Еще до государственного присоединения, в 1783 году, Грузинский католикос был введен в состав Святейшего Синода. В 1811 году последний католикос царевич Антоний ушел на покой и поселился в России. После этого Грузинские епархии были включены в состав Русской Православной Церкви. Синод поставил во главе их экзарха
Экзархом Грузии впервые поставили русского по национальности архиерея -
архиепископаСвоеобразие церковного строя в Грузии заключалось в дробности епархий (по 10-75 приходов в каждой), избыточествовавших епископами, происходившими из семей владетельных князей и феодальной знати; в отсутствии каких бы то ни было епархиальных канцелярий и вытекавшей отсюда безответственности приходского духовенства перед своими архиереями, управлявшими епархиями через устные распоряжения, в самоуправном вмешательстве в церковные дела местных князей и азнауров. Грузинское духовенство страдало от крайней бедности -
на одного священника часто приходилось по 10-20 крестьянских дворов; тарелочный сбор не практиковался, а плата за требы заменялась обильными угощениями. Образование духовенства стояло на крайне низком уровне. В Грузии было много монастырей, но монастырская жизнь находилась в расстроенном состоянии. В народе распространены были языческие обряды и даже языческие верования, уживавшиеся с христианством.Архиепископ Феофилакт начал с укрупнения епархий по русскому образцу. Из 11 епархий осталось только 4: Карталинская и Кахетинская (во главе с экзархом), Имеретинская, Гурийская, Мингрельская. Сокращено было и число приходов, и материальное положение духовенства заметно улучшилось. Через месяц после прибытия в Тифлис преосвященный Феофилакт открыл в своей резиденции Духовную Семинарию, а в провинции несколько Духовно-светских училищ. Благодаря трудам экзарха в Грузии построено было более 30 храмов. Архиепископ Феофилакт потребовал строгой отчетности от архиереев и клириков. Возведенный в сан митрополита в 1819 году он скончался во время объезда своей епархии 19 июля 1821 года в период неутомимых трудов по устроению церковной жизни экзархата.
После него экзархами в Грузии обыкновенно назначались самые заслуженные и талантливые иерархи, и среди них Иона (Васильевский), Моисей (Богданов-Платонов), Исидор (Никольский), Иоанникий (Руднев), Палладий (Раев), Владимир (Богоявленский). Ранг экзарха был весьма высоким: он занимал по чести четвертое место после Петербургского, Московского и Киевского митрополитов. Включение Грузинской Церкви в состав Русской Православной Церкви открыло благоприятные возможности для миссионерской деятельности по восстановлению Православной веры среди кавказских горцев, утративших ее из-за непомерного давления ислама. В 1814 году Синод восстановил Осетинскую миссию, устроенную еще в ХVIII веке, наименовав ее Осетинской Духовной комиссией. Уже при митрополите Феофилакте вновь почти весь крещен был осетинский народ. Митрополит переводил на осетинский язык богослужебные тексты и Катехизис. В 1824 году вышло Евангелие на осетинском языке. В 1860 году Комиссия была преобразована в Общество восстановления православного христианства на Кавказе. В течение XIX века крещено было большинство абхазов. В осетинских и абхазских селениях строились церкви и открывались школы. Гораздо скромнее были успехи миссии среди народов Кавказа, принявших ислам несколько веков назад, - чеченцев, кабардинцев, адыгейцев. В начале XIX века на Западе России среди униатов усилилось тяготение к возвращению в праотеческое Православие. При Александре I правительство весьма благожелательно относилось к Католической церкви и не склонно было поощрять эти стремления. В западных губерниях иезуитский орден открывал школы, через которые вел католическую пропаганду среда русских.