Но искренность христианской веры Петра не мешала ему на все смотреть глазами государственного человека, под углом зрения государственной пользы. А его политические и правовые воззрения складывались под влиянием западных протестантских учений о примате государства во всех сферах народной жизни, из чего выводилась и ложная доктрина о главенстве монарха над Церковью. Однако он не спешил в осуществлении своего замысла поставить Церковь на место одного из подвластных ему ведомств, а действовал осторожно и расчетливо. Да и сам замысел не сразу обрел характер до конца продуманного плана. План складывался постепенно - и переходный период который поначалу мыслился как время межпатриаршества, затянулся на двадцать лет.
Весть о кончине патриарха Адриана застала Петра в действующей армии под Нарвой. Из Москвы к нему летели курьерские донесения. Первое предложение об учреждении межпатриаршего «соборика» поступило от боярина Тихона Стрешнева, в прошлом врага и гонителя патриарха Никона. Алексей Курбатов, ведавший казной, советовал царю: «О избрании же, государь, патриарха мню, достоит до времени обождати, да во всем всего сам твое самодержавие изволиши усмотреть… Из архиереев, государь, для временного в духовных управления, ежели тебе, государю, угоден, мнится многим добр быти Холмогорский».
Предложение «обождати с избранием патриарха» совпало с намерением самого царя. Но для временного возглавления Церкви он избрал не Холмогорского архиепископа Афанасия, как советовал Курбатов и как того ожидали в Москве, а одного из самых молодых архиереев - митрополита Стефана Яворского, ученого монаха из Киева.
Дело было, конечно, не в том, что великорусская иерархия оскудела талантами. Правда, некоторые из архиереев-великоруссов, напуганные петровскими новшествами, потеряли чувство духовного равновесия. Подобно старообрядцам, они видели в царе-реформаторе еретика и даже антихриста. В 1700 году к уголовному суду был привлечен Тамбовский епископ Игнатий, который поощрял Григория Талицкого, читавшего ему свои тетрадки, в которых он доказывал, что Петр - антихрист. Преосвященный, слушая эти бредни, плакал от умиления и приговаривал: «Павловы твои уста». Но среди великорусской иерархии были, конечно, и люди другого склада, умные, дальновидные, с широким кругозором.
Таким был упомянутый в донесении Курбатова Холмогорский архиепископ Афанасий. В своей епархии ему часто приходилось видеться с иностранцами, и он, к удовольствию царя, умел обходиться с ними приветливо. Это был тот самый Афанасий, которого во время стрелецкого бунта на глазах юного Петра в Грановитой палате избивал раскольничий протопоп
Другим незаурядным архипастырем был митрополит Новгородский Иов, постриженник Троице-Сергиева монастыря, покровитель просвещения в греко-славянском духе, деловитый благотворитель, который в своей епархии устраивал школы, странноприимные дома, больницы. Митрополит Иов доброхотно жертвовал епархиальные средства на строительство флота и войну с турками.
Наконец, подлинным светилом в сонме архиереев сиял епископ
Петр I близко познакомился со святителем Митрофаном во время строения кораблей на Воронежской верфи. Святитель видел в этом предприятии богоугодное дело. Войну с турками, угнетавшими православных братьев, для которых предназначались корабли, он считал священной войной Креста с полумесяцем, благословлял на нее царя и с радостью жертвовал сбережения епархиального дома «на ратных».