М. Н. Муравьев, назначенный в Вильну генерал-губернатором вместо Назимова, прибыл 14 мая, а 24 мая уже появилась его «Инструкция для устройства военно-гражданского управления». Он хорошо знал край по своей прежней службой. Войска стали преследовать шайки до полного их истребления и до водворения в данной местности спокойствия и порядка. Громадными контрибуциями облагались как отдельные помещики, так и селения, в которых появлялись повстанцы. Были установлены крупные штрафы за политические манифестации, произведена перепись населения и с оставшихся на месте взыскивались значительные штрафы за чью-либо беспаспортную отлучку. Находя, что местное население само должно оплачивать чрезмерные расходы по усмирению края, Муравьев обложил все помещичьи имения 10 %-ным сбором с их доходов, а с русских — 1½ %. Это составило в первый год 2 миллиона 600 тысяч рублей. С католического духовенства взыскивались расходы по высылке из края лиц духовных; взыскано 68 тысяч рублей. Польское дворянство заплатило за все убытки, причиненные повстанцами, и за содержание сельской стражи 800 тысяч рублей. Для удобства преследования банд вырубались на 50 сажен от дорог леса, а срубленные деревья отдавались крестьянам, их рубившим.
Казнь ксендза Ишара, призывавшего народ в костеле к восстанию, произвела громадное впечатление. «Инструкция» предписывала установить на дорогах обывательские караулы и, где нужно, конные разъезды; очищать уезды от шаек и наблюдать, чтобы не возникали новые. У шляхты, ее прислуги и ксендзов приказано было немедленно отобрать оружие, неблагонадежных лиц немедленно брать под стражу, военный суд кончать без замедления. Чиновников, содействующих мятежу, немедленно брать под арест и предавать суду; обязать лесничих очищать леса от шаек. Ряд энергичных, последовательных и хорошо обдуманных мер быстро смирил открытое восстание. В конце июня действия войск Виленского округа ограничивались походами за незначительными партиями повстанцев, тщательно скрывавшимися от преследования.
Галицийские банды. В Западной Галиции действовал краковский комитет, во Львове был комитет Восточной Галиции, во главе которого стоял богатый магнат князь Адам Сапега. Галиция в разное время доставила восстанию до 10 тысяч человек, на что ржонд в 3 месяца выслал в Галицию до миллиона рублей.
Езиоранский, усилившийся подкреплениями до тысячи человек, устроил на всех подступах два ряда засек и ровчики для стрелков. 24 апреля Медников (5 рот, сотня, 2 орудия) через д. Глухе вступил в лес и в 8 часов утра начал бой в болотистой чаще. Скоро овладели первой линией завалов, но Езиоранский направил отдельную колонну на левый фланг русских и одновременно перешел по всей линии в наступление. Русские начали отступать, но повстанцы наседали со всех сторон. Опять артиллерия со 100 шагов дала несколько выстрелов картечью и ослабила натиск. Наступил перерыв боя. Утомленными русскими овладело уныние. Но вот в 11 часов показались стрелки — подкрепления майора Чернявского. Медников направил их на свой левый фланг. Но Езиоранский на свой правый фланг также послал две роты. Однако при возобновлении боя русские их смяли и одним натиском овладели лагерем повстанцев, которые беспорядочными толпами перебежали в Галицию.
Медников, видя, что делать больше нечего, решился через полчаса оставить лагерь. Тогда поляки опять вернулись и открыли огонь в тыл. Ближайшие русские роты повернули кругом и ударили в штыки. Завязалась рукопашная. Усеяв границу польскими трупами, русские вновь заняли лагерь и оставались там более часа. Медников отошел к Боровым Млынам, потому что считал бесплодным атаковать позицию повстанцев, которых нельзя доконать, ибо они всякую минуту могли спастись за границу. Езиоранский двинулся к западу вдоль границы для соединения с другими бандами.