В эти годы сократилось и число епископов Русской Православной Церкви; многими епархиями стали управлять архиереи, занимавшие соседние кафедры. Эта участь постигла Новгородскую, Ульяновскую, Днепропетровскую, Сумскую, Донецкую епархии.
Решительное отличие хрущевских гонений от тех, которые обрушились на Церковь в 20–е и 30–е годы, заключалось, однако, в том что они прошли без кровопролития и почти без арестов. Под суд было отдано, правда, несколько священнослужителей, которые обвинялись, как правило, в финансовых преступлениях, чаще всего связанных с неуплатой или недоплатой налогов.
В 1960 году на 3 года заключения был осужден архиепископ Казанский Иов (Кресович), который пытался противодействовать закрытию церквей в епархии. Он разъезжал по селам и призывал паству твердо стоять за свои храмы. Архиепископ Иов был обвинен в неуплате налогов и сокрытии доходов.
В беседе с архиепископом Брюссельским Василием (Кривощеиным), состоявшейся в июле 1960 года, митрополит Николай (Ярушевич) объяснял: "Согласно с установившимися порядками архиереи платят налоги со своего жалования. Кроме того, они получают на представительство (куда часто входит содержание машины, секретаря, поездки и так далее). Эти суммы налогом не облагаются и в инспекцию не заявляются. А вот к архиепископу Иову придрались, что он эти суммы на представительство скрывал и налогов с них не платил. Но даже в таких случаях, когда кто-нибудь скрывает доходы и не платит налогов, за это не сажают сразу в тюрьму, но предлагают уплатить недостающий налог, и только в случае отказа могут подвергнуть наказанию. Архиепископ Иов предложил все уплатить, что с него требуют. Тем не менее его приговорили к 3 годам!" Потом, в 1971 году, в беседе с архиепископом Василием сам архиепископ Иов, в то время занимавший Уфимскую кафедру, сказал: "Да, все это сущая правда. И знаете, когда я попал в тюрьму, все меня бросили, все отреклись от меня… Испугались. Один митрополит Николай (Ярушевич) не испугался. И до суда и после суда и осуждения поддерживал меня чем мог, писал мне. Он один!.. После трех лет лагеря… я три года не был у дел".
В 1962 году архиепископ Черниговский Андрей (Сухенко) был приговорен к 8 годам заключения по обвинению в экономических злоупотреблениях и "безнравственном поведении". Архиепископ Василий (Кривошеий) пишет: "Думаю, что это обвинение столь же необоснованно, как и в случае с архиепископом Иовом". Освобожден он был досрочно и после выхода на свободу некоторое время пребывал на покое в Псково–Печерском монастыре. Потом, в 1969 году, был назначен на Омскую и Тюменскую кафедру.
Священники, лишенные возможности совершать богослужение из-за закрытия приходов, увольнялись за штат или на покой. Большинство среди них составляли лица пожилого возраста. Некоторые из священников среднего и младшего возраста уходили на светскую службу. Хотя и редко, но все-таки среди них оказывались и ренегаты, которые, в отличие от первых вероотступников конца 50–х годов, чьи действия получили огласку на всю страну, довольствовались обыкновенно выступлениями в местной печати.
На рубеже 50–х и 60–х годов, одновременно с резким ухудшением положения, в котором жила и исполняла свою миссию Русская Православная Церковь, более интенсивными становятся ее контакты с зарубежным христианским миром.
Новый подход к экуменическому движению выразился уже в докладе, с которым председатель Отдела внешних церковных сношений митрополит Николай выступил на торжественном акте в Московской духовной академии 13 мая 1958 года: "…Православная Церковь, — сказал он, — никогда не отгораживалась от инославных христиан стеной нетерпимости. Напротив, руководимая духом любви, она в 1902 году, в лице Вселенской Патриархии, обратилась ко всем поместным православным церквам с предложением облегчить путь к единению с западными исповеданиями… Правда, когда появилась возможность заняться экуменическим вопросом, наша Церковь совместно с другими церквами–участницами Московского церковного совещания 1948 года, отказалась послать своих представителей на Амстердамскую ассамблею… Этот отказ имел весьма серьезные основания… Экуменическое движение оказалось чрезвычайно противоречивым. В его широкой и разнородной деятельности исканиям обетованной земли христианского единства с самого начала сопутствовали ярко выраженные социально–политические планы, которые в период Амстердамской ассамблеи явно преобладали над задачей догматического единства… Благодаря участию одних православных церквей и неучастию других, в экуменическом движении за последние десять лет произошли значительные изменения, свидетельствующие о его эволюции в сторону церковности. В этом смысле весьма показательны огромные сдвиги в сфере немецкого протестантского богословия, открывающие мистические глубины Православия и преодолевающие традиционный рационализм… Вот почему Русская Православная Церковь считает возможным пойти навстречу желанию Всемирного Совета Церквей и встретиться с его руководителями…"