При университетах и с участием университетских преподавателей стали создаваться многочисленные научные общества, деятельность их охватывала обширные регионы России и была очень плодотворна. Например, в 1868 году в Казани было создано «Общество врачей», председателем которого являлся профессор Казанского университета Виноградов. «Общество» производило «изучение в медицинском отношении Казанского края с целью повышения в нем уровня общественного здоровья». Среди прочих дел разрабатывались меры, призванные устранить «вредное влияние различных производств на жизнь рабочих». Сотрудники Харьковского университета изучали местные минеральные источники, принимали предупредительные меры против эпидемий (в частности, холеры), принимали участие в деятельности местного общества грамотности. В 1868 году в Петербурге, а затем в Казани, Киеве и др. городах возникли «Общества естествоиспытателей», деятельность их протекала в тесной связи с университетскими учеными. Активное участие в работе «Общества» принимал профессор Петербургского университета Фаминцын, в Казани совет университета предоставил в распоряжение «Общества» аудиторию и музей. При многих университетах создавались общества археологии, истории и этнографии, изучавшие местные памятники древности и собиравшие этнографический материал.
Несмотря на развитие университетского образования и науки во второй половине XIX века продолжало не хватать как научных кадров, так и людей с высшим образованием. В середине 60-х годов А. В. Никитенко записал в своем «дневнике»: «…из 80 000 чиновников империи ежегодно открывается вакантных мест 3000. В продолжение 2-х или 3-х лет… из всех университетов, лицеев и школы правоведения выпускалось ежегодно 400 человек, кроме медиков. Вывод из этого: как невелико у нас число образованных людей для занятия мест в государственной службе».[374]
Положение, подобное этому, сохранялось и в последующие годы. Нехватка научных кадров побуждала привлекать университетских профессоров для обсуждения различных проектов, участия в государственных административных и финансовых комиссиях. Например, профессор А. И. Воейков был председателем метеорологической комиссии Российского географического общества, В. В. Докучаев — член комиссии по высшему сельскохозяйственному образованию и комиссии министерства государственных имуществ. В то же время экономическое положение университетов в 60–80-х годах продолжало оставаться тяжелым. Штатные суммы не покрывали действительных расходов на жалование преподавателей и служащих университетов. В начале 80-х годов XIX века они составляли по Петербургскому университету — 311 050 руб… Московскому — 409 570 руб… Казанскому — 342 820 руб… Харьковскому — 327 190 руб., Киевскому — 332 070 руб. На учебно-вспомогательные учреждения шести университетов отпускалось 2 907 722 руб.[375]
Из-за нехватки средств в лабораториях отсутствовали нужные препараты и приборы, беднели библиотеки и университетские музеи. Большие трудности испытывали университеты из-за неприспособленности и тесноты помещений. Так, при открытии Харьковского университета он был помещен в бывший генерал-губернаторский дом, естественно, не приспособленный для нужд учебного заведения. Посетивший его в конце 30-х годов В. А. Жуковский характеризовал положение университета двумя словами: «бедность и теснота». Подобное состояние ухудшилось во второй половине XIX века. В 70-е годы с ростом кафедр потребность в помещениях еще увеличилась — они нужны были для клиники при медицинском факультете (на 75 кроватей), обсерваторий астрономической и метеорологической, кабинетов механики, физической географии и судебной медицины. Благодаря крупному пожертвованию богатого сумского сахарозаводчика Харитоненко (100 тыс. руб. на строительство и 50 тыс. руб. на стипендии его имени) было построено здание для медицинского факультета, но проблема в целом решена не была.Аналогичные трудности испытывали и другие университеты. Так, ректор Казанского университета профессор Н. Н. Булич сетовал на перенаселенность аудиторий, тесноту на медицинском факультете, ужасное положение библиотеки: «…безобразнее нашего библиотечного учреждения трудно представить… Я не говорю уже о совершенном неудобстве библиотеки для занятий в ней студентов… внутренность главной залы… в настоящее время… так загромождена шкалами и покрытыми густым слоем пыли, валяющимися на полу книгами, что в ней существует едва возможность пройти, а не заниматься спокойно».[376]