В качестве преподавателя академии Горский прежде всего довел читавшиеся им курсы (в 1833–1864 гг. — «Всеобщая и русская церковная история», в 1862–1875 гг. — «Догматическое богословие») до научного уровня, подобавшего высшей школе. Благодаря своим хорошим отношениям с митрополитом Филаретом, который терпел его педагогические методы, потому что от Горского не приходилось опасаться ересей, ему удавалось выходить за рамки, очерченные Духовно–учебным управлением. Горский был из тех преподавателей высшей школы, которые владели вниманием аудитории и умели увлечь своих слушателей, вместе с тем он был выдающимся воспитателем, пользовавшимся огромным нравственным влиянием на студенчество. Архиепископ Алексий Лавров–Платонов, один из учеников Горского, ставший профессором церковного права в академии, рисует следующий образ своего знаменитого учителя: «Он учил нас трояким способом: всех вообще на кафедре, увлекая нас своими глубокими изысканиями, историческими картинами, блестящими характеристиками отцов и учителей Церкви (доселе не могу забыть его характеристики Оригена), затем он всех же нас учил на другой своей кафедре — в библиотеке. Это тоже драгоценнейшие для нас его лекции, коими он вводил нас в полное обладание литературою предмета. Но были еще его лекции — lectiones privatissimae [лекции сугубо частные (лат.)] — домашние. На эти лекции иногда он призывал нас поодиночке, по поводу прочитанных им наших рассуждений или для сообщения своих мыслей относительно данной темы» [1476]
. Особенно содержательны были лекции Горского по истории Церкви. Кроме историко–прагматического изложения материала он давал критический анализ источников, которые, сверх того, для наиболее яркого освещения предмета приводил в пространных выдержках. Профессор П. С. Казанский, слушавший Горского, когда тот только начинал свою преподавательскую деятельность, так рассказывает об этом: «Его лекции отличаются большею живостию, нежели печатанные его сочинения, где он исключает всякий порыв чувства и оставляет голый факт и сухое соображение… В наше время списки его лекций ходили по рукам и их немало распространилось по всей России. Достоинство этих лекций узнаешь только тогда, когда основательно изучишь предмет… Если принято в основание чужое сочинение, то по убеждению, что оно верно передает первоначальные источники… Для нас и почти для каждого он служит как бы справочным лексиконом» [1477]. Полнота и многосторонность его знаний были поистине изумительны, и потому его влияние простиралось на все отрасли русского богословия. Из его школы вышли не только такие историки, как А. П. Лебедев и Е. Е. Голубинский, но и замечательные специалисты по патристике, догматике, церковному праву и т. п. Любимым предметом Горского была история Русской Церкви. Здесь им была проделана большая исследовательская работа, открыто и изучено много документов. И если он мало и неохотно публиковал свои труды, то виной тому была только его скромность. Особо интересовала его эпоха патриаршества. К сожалению, до нас дошли лишь наброски, но поля этих рукописей испещрены ценнейшими замечаниями, немало из которых заставляют задуматься и современного историка. Можно догадываться, что Е. Е. Голубинский многими своими научными достижениями обязан упомянутым lectiones privatissimae Горского, от которого он унаследовал и склонность к критическому прочтению источников. «Этот аскет–профессор, этот инок–мирянин, с подвижническою жизнью соединявший общительную гуманность и готовность всякому служить своими знаниями и трудами, это было необыкновенное явление. Оно едва ли повторится», — писал о Горском Н. П. Гиляров–Платонов [1478].Важным следствием академической деятельности Горского стал подъем уровня преподавания в тех многочисленных семинариях России, где оказывались его ученики. Надо также заметить, что к процветанию Московской Академии в эпоху реакционных нападок был причастен также митрополит Филарет, который в роли попечителя, а иногда и довольно строгого опекуна оградил ее от неоднократных попыток начальственного вмешательства.