Со временем консульскую церковь стали посещать местные жители: одни из любопытства, другие от неудовлетворенности национальным синтоизмом и буддизмом. Хакодатский жрец Савабе до того возненавидел православного русского священника, что собирался убить его, но после нескольких бесед с мудрым миссионером серьезно и глубоко заинтересовался христианством. Наконец он уверовал во Христа, был крещен и при крещении получил имя апостола Павла.
В конце 1869 года иеромонах Николай докладывал в Петербурге Синоду о первых результатах своей проповеднической деятельности и ходатайствовал об учреждении Миссии. Синод принял решение «образовать для проповеди между японскими язычниками слова Божия особую Российскую Духовную Миссию». Начальником ее назначили возведенного в сан архимандрита отца Николая.
Вернувшись в Японию, святитель Николай передал хакодатскую паству иеромонаху Анатолию, а сам перебрался в Токио, чтобы устроить там центр Миссии. В 1871-1873 года по Японии прокатилась волна гонений на христиан. Японские христиане, среди них ревностный миссионер Павел Савабе, подверглись преследованиям. Но после того как гонения стихли, просветитель Японии приступил к строительству церкви и православной школы в Токио. Ему удалось также открыть в японской столице Духовное училище, которое в последствии было преобразовано в семинарию.
В 1874 году в Токио прибыл епископ Камчатский Павел, чтобы рукоположить в диаконы и пресвитеры нескольких православных японцев, рекомендованных ему архимандритом Николаем. Среди них был и Павел Савабе.
В 1880 году отец Николай был возведен в Петербург, где состоялась его хиротония во епископа. Снова вернувшись в Японию, он с еще большим усердием и размахом продолжал свои апостольские труды; завершил строи-тельство Воскресенского собора в Токио, составил на японском языке право-славный богословский словарь, переводил на японский Богослужебные книги.
В 1889 году в Японии была объявлена полная веротерпимость. В связи с этим Миссия смогла шире развернуть свою деятельность. Крещение принимали тысячи японцев, и к концу столетия в стране насчитывалось уже около 25 тысяч православных, объединенных в 226 общин с 28 священниками. Общины были необычайно самодеятельны. При них открывались общества содействия религиозно-нравственному воспитанию. На собраниях обществ читались Священное Писание и жития святых, общества занимались благотворительными делами. В стране подвизалось 149 катехизаторов.
Нравственным испытанием для новорожденной Японской Церкви стала русско-японская война 1904-1905 годов. Мудрый архипастырь, оставаясь русским патриотом, келейно молился за победу своего Отечества и в общественных Богослужениях, на которых возносились молитвы о победы Японии, не участвовал, но православным японцам он благословил оставаться верноподданными своего правительства, чтобы не дать повода для обвинения их в измене родине. Благодаря этому, православные приходы не подвергались преследованиям, а сам святитель снискал глубокое уважение со стороны японцев. Ему разрешили посещать лагеря русских военнопленных. Духовным окормлением пленников занимались и православные пастыри японской национальности. За свои подвижнические труды в годы войны святитель был удостоен сана архиепископа.
Святой равноапостольный Николай скончался 3 февраля 1912 года. Созданная им Японская Церковь насчитывала тогда более 33 тысяч человек. Японская паства чтила почившего святителя как праведника, молитвенника и святого. Велико было уважение к его памяти и со стороны японцев, не принадлежавших к Православной Церкви. Его могила на Токийском городском кладбище даже язычниками и поныне почитается как национальная святыня. В 1970 году святитель Николай причислен к лику святых Православной Церкви с титулом равноапостольного.
Преемником просветителя Японии стал епископ Сергий (Тихомиров) († 1945), впоследствии удостоенный сана митрополита. Вступая на кафедру, епископ Сергий сказал: «Все, что есть в Японской Церкви доброго, до последнего христианина в церквах, до последнего кирпича в постройках, до последней буквы в Богослужебных переводах, есть дело просвещенного ума, широкого сердца и твердой, как скала, воли почившего святителя, счастливо сочетавшихся с непоколебимой верою его в святость своего дела и с благочестивым его жизненным подвигом».
В 1897 году была основана Русская Духовная Миссия в Корее. Цель Миссии состояла в окормлении русских православных людей, проживавших в этой стране, и, по возможности, в проповеди христианской веры местному населению. В состав Миссии вошли архимандрит Амвросий, иеродиакон Николай и псаломщик Красин.