Известно, сколь велико было влияние архиепископа Филарета на становление русской церковно-исторической школы, на углубление историзма в отечественных трудах по патрологии и догматическому богословию, на формирование научно-богословского мировоззрения протоиерея А. Горского
, который в своих лекциях по церковной истории так изложил своё научное кредо «История как наука подлежит общим законам исторической истины. Предмет церковной истории - истина абсолютная, истина вечная. История Церкви не есть набор фактов мертвых и сухих, не есть механическая регистрация событий и явлений, по науке, обобщающая факты, устанавливающая между ними внутреннюю связь, изучающая идейную сторону фактов, не простое собирание фактов и объединение по принципу однородности. История Церкви должна знакомить не с фактами церковно-историческими, а с жизнью церковно-исторической».Соработником и в своём роде соперником архиепископа Филарета в области не только богословской, но и церковно-исторической науки был его современник митрополит Макарий (Булгаков)
. Ему принадлежит «История Русской Церкви» (1857-1883), прерванная кончиной автора на 12 томе, повествующем о Соборе 1667 года. По богатству и полноте материала этот капитальный труд не знает себе равных в историографии Русской Церкви. Он сопоставим разве что с гражданской «Историей России с древнейших времен», С. М. Соловьёва. Митрополит Макарий ввёл в научный оборот ряд новых документов - неизвестные ранее летописных текстов, рукописных житий святых. Благодаря ему, достоянием науки стало много неизвестных прежде исторических фактов. При этом встречавшиеся в источниках противоречия митрополит Макарий разрешал тонко и осторожно.Русская Церковь, по верному представлению историка, является только частью Вселенской Православной Церкви, и она всегда сохраняла полное внутреннее единение с другими Поместными Церквами, содержала одинаковую с ними веру, один и тот же устав, свято блюла древние каноны. Автор разделяет историю Русской Церкви на 3 периода - период полной зависимости от Константинопольской Церкви - до 1240 года, период постепенного перехода к самостоятельности - до 1589 года и, наконец, период её автокефального бытия - с 1589 года.
Повествование митрополита Макария, в отличие от «Истории» архиепископа Филарета, ведется в беспристрастном и спокойном тоне. Профессор Н. Н. Глубоковский считал «Историю» митрополита Макария «историографической мозаикой». Этот монументальный труд является бессмертным памятником изумительного трудолюбия, любознательности и эрудиции её автора.
Митрополиту Макарию принадлежат и другие исторические труды - «История русского раскола», «История Киевской Духовной Академии».
В 1871 году вышло «Руководство к русской церковной истории» П. В.Знаменского
, многократно переизданное и ставшее на многие годы лучшим семинарским учебником по истории Русской Церкви. «Руководство» Знаменского - не научное исследование, а учебное пособие, но эта работа, отличающаяся необычайной ёмкостью, умелым отбором наиболее важных исторических фактов, взвешенностью и продуманностью оценок, к тому же написанная живым, выразительным языком, является превосходной книгой для чтения по истории нашей Церкви. Профессору Знаменскому принадлежат также церковно-исторические монографии «Чтения из русской церковной истории за время царствования Екатерины», «Черты из истории Русской Церкви за время царствования императора Александра I», «Духовные школы в России до реформы 1808 года», «История Казанской Духовной Академии».Появление в 1880 году «Истории Русской Церкви»
, написанной Е. Е. Голубинским (1834-1912), явилось событием в исторической науке. Вышедший из школы протоиерея А. В. Горского, Голубинский унаследовал у него стремление к документальности, к тщательному критическому анализу памятников. От Горского идёт и сравнительный метод Голубинского. Но в отношении Голубинского и к историческим документам, и к традиционным, устоявшимся оценкам, и даже к самим верованиям и благочестивым преданиям народа есть роднящий его с нигилистической публицистикой гиперкритицизм, мнительная недоверчивость и подозрительность. У него слишком заметен неуместный в историческом исследовании обличительный, почти разоблачительный пафос. По своему историческому мировоззрению Е. Е. Голубинский был западником, апологетом Петра I, склонным к весьма мрачной оценке всей допетровской старины. Положительную черту в исторических воззрениях учёного составляет его особый интерес к религиозно-нравственной жизни народа. Голубинский предлагает свою периодизацию русской церковной истории: киевский, московский, петербургский, или синодальный периоды.Голубинским написаны также «История канонизации святых в Русской Церкви», «История Троице-Сергиевой Лавры», «Краткий очерк истории Православных Церквей Болгарской, Сербской и Румынской» и другие исследования.