двинулся из Пишпека по направлению к Аулиэату и, появившись неожиданно под стенами этой крепости, расположенной на значительной возвышенности, 4 июня взял ее штурмом. Спустя две недели им был выслан летучий отряд подполковника Лерхе (две роты, полсотни, два орудия и один ракетный станок), который, перейдя со страшными трудностями снежный хребет Кара-Бура, спустился в долину реки Чирчик, напав на кокандцев, разбил их скопища и покорил каракиргизов, кочевавших в долине Чирчика. Главный же отряд Черняева снова продвинулся вперед, к Яс-Кичу, заняв 11 июля Чимкент, и прошел с 13 по 15 июля с боем до Киш-Тюменя.
16 июля отряд полковника Лерхе (три роты пехоты, одна рота конных стрелков и два конных орудия) уже был выслан к урочищу Акбулака против кокандцев для соединения с войсками Оренбургского отряда, который из Перовска вышел под командой полковника Веревкина (в составе 4,5 роты, двух сотен, 10 орудий, шести мортир и двух ракетных станков) и 12 июля, взяв с бою кокандский город Туркестан и укрепившись в нем, выслал летучий отряд капитана Мейера (две роты, одна сотня, три орудия и один ракетный станок) к Чимкенту и далее к урочищу Акбулак навстречу войск Черняева.
Кокандцы же, получив сведения о движении русских отрядов с двух сторон, стянули к Акбулаку более 10 тысяч человек; с этими массами 14 и 15 июля пришлось вступить в бой отряду капитана Мейера, которому вскоре подал помощь подошедший отряд подполковника Лерхе. После соединения оба отряда, под общей командой принявшего начальство подполковника Лерхе, выдержав 17 июля несколько атак кокандцев, направились к урочищу Киш-Тюмень, где находились главные силы генерала Черняева.
Через пять дней, дав людям небольшой отдых, 22 июля полковник Черняев направился к Чимкенту, произведя рекогносцировку этой сильной крепости, но, встретив огромные массы кокандцев — до 25 тысяч человек — и выдержав с ними жестокий бой, отряд его, ввиду неравенства сил, отступил в Туркестан.
Лишь спустя два месяца, приведя части в полный порядок и дождавшись прихода подкреплений, 14 сентября генерал Черняев снова направился в Чимкент (три роты, полторы сотни и два конных орудия); в это же время в том же направлении был выдвинут под командой полковника Лерхе отряд, состоящий из шести рот пехоты, одной роты конных стрелков и двух орудий. Соединившись 19 сентября, оба отряда встретили войска кокандцев и, вступив с ними в бой, опрокинули их, взяв с бою крепость Сайрам.
22 сентября, несмотря на сильный гарнизон Чимкента, начат был штурм этой считавшейся неприступной кокандцами крепости, расположенной на значительном возвышении, господствовавшим над окружающей местностью. Жестокий артиллерийский и ружейный огонь кокандцев не остановил штурмовую колонну, во главе с полковником Лерхе ворвавшуюся в крепость и выбившую отчаянно защищавшихся кокандцев.
Весть о взятии русскими Чимкента штурмом быстро разнеслась вокруг, и все кокандские отряды спешно стали отступать к Ташкенту, ища защиты за его крепкими стенами. Генерал же Черняев, желая использовать моральное впечатление от наших успехов, 27 сентября, т. е. на шестой день после взятия Чимкента, направился к Ташкенту с отрядом в 1550 человек при 12 орудиях — всего 8,5 роты и 1,5 сотни казаков. Движение это благодаря быстроте и внезапности обещало успех, тем более что среди жителей Ташкента было много сторонников русских, желавших прекращения войны, разорительной для купцов.