Очевидно, Гоголя насторожила такая реакция Пушкина: ведь критикой своей он хотел произвести очищающее влияние на душу читателя. Неудача с «Ревизором» еще более укрепила Гоголя в правоте своих сомнений. И за границей писатель приступает к доработке уже написанных глав. В письме к Жуковскому в ноябре 1836 года он сообщает: «…Я принялся за „Мертвых душ“, которых было начал в Петербурге. Все начатое переделал вновь, обдумал более весь план и теперь веду его спокойно, как летопись… Если совершу это творение так, как нужно его совершить, то… какой огромный, какой оригинальный сюжет! Какая разнообразная куча! Вся Русь явится в нем!»
По мнению К. В. Мочульского, «постановка „Ревизора“, воспринятая как поражение, заставила его переоценить свое творчество. Перед Гоголем встал вопрос: почему его не поняли соотечественники? Почему на него восстали „целые сословия“? И он на это ответил: моя вина. Все, что он доселе писал, было ребячеством: он относился несерьезно к своему писательскому призванию и неосторожно обращался со смехом… Теперь он знает, как опасна односторонность изображения, и ставит себе целью полноту. Вся Россия должна отразиться в поэме». Теперь он решает придать повествованию о путешествии Чичикова общенациональный масштаб. Сюжет о плутнях пройдохи и авантюриста остается, но на первый план выходят характеры помещиков, воссоздаваемые неторопливо и с эпической полнотой, вбирающие в себя явления всероссийской значимости («маниловщина», «ноздревщина», «чичиковщина»). Само повествование о них приобретает летописный характер, претендующий на всесторонность воссоздания русской жизни, переносящий писательский интерес с авантюрной интриги на глубокий анализ противоречий русской жизни в их широкой исторической перспективе.
Первоначальный замысел показать Русь «с одного боку» уступает место более объемной и сложной задаче: наряду со всем дурным «выставить на всенародные очи» и все хорошее, дающее надежду на будущее национальное возрождение. Это возрождение Гоголь связывает не с социальными переменами, а с духовным преображением русской жизни. Социальные пороки он объясняет духовным омертвением людей. Название «Мертвые души» принимает у него символический смысл.
Гоголь убежден, что общественно-историческая жизнь нации связана тысячами незримых нитей с душевным состоянием каждого человека, она складывается из мелочей. Именно в мелочах повседневной жизни, в их противоречивом многообразии образуются как положительные, так и отрицательные устремления общественного бытия, как идеальная, «прямая его дорога», так и «уклонения» от нее. Отсюда возникает на страницах «Мертвых душ» редкое сочетание «дробности, детальности художественного анализа» с масштабностью и широтой художественных обобщений.
Жанровое обозначение «роман» перестает отвечать природе развивающегося замысла, и Гоголь называет теперь «Мертвые души» поэмой. Этот замысел ориентируется уже на «Божественную комедию» Данте с ее трехчастным построением: «ад», «чистилище» и «рай». Соответственно у Гоголя первый том «Мертвых душ» мыслится как «ад» современной, сбившейся с прямого пути русской действительности, во втором томе намечается выход из ада к ее очищению и возрождению («чистилище»), а третий том должен показать торжество светлых, жизнеутверждающих начал («рай»).
Впрочем, предположение о трехчастном построении замысла «Мертвых душ» в последнее время оспорено рядом исследователей. Ведь такая трехчастная структура не соответствует православному вероучению и православному типу мышления. Да и вообще может ли быть речь у верующего христианина о водворении «райской жизни» на этой земле? Архимандрит Феодор (Бухарев), ссылаясь на слова самого Гоголя, утверждал, что поэма должна была закончиться «первым вздохом Чичикова для истинной прочной жизни». Остальные так же возродятся – «если захотят».
Если раньше «плодотворное зерно» русской жизни Гоголь искал в историческом прошлом («Тарас Бульба»), то теперь он хочет найти его в современности. Гоголь верит, что душа русского христианина, пройдя через страшные искушения и соблазны, вернется на путь православной истины. В глубине падения своего, на самом дне пропасти, ощутит христианин загорающийся в его душе праведный свет, голос совести. Один из героев незаконченного второго тома, обращаясь к Чичикову, говорит:
«Ей-ей, дело не в этом имуществе, из-за которого спорят и режут друг друга люди, точно как можно завести благоустройство в здешней жизни, не помысливши о другой жизни. Поверьте-с, Павел Иванович, что покамест, брося все то, из-за чего грызут и едят друг друга на земле, не подумают о благоустройстве душевного имущества, не установится благоустройство и земного имущества. Наступят времена голода и бедности как во всем народе, так и порознь во всяком… Это-с ясно. Что ни говорите, ведь от души зависит тело… Подумайте не о мертвых душах, а о своей живой душе, да и с Богом на другую дорогу!»