Между тем в Отечестве идут известные всем нам события конца 80-х – начала 90-х. Мать Маши умирает, после смерти явившись ей во сне и повелев уйти в Петербург, к одной из живущих там старших дочерей; отец-пьяница кончает жизнь самоубийством, а так как сделал он это из охотничьего ружья Ильи Петровича, тот подпадает под страшное подозрение. Удрученный исчезновением Маши, Илья Петрович и не пробует защищаться. Он был первоначально осужден, затем вскоре оправдан. Вернувшись в поселок, он в потрясенном состоянии отправляется в скит к своему давнему оппоненту Вассиану с просьбой принять его в общину. До старца его не допустили: скитский келарь, продержав директора более часу у ворот, вернулся с таким вердиктом – якобы от Вассиана: разговор состоится, «когда приведешь в скит отроковицу. И запомни: она должна быть чиста».
Действие переносится в Петербург начала 90-х. Илья Петрович в конце концов находит Машу, пережившую бездомность и нищету, много иных бед, но на какое-то время нашедшую приют у старика-академика Рогова. Он потерял сына: подросток ушел в некую омерзительную секту – это скопцы, прикрывающиеся, в духе времени, баснями о космосе, вселенском разуме и чуть ли не летающих тарелках. В романе вырисовывается новая фигура – главарь секты зловещий Борис Люппо, чей-то «высокопоставленный» сынок, насильник и извращенец, кастрированный в молодости отцом одной из своих жертв. При этом личность по-своему незаурядная и литературно однотипная, пожалуй, Свидригайлову из «Преступления и наказания». Встретив его, Илья Петрович узнает странного таинственного субъекта, приезжавшего иногда в Бухару и путем неясного до поры шантажа вымогавшего у старца Вассиана старинные дорогие иконы.
Рогов погибает от разрыва сердца, разволновавшись при безуспешной попытке пристрелить Люппо и тем покончить с его деяниями.
Секта завладевает имуществом академика; Маша изгнана. Но тут появляется Илья Петрович и убеждает ее отправиться с ним в Бухару.
«В тайге еще не сошел до конца снег, в низинах стояла высокая вода, и местами они пробирались с большим трудом. Ночевали прямо в лесу у костра – дремал и то вместе, то по очереди. После нескольких лет жизни в городе Илья Петрович наслаждался покоем, отсутствием грязи, даже физическая усталость к вечеру доставляла ему небывалое удовольствие. В маленьких лесных озерах и ручьях он закидывал удочку и ловил сорожек и окушков, бойко клевавших на шитика, хватала на блесну отнерестившаяся щука, он запекал ее на углях или готовил уху. Это напоминало ему какой-то поход, похожий на те, что он совершал в молодости, и душа директора наполнялась радостью. Только грустное и отрешенное лицо ученицы его огорчало. Машу, казалось, ничего не радовало. Она устала, натерла ногу, но сказать об этом Илье Петровичу стеснялась. Они шли и шли, с каждым пройденным шагом приближаясь к таинственной Бухаре, жить в которой еще много лет назад сулили отроковице прозорливые старухи…»
Они постучались в скит. Выглянул парень-привратник.
«– Вы оттуда? – жадно спросил вратарь. – Что там?
– Агония».
Машу появившийся келарь пустил в скит, предварительно допросив о «девстве». Перед директором же ворота так и не открылись. Когда он позже перелез через ограду, на него накинули удавку и сунули в яму. Там он просидел много дней. Однажды яму в очередной раз приоткрыли, и он увидел… скопца Люппо! Тот с обычными издевательскими ухватками поведал Илье Петровичу, что скитские готовятся к самосожжению, и при этом особую надежду возлагают на «святую отроковицу», сгореть вместе с которой им, видимо, по-человечески легче.
Люппо неплохо разбирается, в каком времени живет: