Между тем как Никон проживал в своем Крестном монастыре, царь Алексей Михайлович решился наконец рассмотреть и решить дело об оставлении Никоном патриаршей кафедры и избрании ему преемника, столько уже времени тяготившее всех. С этою целию в феврале 1660 г. царь созвал в Москве Собор и в то же время отправил стольника своего Матвея Степановича Пушкина в Крестный монастырь к Никону спросить его мнения по этому предмету. В 16-й день февраля все собравшиеся на Собор митрополиты, архиепископы, епископы и прочие духовные лица по приказанию государя предстали пред лицо его в Золотой палате, где находились уже бояре, окольничие и думные люди. В своей речи к духовенству государь говорил: "Мать наша, св. соборная Церковь, вот уже год и семь месяцев не имеет жениха и пастыря, с тех пор как бывший ее пастырь самовольно оставил свой престол и отрекся от него. Это видели митрополиты Сарский и Подонский Питирим и Сербский Михаил, Тверской архиепископ Иоасаф, архимандриты, игумены и другие, которые были в тот день с Никоном в службе. От них взяты сказки за их руками, и те сказки мы пришлем к вам на Собор. И вам бы о Св. Духе рассудить о сем крепко, единодушно и праведно, без всякой ненависти и тщетной любви, по правилам св. апостолов и св. отцов, памятуя Страшный суд и воздаяние". На другой день, 17 февраля, Собор открылся в патриаршей крестовой палате. По указу государя боярин Петр Михайлович Салтыков принес на Собор сказки множества лиц, духовных и светских, которые были свидетелями отречения Никона от кафедры или которых посылал тогда царь для переговоров с Никоном, писанные 14 - 15 февраля, следовательно, еще пред открытием Собора. В последующие дни представлены были Собору еще другие сказки, писанные уже 20~22 февраля, следовательно, по открытии Собора. Все эти сказки Собор внимательно выслушивал, сличал, в чем они сходны и в чем несходны, требовал словесных объяснений от свидетелей, писавших сказки и находившихся тут же, которые то подтверждали свои показания, то исправляли или даже давали новые сказки, и пришел к заключению, что "святейший патриарх Никон оставил свой патриаршеский престол своею волею". Об этом послал Собор боярина Петра Михайловича Салтыкова доложить государю. Государь чрез того же Салтыкова указал Собору сделать выписку из правил святых апостолов и святых отцов и на основании ее рассудить "об отшествии бывшего патриарха Никона", а у выписки этой быть архиепископам: Маркеллу Вологодскому, Илариону Рязанскому, Макарию Псковскому, архимандриту чудовскому Павлу и игумену Александрова монастыря Симону. Выписка была сделана не только правил, но и толкований на них. И Собор 27 февраля, выслушав все эти правила и толкования, рассуждал: а) бывший патриарх Никон презрел прошение великого государя чрез князя Алексея Трубецкого не оставлять кафедры; презрел такое же моление архиереев и прочих людей, находившихся при отречении его; не поведал причины своего отречения ни государю, ни архиереям; не оставил о том писания даже всему священному Собору; б) со времени отречения его, Никона, от кафедры прошло уже год и 7 месяцев; в) все свидетели, которые допрашиваны были на Соборе, с евангельскою клятвою подтвердили истинность своих сказок и в этих сказках согласно показали, что Никон отрекся от своего патриаршества и обещался потом не быть на кафедре; г) да и сам Никон в своей отписке государю, которую государь прислал на Собор с боярином Петром Салтыковым, своею рукою написал: "Бывший патриарх Никон". Принимая во внимание все эти обстоятельства и прилагая к ним священные правила, прочитанные на Соборе, Собор выразил свое решение так: "Правила св. отцов все согласно и невозбранно повелевают на место епископа, отрекшегося своей епископии или оставившего ее без благословной причины более шести месяцев, поставить иного епископа".