Высшее управление военно-учебными заведениями было сосредоточено в Главном управлении военно-учебных заведений, подчиненном военному министру. Для ближайшего сношения всех учебных заведений с ведомствами, для которых заведения подготовляют кадры, академии Генерального штаба, артиллерийская и инженерная, а также артиллерийские и инженерные училища подчинены непосредственно своим главным управлениям, а аудиторское училище передано в ведение генерал-аудитора Военного министерства.
Сокращение выпусков из военно-учебных заведений побудило ускорить развитие юнкерских училищ, существовавших уже в 1863 г. при четырех штабах корпусов, и к началу 1871 г. мы уже имели 11 пехотных, два кавалерийских, два смешанных и одно казачье юнкерских училищ; всего в 16 училищах полагалось по штату 2670 пехотных, 270 кавалерийских и 405 казачьих обучающихся, а к 1 января 1871 г. состояло по спискам до 85 % этого штатного числа. В 1869 г. выпущено с правами производства в офицеры 641, а в 1870 г. — 829 юнкеров.
Согласно положению об юнкерских училищах, они подчинялись начальникам штабов округов. Учебный курс состоял из двух классов: младшего (общего) с общеобразовательными предметами и старшего (специального) с такими же и еще военными. Хотя поступление в училище не было обязательным, но вольноопределяющиеся могли быть производимы в офицеры только после сдачи выпускного экзамена или по окончании курса.
В 1868 г. для подготовки детей офицеров и чиновников в юнкерские училища были преобразованы в «военные прогимназии» весьма недолгое время просуществовавшие «военные начальные школы», заменявшие собой возникшие из военных кантонистов «училища военного ведомства». К 1871 г. таких прогимназий было 10 со штатом в 3000 воспитанников, налицо в них было 2254.
С преобразованием военно-судной части явилась необходимость иметь подготовленных для занятия должностей в этом ведомстве офицеров. В 1866 г. учреждены «офицерские классы» из двух курсов для выпуска штаб- и обер-офицеров для военно-судной части. В следующем году эти классы были переименованы в Военно-юридическую академию, в которую могли поступать офицеры, прослужившие в строю не менее двух лет. Остальные — не менее четырех лет. Ежегодный прием был ограничен 25 вакансиями.
В казачьих войсках произошли серьезные реформы. При образовании Туркестанского военного округа в состав его вошла южная часть земель Сибирского войска; в 1867 г. из поселений двух полков Сибирских казаков, вошедших в состав вновь образованной Семиреченской области, было образовано особое Семиреченское казачье войско, с подчинением его командующему войсками Туркестанского военного округа. Вследствие покорения Кавказа и изменения границы с Турцией утеряли свое боевое значение пограничных Азовское и Новороссийское войска, которые и были упразднены в 1868 г.
Успехи, достигнутые Пруссией в войнах 1866 и 1870–1871 гг., в значительной степени объясняются введением в этом относительно небольшом государстве уже с начала XIX столетия принципа общеобязательной воинской службы. К сожалению, наше Военное министерство, предпринявшее после неудачной для нас Восточной войны 1853–1856 гг. последовательный ряд реформ всей системы вооруженных сил, не озаботилось проведением в жизнь принципа общеобязательной воинской службы тотчас после отмены крепостного права. Только в 1870 г. приступили к разработке этого важного вопроса и образовали две комиссии: одну для составления положения о личной воинской повинности и другую — для составления положения о запасных, местных, резервных войсках и государственном ополчении.
После утверждения 1 января 1874 г. устава о воинской повинности призыв новобранцев был совершен на новых основаниях, заключающихся в следующем: воинская служба обязательна для всего населения государства; денежный выкуп или замена охотниками не разрешаются; воинская служба признана почетной, потому что к несению ее не допускаются лица, лишенные всех прав состояния. Воинская служба установлена двух видов: 1) поступление на действительную службу и затем состояние на запасе и в ополчении; 2) зачисление прямо в ополчение. Вопрос о виде службы решается жребием, к которому призывается каждый русский подданный один раз в жизни — в тот год, когда ему к 1 января исполнилось 20 лет.