«Те историки нашего времени, – писал академик Р.Ю. Виппер, – которые в один голос с реакционной оппозицией XVI века стали бы настаивать на беспредметной ярости Ивана Грозного в 1568–1572 годах, должны были бы задуматься над тем, насколько антипатриотично и антигосударственно были в это время настроены высшие классы, значительная часть боярства, духовенства и приказного дьячества: замысел на жизнь царя ведь был теснейше связан с отдачей врагу не только вновь завоёванных территорий, но и старых русских земель, больших пространств и ценнейших богатств Московской державы; дело шло о внутреннем подрыве, об интервенции, о разделе великого государства».
В исследованиях Б.Д. Грекова, П.С. Садикова, И.И. Полосина и других Толстой находил новые документы и богатый фактический материал, подтверждающий, что боярский заговор против Ивана Грозного – это не плод больного воображения, а реальная действительность того сурового и бескомпромиссного времени.
Вновь приступая к работе над пьесой, Толстой не один раз перечитывал ранее написанные картины, как бы заново вживаясь в намеченные образы и характеры. Проверка временем подтвердила все его решения и замыслы. Он не историк, а художник. Его дело – художественно передать историческую правду характеров, а не идти за хроникой исторических событий, боясь нарушить её. В этом отношении художник свободнее должен пользоваться фактами, сгущать события, концентрировать и сближать факты. Возможно, его будут упрекать за то, что он допускает перемещение событий из одних хронологических гнёзд в другие, но так поступали художники с незапамятных времён. Драма – не история, изложенная в форме разговоров. Здесь свои законы. Художник имеет право на временные сдвиги ради художественной цельности замысла. Пусть болезнь Ивана была несколько раньше смерти Анастасии и второй женитьбы его на черкешенке Марии Темрюковне, он смещает это в драме. Ему, художнику, нужно раскрыть внутренние пружины тех или иных исторических деятелей, показать, что двигало их поступками и действиями, какие цели они ставили перед собой. А болезнь и новая женитьба Ивана, сближенные им в драме, дают возможность отчётливее выявить основной конфликт эпохи, показать противоборствующие силы.
16 октября и 24 ноября 1943 года А. Толстой посылал И. Сталину обе доработанные пьесы с просьбой благословить их постановку в театре, Сталин читал их, пьеса «Орел и орлица» («Иван Грозный») была поставлена в Малом театре в октябре 1944 года, а 27 октября появилась в «Правде» статья Л.Ф. Ильичёва «Пьеса Ал. Толстого «Иван Грозный» в Малом театре».
В эти дни Толстой по-прежнему много времени отдаёт общественно-политической работе. Выступает в военных частях, на III Всеславянском митинге, по-прежнему увлечён публицистикой.
Много сил забирала Чрезвычайная государственная комиссия. Возвращался Толстой с освобождённых территорий весь чёрный от увиденного и пережитого. Он всегда избегал ужасного в жизни, сторонился смертей, похорон. И увидел такие бездны человеческой подлости и опустошения, такие страдания человеческие, что душа его ужаснулась, и, может, от этого возникла трещина в его могучем здоровье: он всё чаще стал жаловаться на усталость, как ни бодрился. Особенно тягостной была для него поездка в Ставрополь, Минеральные Воды, Кисловодск, Ессентуки, Железноводск, затем в качестве корреспондента «Правды» на судебный процесс немецких преступников в Харьков. После этих поездок в «Правде» появляются его статьи «Фашистские преступники», «Палачи», «Варвары», «Возмездие». И только накануне нового, 1944 года Толстой взялся за любимого «Петра».
«Мне часто снятся целые сцены то из одной, то из другой моей будущей вещи, – говорил он, радостно смеясь, – бери перо и записывай! Прежде этого со мной не случалось», – не раз признавался он.
Только глубоко вошёл в создаваемый им самим мир героев петровского времени, как новая волна заседаний вернула его к берегам современности: на этот раз больше двух недель Толстой потратил на чтение выдвинутых на соискание Государственных премий художественных произведений и обсуждение их в Комитете. Правда, он ничуть не сетовал на это, зная, насколько важны для развития будущей литературы и искусства решения Комитета. И от души радовался, когда его «подзащитные», такие как Вячеслав Шишков (роман «Емельян Пугачёв»), Борис Горбатов (повесть «Непокорённые»), Сергей Голубов (роман «Багратион»), были отмечены премиями. Всё-таки он не зря работал, заседая и выступая по нескольку раз в защиту всего настоящего, подлинного в литературе и искусстве. И всё-таки бывало горько на душе от мысли, что его собственный роман так медленно пишется… За полгода работы закончены всего три главы… Хорошо, хоть одна из них уже напечатана в «Новом мире», значит, отступать некуда, надо продолжать. Только у военного времени свои законы: как бы ни оберегали его от срочных заказов, приходилось всё-таки возвращаться к злободневным событиям…