Структура Собора во многом определяла и процедуру принятия решений на Соборе, а это был вопрос далеко не простой. Одним из аргументов противников созыва Поместного Собора по тому принципу, который предлагался на Предсоборном Совете, а именно: Поместный Собор состоит из представителей церковной иерархии и мирян с правом решающего голоса — был аргумент, согласно которому Поместный Собор не должен уподобляться Парламенту светскому, в котором решение принимается автоматически большинством голосов. А тогда был период в истории нашей страны, когда вот в этой самой процедуре всеобщих выборов и голосования с учетом всех голосов видели, действительно, панацею от всех бед. И, конечно же, коль скоро в Православной Церкви существует иерархия, принцип соборности и принцип иерархизма не должны подавлять один другого. Поэтому для Поместного Собора была выработана такая структура, которая привлекала на Собор представителей всех слоев церковного народа — от епископов до мирян, предоставляла им возможность высказаться о своих чаяниях, давала им возможность влиять на принятие решений. Особые права оставляла эта структура и за епископами, потому что иерархия, установленная Христом, безусловно, в Церкви является началом, которое несет особую ответственность за принятие тех или иных церковных решений. Соборы нередко вообще только из епископов и состояли. Исходя из этого, формировалась структура Собора. Предполагалось, что Собор, его повседневную работу, будут возглавлять два председателя: почетный председатель и просто председатель. Председатель будет руководить деятельностью Соборного Совета, который должен состоять из шести товарищей председателя, секретаря и двух его помощников. В Соборном Совете должны быть представлены и духовенство, и миряне.
Все решения Собора будут предварительно обсуждаться, разрабатываться в 22–х отделах (и трех совещаниях), каждый из которых будет заниматься определенным кругом вопросов: Уставный отдел, отдел Высшего церковного управления, Епархиального управления, церковного суда, благоустройства прихода, правового положения Церкви в государстве, богослужения, проповедничества и церковного искусства, церковной дисциплины, внешней и внутренней миссии, единоверчества и старообрядчества, монастырей и монашества, Духовных Академий, Духовных учебных заведений, церковно–приходской школы, преподавания Закона Божия, церковного имущества и хозяйства, правового и имущественного положения духовенства, устройства Православной Церкви в Закавказье (в связи с объявленной грузинами авто кефалии), издательского совета, личного состава. И три совещания: по вопросам религиозно–просветительским, хозяйственно–распорядительным и юридическим. Задача этих отделов и совещаний заключалась в том, чтобы на пленарные заседания Совета поступали какие–то обработанные, подготовленные, обоснованные проекты решений, а уже на пленарном заседании должно происходить принятие этих окончательных постановлений по тем или иным проектам решений. После того, как тот или иной проект постановлений, представленный отделом, обсуждается на пленарном заседании, происходит голосование после внесения каких–то поправок, и в случае, если это решение принимается большинством голосов, вопрос снимается с обсуждения его на пленарном заседании, но не считается соборно принятым. Принятое большинством голосов решение пленарного заседания переходит на совещание епископов, которое вновь его обсуждает.