На двадцатый вопрос, грешит ли государь, что оставляет Церковь вдовствующею, Паисий отвечал: "Если он делает это для достойных причин, нам неизвестных, то не имеет смертного греха, однако несвободен от меньшего греха, потому что многие соблазняются и думают, что дело то зависит от его лености и нерадения. А .самое главное радение царя - радение о Церкви, потому что никогда не укрепляются дела царские, пока не укрепятся дела матери его Церкви". Никон: "Радение о Церкви, управление делами Церкви не принадлежит царю. В числе чинов Церкви, которые дал ей Бог (1 Кор. 12. 28 30), нет царя. Всякому своя мера, и кто вступается не в свое дело, того ожидает тяжелое наказание (приводятся тексты Священного Писания). Хочешь ли видеть различие между царскою и иерейскою властию, размышляй: "Честен престол царский, украшен камнями, обложен золотом, но царю дано устроять только то, что на земле, большей власти он не имеет. А престол священства на небеси: что связывает священник на земле, то связывается на небеси. Он стоит между Богом и людьми и от Бога низводит нам милости, а от нас возносит к Богу молитвы и примиряет нас с Богом. Потому и цари помазуются священническою рукою, а не священники царскою и благословляют самую главу царскую, но меньший от большего благословляется... Глава Церкви - Христос, а царь не есть и не может быть главою Церкви, но только один из ее членов, потому и не может действовать в Церкви... Священство гораздо больше царства. Живительно, как человеколюбие Божие терпит то, что ныне не только сам царь приял на себя сан святительства, но и все находящиеся в его власти то же творят". Затем приводятся примеры, чему подвергались цари и другие мирские люди, посягавшие на что-либо церковное (л. 175 об. - 192 об.).
В ответе на 21-й вопрос Паисий писал: архиереи и бояре, которые не бьют челом царю, чтоб учинил в том деле совершенное исправление, весьма согрешают, потому что не показывают ревности об общем благе и оставляют Церковь в смирении, когда могли бы отвести от нее такой позор. Никон сам отрекся от своей духовной жены - Церкви, и через то умер для нее, и уже четыре года вовсе не печется о ней. Церковь вправе избрать и иметь у себя другого мужа. Никон возражает: архиереи действительно согрешают, но только в том, что действуют вопреки своей архиерейской присяге, данной при поставлении. Затем приводит самую присягу, рассматривает ее по частям и говорит: архиереи во всем солгали пред Богом и Церковию, обещались соблюдать правила святых апостолов и святых отцов и ничего не соблюдают, дерзают вопреки правил судить своего патриарха; обещались во всем повиноваться ему и не повинуются, не делать ничего по принуждению от царей, от бояр и князей и делают, за что и подлежат все извержению (приводятся правила). В опровержение же того, что он отрекся от своей Церкви, умер для нее, четыре года оставляет ее во вдовстве, Никон старается доказать, что не отрекался от своей Церкви, не оставлял ее и что, хотя бы и оставил, нет правила расторгать брак через четыре года, а он должен оставаться неразрывным на всю жизнь, для чего и выписывает множество правил с толкованиями о нерасторжимости брака. При этом Никон нападает на Паисия, жалуется на царя: "Ты называешь меня умершим для Церкви... Мертв тот человек, который, оставя свою епархию без вины и переходя с места на место, творит смуты в городах, как ты смутил мутьян и изгнал их государя и, пришедши сюда, также творишь многие смущения и соблазны. Такому человеку, хотя он и жив, надлежало бы, по Евангелию, привязать к себе жерновый камень и утопиться в море... Царь сказал о нас, как передают слышавшие: если бы я не боялся Бога, то сделал бы патриарху то, чего он не ведает... А Родион Стрешнев и Иосиф Сукин, когда я сказал пред ними: "Мало христианства в царе", грозили в моей келье убить меня, говоря: "Если станешь произносить такие слова, я не потерплю более" (л. 192 об. - 219).
В 22-м вопросе Стрешнев, проклятый Никоном, спрашивал, важно ли проклятие Никона и нужно ли нам бояться его клятвы. Паисий отвечал: "Проклятие есть как бы молния, как бы меч обоюдоострый; если проклятие бывает по достоинству, то сожжет виновного, а если не по достоинству, то падает на того, кто произносит проклятие". Никон возразил: "Скажи мне, кого я проклял; если разумеешь Крутицкого митрополита, то я объясню тебе, за что я его проклял". И начал перечислять его преступления, что он ездил на ослята, поставил Мстиславского епископа, ни разу не посещал своей епархии и пр., одробно раскрывал важность каждого из этих преступлений, привел множество правил с толкованиями и спрашивал Паисия: "Как же ты и Крутицкий митрополит не антихристы и не отступники от Бога, когда вы отверглись от Его Божественных повелений и не слушаетесь правил св. апостолов и св. отцов?" (л. 219 - 245 об.).